8dn2

Cryo-EM structure of human Glycine Receptor alpha1-beta heteromer, glycine-bound state 2(expanded open)

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycine receptor subunit alpha-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	Glycine receptor subunit beta,Green fluorescent protein,Glycine receptor beta × 1 （A0A2K6CAQ3,P42212,P48167） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 HEXANE × 10 HEPTANE × 9 UNDECANE × 3 N-OCTANE × 7 GLYCINE × 3 nonane × 2 N-BUTANE × 3 DECANE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GLRA1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–367； UniProt 29–457 作者链 B； PDB构建体 1–367； UniProt 29–457 作者链 C； PDB构建体 1–367； UniProt 29–457 作者链 D； PDB构建体 1–367； UniProt 29–457

Glycine receptor subunit beta,Green fluorescent protein,Glycine receptor beta

Homo sapiens

UniProt A0A2K6CAQ3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	Glycine receptor subunit alpha-1 × 4 （P23415） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 HEXANE × 10 HEPTANE × 9 UNDECANE × 3 N-OCTANE × 7 GLYCINE × 3 nonane × 2 N-BUTANE × 3 DECANE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2K6CAQ3_MACNE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 579–680； UniProt 379–480

Glycine receptor subunit beta,Green fluorescent protein,Glycine receptor beta

Homo sapiens

UniProt P42212

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	Glycine receptor subunit alpha-1 × 4 （P23415） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 HEXANE × 10 HEPTANE × 9 UNDECANE × 3 N-OCTANE × 7 GLYCINE × 3 nonane × 2 N-BUTANE × 3 DECANE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GFP_AEQVI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 339–576； UniProt 1–238

Glycine receptor subunit beta,Green fluorescent protein,Glycine receptor beta

Homo sapiens

UniProt P48167

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	Glycine receptor subunit alpha-1 × 4 （P23415） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 HEXANE × 10 HEPTANE × 9 UNDECANE × 3 N-OCTANE × 7 GLYCINE × 3 nonane × 2 N-BUTANE × 3 DECANE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GLRB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–331； UniProt 25–355

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dn2
沉积日期 deposition_date	2022-07-10
结构标题 title	Cryo-EM structure of human Glycine Receptor alpha1-beta heteromer, glycine-bound state 2(expanded open)
关键词 keywords	glycine receptor subunit alpha-1, glycine receptor subunit beta, Green fluorescent protein, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8dn2__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8dn2__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8dn2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.64 Å
Rg（电子密度）	39.29 Å
总 Rg	39.78 Å
原子数	14676
残基数	1693
排除体积	257280 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8dn2__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glycine receptor subunit alpha-1
分子量 formula_weight	42421.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,A,B,C
原子数 atom_count	14676

ARSAPKPMSPSDFLDKLMGRTSGYDARIRPNFKGPPVNVSCNIFINSFGSIAETTMDYRVNIFLRQQWNDPRLAYNEYPDDSLDLDPSMLDSIWKPDLFFANEKGAHFHEITTDNKLLRISRNGNVLYSIRITLTLACPMDLKNFPMDVQTCIMQLESFGYTMNDLIFEWQEQGAVQVADGLTLPQFILKEEKDLRYCTKHYNTGKFTCIEARFHLERQMGYYLIQMYIPSLLIVILSWISFWINMDAAPARVGLGITTVLTMTTQSSGSRASLPKVSYVKAIDIWMAVCLLFVFSALLEYAAVNFVSRQHKELLGSSGEEMRKLFIQRAKKIDKISRIGFPMAFLIFNMFYWIIYKIVRREDVHNQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Glycine receptor subunit beta,Green fluorescent protein,Glycine receptor beta
分子量 formula_weight	76584.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

KSSKKGKGKKKQYLCPSQQSAEDLARVPANSTSNILNRLLVSYDPRIRPNFKGIPVDVVVNIFINSFGSIQETTMDYRVNIFLRQKWNDPRLKLPSDFRGSDALTVDPTMYKCLWKPDLFFANEKSANFHDVTQENILLFIFRDGDVLVSMRLSITLSCPLDLTLFPMDTQRCKMQLESFGYTTDDLRFIWQSGDPVQLEKIALPQFDIKKEDIEYGNCTKYYKGTGYYTCVEVIFTLRRQVGFYMMGVYAPTLLIVVLSWLSFWINPDASAARVPLGIFSVLSLASECTTLAAELPKVSYVKALDVWLIACLLFGFASLVEYAVVQVMLNGGSSAAAVSKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVSGEGEGDATYGKLTLKFICTTGKLPVPWPTLVTTFSYGVQCFSRYPDHMKQHDFFKSAMPEGYVQERTIFFKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNYNSHNVYIMADKQKNGIKVNFKIRHNIEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSALSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITHGMDELYKSGSGSGVGETRCKKVCTSKSDLRSNDFSIVGSLPRDFELSNYDCYGKPIEVNNGLGKSQAKNNKKPPPAKPVIPTAAKRIDLYARALFPFCFLFFNVIYWSIYL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	HEXANE
分子量 formula_weight	86.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	HEPTANE
分子量 formula_weight	100.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	UNDECANE
分子量 formula_weight	156.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	N-OCTANE
分子量 formula_weight	114.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	GLYCINE
分子量 formula_weight	75.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	nonane
分子量 formula_weight	128.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	N-BUTANE
分子量 formula_weight	58.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	DECANE
分子量 formula_weight	142.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	24487

Cryo-EM structure of human Glycine Receptor alpha1-beta heteromer, glycine-bound state 2(expanded open)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycine receptor subunit alpha-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Glycine receptor subunit beta,Green fluorescent protein,Glycine receptor beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Glycine receptor subunit beta,Green fluorescent protein,Glycine receptor beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Glycine receptor subunit beta,Green fluorescent protein,Glycine receptor beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8dn2__assembly_1__model_1

8dn2__assembly_1__model_1 | I(q)

8dn2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of human Glycine Receptor alpha1-beta heteromer, glycine-bound state 2(expanded open)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycine receptor subunit alpha-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Glycine receptor subunit beta,Green fluorescent protein,Glycine receptor beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Glycine receptor subunit beta,Green fluorescent protein,Glycine receptor beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Glycine receptor subunit beta,Green fluorescent protein,Glycine receptor beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8dn2__assembly_1__model_1

8dn2__assembly_1__model_1 | I(q)

8dn2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

7. 引用文献 (1)