9c7t

PP2A:B55-Eya3 substrate complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 117.6 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform

Homo sapiens

UniProt P30153

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 9–589 片段:residues 9-589 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 55 kDa regulatory subunit B alpha isoform × 1 (P63151) Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform × 1 (P67775) Eyes absent homolog 3 × 1 (Q99504) FE2 FE (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 34 个其他 PDB 条目、44 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 2AAA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–584; UniProt 9–589

Serine/threonine-protein phosphatase 2A 55 kDa regulatory subunit B alpha isoform

Homo sapiens

UniProt P63151

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–447 未记录 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 (P30153) Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform × 1 (P67775) Eyes absent homolog 3 × 1 (Q99504) FE2 FE (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 2ABA_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 6–451; UniProt 2–447

Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform

Homo sapiens

UniProt P67775

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–309 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 (P30153) Serine/threonine-protein phosphatase 2A 55 kDa regulatory subunit B alpha isoform × 1 (P63151) Eyes absent homolog 3 × 1 (Q99504) FE2 FE (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 49 个其他 PDB 条目、61 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PP2AA_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 3–311; UniProt 1–309

Eyes absent homolog 3

Homo sapiens

UniProt Q99504

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 62–108 片段:residues 62-108 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 (P30153) Serine/threonine-protein phosphatase 2A 55 kDa regulatory subunit B alpha isoform × 1 (P63151) Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform × 1 (P67775) FE2 FE (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EYA3_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 4–50; UniProt 62–108

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9c7t

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9c7t
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9c7t
沉积日期 deposition_date2024-06-11
结构标题 titlePP2A:B55-Eya3 substrate complex
关键词 keywordsPP2A:B55, Eya3, substrate complex, HYDROLASE, HYDROLASE-SUBSTRATE complex; HYDROLASE/SUBSTRATE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.93
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.23
零角强度 I(0) i0348585000.00
分子量 molecular_weight151710.0 kDa
排除体积 excluded_volume189740 ų
包络体积 envelope_volume249160 ų
水化壳体积 shell_volume54400 ų
包络直径 envelope_diameter129.4
壳层 Rg shell_rg44.82
包络 Rg envelope_rg36.55
形状 Rg shape_rg37.20
总 Rg total_rg37.76
总原子数 total_atoms10659
残基数 n_residues1332
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax117.6
Rg (实空间) rg_real37.69
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.79
I(0) (实空间) i0_real3.4860e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.7190e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.84
I(0) (倒空间) i0_reciprocal348600000.0000
解质量估计 total_estimate0.6876
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary53.2
偏度 Skewness skewness0.047
峰度 Kurtosis kurtosis-0.610
角度范围 angular_range— – 0.2100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha58590000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.928; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.080; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.918

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)