8p65

Cytochrome bc1 complex (Bos taurus)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 167.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial

物种未注明

UniProt P31800

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 22 PDB 声明:22-meric(22) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 35–480 链 N; UniProt 35–480 未记录 Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial × 2 (P23004) Cytochrome b × 2 (P00157) Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial × 2 (P00125) Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 2 (P13272) Cytochrome b-c1 complex subunit 7 × 2 (P00129) Cytochrome b-c1 complex subunit 8 × 2 (P13271) Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial × 2 (P00126) Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 2 (P13272) Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 2 (P00130) Cytochrome b-c1 complex subunit 10 × 2 (P07552) HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Blot time of 4s with blot force of -3 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

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UniProt名称 QCR1_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–446; UniProt 35–480 作者链 N; PDB构建体 1–446; UniProt 35–480

Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial

物种未注明

UniProt P23004

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 22 PDB 声明:22-meric(22) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 15–453 链 O; UniProt 15–453 未记录 Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial × 2 (P31800) Cytochrome b × 2 (P00157) Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial × 2 (P00125) Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 2 (P13272) Cytochrome b-c1 complex subunit 7 × 2 (P00129) Cytochrome b-c1 complex subunit 8 × 2 (P13271) Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial × 2 (P00126) Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 2 (P13272) Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 2 (P00130) Cytochrome b-c1 complex subunit 10 × 2 (P07552) HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Blot time of 4s with blot force of -3 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 QCR2_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–439; UniProt 15–453 作者链 O; PDB构建体 1–439; UniProt 15–453

Cytochrome b

物种未注明

UniProt P00157

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 22 PDB 声明:22-meric(22) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–379 链 P; UniProt 1–379 未记录 Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial × 2 (P31800) Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial × 2 (P23004) Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial × 2 (P00125) Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 2 (P13272) Cytochrome b-c1 complex subunit 7 × 2 (P00129) Cytochrome b-c1 complex subunit 8 × 2 (P13271) Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial × 2 (P00126) Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 2 (P13272) Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 2 (P00130) Cytochrome b-c1 complex subunit 10 × 2 (P07552) HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Blot time of 4s with blot force of -3 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 CYB_BOVIN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–379; UniProt 1–379 作者链 P; PDB构建体 1–379; UniProt 1–379

Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial

物种未注明

UniProt P00125

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 22 PDB 声明:22-meric(22) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 85–325 链 Q; UniProt 85–325 未记录 Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial × 2 (P31800) Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial × 2 (P23004) Cytochrome b × 2 (P00157) Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 2 (P13272) Cytochrome b-c1 complex subunit 7 × 2 (P00129) Cytochrome b-c1 complex subunit 8 × 2 (P13271) Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial × 2 (P00126) Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 2 (P13272) Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 2 (P00130) Cytochrome b-c1 complex subunit 10 × 2 (P07552) HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Blot time of 4s with blot force of -3 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 CY1_BOVIN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–241; UniProt 85–325 作者链 Q; PDB构建体 1–241; UniProt 85–325

Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

物种未注明

UniProt P13272

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 22 PDB 声明:22-meric(22) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 79–274 链 I; UniProt 1–54 链 R; UniProt 79–274 链 V; UniProt 1–54 未记录 Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial × 2 (P31800) Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial × 2 (P23004) Cytochrome b × 2 (P00157) Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial × 2 (P00125) Cytochrome b-c1 complex subunit 7 × 2 (P00129) Cytochrome b-c1 complex subunit 8 × 2 (P13271) Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial × 2 (P00126) Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 2 (P00130) Cytochrome b-c1 complex subunit 10 × 2 (P07552) HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Blot time of 4s with blot force of -3 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 UCRI_BOVIN
Isoform
PDB实体 5, 9
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–196; UniProt 79–274 作者链 R; PDB构建体 1–196; UniProt 79–274 作者链 I; PDB构建体 1–54; UniProt 1–54 作者链 V; PDB构建体 1–54; UniProt 1–54

Cytochrome b-c1 complex subunit 7

物种未注明

UniProt P00129

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 22 PDB 声明:22-meric(22) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–111 链 S; UniProt 1–111 未记录 Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial × 2 (P31800) Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial × 2 (P23004) Cytochrome b × 2 (P00157) Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial × 2 (P00125) Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 2 (P13272) Cytochrome b-c1 complex subunit 8 × 2 (P13271) Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial × 2 (P00126) Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 2 (P13272) Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 2 (P00130) Cytochrome b-c1 complex subunit 10 × 2 (P07552) HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Blot time of 4s with blot force of -3 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 QCR7_BOVIN
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–111; UniProt 1–111 作者链 S; PDB构建体 1–111; UniProt 1–111

