8wz2

Structure of 26RFa-pyroglutamylated RFamide peptide receptor complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 139.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

Rattus norvegicus

UniProt P54311

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–340 未记录 G-alpha q × 1 scFV16 × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) Orexigenic neuropeptide QRFP × 1 (Q8CE23) Pyroglutamylated RF-amide peptide receptor × 1 (Q96P65) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.73 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 161 个其他 PDB 条目、162 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBB1_RAT
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–340; UniProt 1–340

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

Bos taurus

UniProt P63212

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–71 未记录 G-alpha q × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P54311) scFV16 × 1 Orexigenic neuropeptide QRFP × 1 (Q8CE23) Pyroglutamylated RF-amide peptide receptor × 1 (Q96P65) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.73 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 215 个其他 PDB 条目、216 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBG2_BOVIN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–71; UniProt 1–71

Orexigenic neuropeptide QRFP

Homo sapiens

UniProt Q8CE23

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 97–123 未记录 G-alpha q × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P54311) scFV16 × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) Pyroglutamylated RF-amide peptide receptor × 1 (Q96P65) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.73 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 OX26_MOUSE
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 1–27; UniProt 97–123

Pyroglutamylated RF-amide peptide receptor

Homo sapiens

UniProt Q96P65

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 1–431 未记录 G-alpha q × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P54311) scFV16 × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) Orexigenic neuropeptide QRFP × 1 (Q8CE23) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.73 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 QRFPR_HUMAN
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 1–431; UniProt 1–431

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8wz2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8wz2
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8wz2
沉积日期 deposition_date2023-11-01
结构标题 titleStructure of 26RFa-pyroglutamylated RFamide peptide receptor complex
关键词 keywordsGPCR, 26RFa, GPR103, pyroglutamylated RFamide peptide, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.40
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.23
零角强度 I(0) i0264723000.00
分子量 molecular_weight133120.0 kDa
排除体积 excluded_volume166960 ų
包络体积 envelope_volume225820 ų
水化壳体积 shell_volume48458 ų
包络直径 envelope_diameter150.6
壳层 Rg shell_rg43.46
包络 Rg envelope_rg40.81
形状 Rg shape_rg40.27
总 Rg total_rg40.29
总原子数 total_atoms9355
残基数 n_residues1202
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax139.2
Rg (实空间) rg_real40.52
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.55
I(0) (实空间) i0_real2.6470e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.6550e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.40
I(0) (倒空间) i0_reciprocal264700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8632
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary46.4
偏度 Skewness skewness0.396
峰度 Kurtosis kurtosis-0.317
角度范围 angular_range— – 0.1950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha39190000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.846; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.859; Smooth: 0.820

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)