9cx9

Structure of SH3 domain of Src in complex with beta-arrestin 1

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 109.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vasopressin V2 receptor

物种未注明

UniProt P30518

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 V; UniProt 343–371 片段:UNP residues 343-371 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Antibody fragment Fab30, heavy chain × 1 Antibody fragment Fab30, light chain × 1 Beta-arrestin-1 × 1 (P29066) Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src × 1 (P00523) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.34 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 36 个其他 PDB 条目、37 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 V2R_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 V; PDB构建体 1–29; UniProt 343–371

Beta-arrestin-1

Rattus norvegicus

UniProt P29066

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–393 突变:C59V, E92C, C125S, C140L, C150V, C242V, C251V, C269S Antibody fragment Fab30, heavy chain × 1 Antibody fragment Fab30, light chain × 1 Vasopressin V2 receptor × 1 (P30518) Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src × 1 (P00523) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.34 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARRB1_RAT
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–392; UniProt 2–393

Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src

Gallus gallus

UniProt P00523

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 83–141 突变:R95C Antibody fragment Fab30, heavy chain × 1 Antibody fragment Fab30, light chain × 1 Vasopressin V2 receptor × 1 (P30518) Beta-arrestin-1 × 1 (P29066) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.34 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 133 个其他 PDB 条目、236 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SRC_CHICK
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 27–85; UniProt 83–141

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9cx9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9cx9
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9cx9
沉积日期 deposition_date2024-07-31
结构标题 titleStructure of SH3 domain of Src in complex with beta-arrestin 1
关键词 keywordsGPCR signaling, arrestin, Src, SH3, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.89
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.19
零角强度 I(0) i070336900.00
分子量 molecular_weight65716.0 kDa
排除体积 excluded_volume82191 ų
包络体积 envelope_volume110450 ų
水化壳体积 shell_volume32051 ų
包络直径 envelope_diameter116.8
壳层 Rg shell_rg35.24
包络 Rg envelope_rg30.81
形状 Rg shape_rg30.21
总 Rg total_rg30.60
总原子数 total_atoms4631
残基数 n_residues603
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax109.8
Rg (实空间) rg_real31.04
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.10
I(0) (实空间) i0_real7.0340e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2020e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.98
I(0) (倒空间) i0_reciprocal70330000.0000
解质量估计 total_estimate0.8516
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary36.6
偏度 Skewness skewness0.489
峰度 Kurtosis kurtosis-0.051
角度范围 angular_range— – 0.2550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11500000.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.773; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.842; Smooth: 0.907

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)