Cytochrome b-c1 complex subunit 8

物种未注明

UniProt P13271

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 22 PDB 声明:22-meric(22) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–82 链 T; UniProt 1–82 未记录 Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial × 2 (P31800) Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial × 2 (P23004) Cytochrome b × 2 (P00157) Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial × 2 (P00125) Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 2 (P13272) Cytochrome b-c1 complex subunit 7 × 2 (P00129) Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial × 2 (P00126) Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 2 (P13272) Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 2 (P00130) Cytochrome b-c1 complex subunit 10 × 2 (P07552) HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Blot time of 4s with blot force of -3 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

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UniProt名称 QCR8_BOVIN
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–82; UniProt 1–82 作者链 T; PDB构建体 1–82; UniProt 1–82

Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial

物种未注明

UniProt P00126

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 22 PDB 声明:22-meric(22) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 14–91 链 U; UniProt 14–91 未记录 Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial × 2 (P31800) Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial × 2 (P23004) Cytochrome b × 2 (P00157) Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial × 2 (P00125) Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 2 (P13272) Cytochrome b-c1 complex subunit 7 × 2 (P00129) Cytochrome b-c1 complex subunit 8 × 2 (P13271) Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 2 (P13272) Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 2 (P00130) Cytochrome b-c1 complex subunit 10 × 2 (P07552) HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Blot time of 4s with blot force of -3 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 46 个其他 PDB 条目、51 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 QCR6_BOVIN
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–78; UniProt 14–91 作者链 U; PDB构建体 1–78; UniProt 14–91

Cytochrome b-c1 complex subunit 9

物种未注明

UniProt P00130

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 22 PDB 声明:22-meric(22) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 1–64 链 W; UniProt 1–64 未记录 Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial × 2 (P31800) Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial × 2 (P23004) Cytochrome b × 2 (P00157) Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial × 2 (P00125) Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 2 (P13272) Cytochrome b-c1 complex subunit 7 × 2 (P00129) Cytochrome b-c1 complex subunit 8 × 2 (P13271) Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial × 2 (P00126) Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 2 (P13272) Cytochrome b-c1 complex subunit 10 × 2 (P07552) HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Blot time of 4s with blot force of -3 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 47 个其他 PDB 条目、52 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 QCR9_BOVIN
Isoform
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 J; PDB构建体 1–64; UniProt 1–64 作者链 W; PDB构建体 1–64; UniProt 1–64

Cytochrome b-c1 complex subunit 10

物种未注明

UniProt P07552

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 22 PDB 声明:22-meric(22) 与蛋白拷贝数一致 链 K; UniProt 1–49 链 X; UniProt 1–49 未记录 Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial × 2 (P31800) Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial × 2 (P23004) Cytochrome b × 2 (P00157) Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial × 2 (P00125) Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 2 (P13272) Cytochrome b-c1 complex subunit 7 × 2 (P00129) Cytochrome b-c1 complex subunit 8 × 2 (P13271) Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial × 2 (P00126) Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 2 (P13272) Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 2 (P00130) HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Blot time of 4s with blot force of -3 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

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UniProt名称 QCR10_BOVIN
Isoform
PDB实体 11
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 1–49; UniProt 1–49 作者链 X; PDB构建体 1–49; UniProt 1–49

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8p65

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8p65
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8p65
沉积日期 deposition_date2023-05-25
结构标题 titleCytochrome bc1 complex (Bos taurus)
关键词 keywordsElectron Transport Chain, Complex III, Respiratory Complex, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier55.47
回转半径 Rg (电子) rg_electron54.56
零角强度 I(0) i03177230000.00
分子量 molecular_weight480190.0 kDa
排除体积 excluded_volume603430 ų
包络体积 envelope_volume841910 ų
水化壳体积 shell_volume125200 ų
包络直径 envelope_diameter180.2
壳层 Rg shell_rg60.03
包络 Rg envelope_rg53.32
形状 Rg shape_rg54.56
总 Rg total_rg54.69
总原子数 total_atoms33820
残基数 n_residues4278
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax167.9
Rg (实空间) rg_real55.33
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.06
I(0) (实空间) i0_real3.1770e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.7680e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal55.57
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3178000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8437
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary66.0
偏度 Skewness skewness0.218
峰度 Kurtosis kurtosis-0.558
角度范围 angular_range— – 0.1400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha351300000.0000
实空间数据点数 n_real_points29
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.973; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.062

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)