8dme

CYP102A1 in Open Conformation

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 149.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase

Priestia megaterium NBRC 15308 = ATCC 14581

UniProt P14779

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 4–1049 链 B; UniProt 4–1049 未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 1C6 6-methoxy-2-{[(4-methoxy-3,5-dimethylpyridin-2-yl)methyl]sulfanyl}-1H-benzimidazole × 2 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 SO4 SULFATE ION × 6 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4;Fresh prepare sodium phosphate (50mM) + potassium chloride (150mM), pH7.4 and filter with 0.22um filters. cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 6.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 168 个其他 PDB 条目、311 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CPXB_PRIM2
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–1034; UniProt 4–1049 作者链 B; PDB构建体 1–1034; UniProt 4–1049

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8dme

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8dme
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8dme
沉积日期 deposition_date2022-07-08
结构标题 titleCYP102A1 in Open Conformation
关键词 keywordscytochrome P450 electron transfer protein dynamic CYP102A1, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier45.65
回转半径 Rg (电子) rg_electron44.98
零角强度 I(0) i0819535000.00
分子量 molecular_weight235350.0 kDa
排除体积 excluded_volume293680 ų
包络体积 envelope_volume402800 ų
水化壳体积 shell_volume73908 ų
包络直径 envelope_diameter152.3
壳层 Rg shell_rg50.54
包络 Rg envelope_rg43.85
形状 Rg shape_rg44.99
总 Rg total_rg45.18
总原子数 total_atoms16740
残基数 n_residues2068
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax149.4
Rg (实空间) rg_real45.49
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.31
I(0) (实空间) i0_real8.1950e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4770e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal45.65
I(0) (倒空间) i0_reciprocal819700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8948
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary59.8
偏度 Skewness skewness0.168
峰度 Kurtosis kurtosis-0.537
角度范围 angular_range— – 0.1750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha92620000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.893

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)