8dmb

Structure of Desulfovirgula thermocuniculi IsrB (DtIsrB) in complex with omega RNA and target DNA

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 119.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dmb
沉积日期 deposition_date	2022-07-08
结构标题 title	Structure of Desulfovirgula thermocuniculi IsrB (DtIsrB) in complex with omega RNA and target DNA
关键词 keywords	Endonuclease, RNA BINDING PROTEIN, RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex, Transposon, CRISPR, IS200/IS605; RNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.67 Å
零角强度 I(0) i0	556121000.00
分子量 molecular_weight	126220.0 kDa
排除体积 excluded_volume	130150 Å³
包络体积 envelope_volume	201700 Å³
水化壳体积 shell_volume	47977 Å³
包络直径 envelope_diameter	127.8 Å
壳层 Rg shell_rg	41.11 Å
包络 Rg envelope_rg	35.51 Å
形状 Rg shape_rg	35.57 Å
总 Rg total_rg	36.09 Å
总原子数 total_atoms	14225
残基数 n_residues	603
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	119.0 Å
Rg (实空间) rg_real	36.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.5610e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.2350e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	556100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8893
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	40.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.351
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.367
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	23970000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.896; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.874

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin-like protein SMT3,IsrB protein,monomeric superfolder Green Fluorescent Protein
分子量 formula_weight	84080.9 kDa
突变 mutation	H584L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P
原子数 atom_count	14225

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMASWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEKMSDSEVNQEAKPEVKPEVKPETHINLKVSDGSSEIFFKIKKTTPLRRLMEAFAKRQGKEMDSLRFLYDGIRIQADQTPEDLDMEDNDIIEAHREQIGGSMSTSITRVPVVGVDGRPLMPTTPRKARLLIRDGLAVPRRNKLGLFYIQMLRPVGTRTQPVALAVDPGAKYDGVAVASHRRVELRAMVFLPDDVPRKMETRRNLRRARRYRKTPRRPARFDNRRRKGYWLAPTQRFKVEARLKVVRELCRIYPVQLIVTEDVRFNHARDRNGKYFSTVEIGKTLTYREYRKLAELRLVEVSETDAWRERFGLEKRTERKCEQVPETHANDAAAMLMGVTGCAHNPAAPFFVWRRLRYARRSLFRQNPQKDGVRPRFGGTANGGFFRKGDWVEAEKAGKVYRGWVCGLPTETTKLVGVADADGKRIGQFSPKKVRLLARSTGFSWKEVAAHSSPEVSKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVRGEGEGDATNGKLTLKFICTTGKLPVPWPTLVTTLTYGVQCFSRYPDHMKQHDFFKSAMPEGYVQERTISFKDDGTYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNFNSHNVYITADKQKNGIKANFKIRHNVEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSKLSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITLGMDELYK

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	omega RNA
分子量 formula_weight	91748.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	W

GGGCCUUAUUAAAUGACUUCUCGUCAACCACCCCUGACUGAAGUCAGAGGCUUGCUUCUGGCCUGAGUUGGGGGCCCGGUUUGGCGGGGCCGGGGGCAACUGGCUGACCAGGCGGCCCGGUUCGCCGGGCAGGGGUCCGCGGGGCUACCAAGGACUUCCGGGUGUUUCGCCAGCCCGGACUAUCUCCGGCAGAACCGCUCAAUGCCGCGGCCGGCCAAGACCGGCCUAAGCCCUGCGGACAGCGCCGAGGCGACAAUCACUCCGAAAGGAGGCCGUGUAUCGGC

Entity 3 polymer

描述 description	target DNA
分子量 formula_weight	9593.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	X

GATCAGCTCAAGAGAAGTCATTTAATAAGGC

Entity 4 polymer

描述 description	non-target DNA
分子量 formula_weight	3075.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Y

TTGAGCTGAT

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	58188

fit	/app/data/saxs_computation/dm/8dmb/8dmb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dm/8dmb/8dmb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dm/8dmb/8dmb.dat

Structure of Desulfovirgula thermocuniculi IsrB (DtIsrB) in complex with omega RNA and target DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)