9dde

ncPRC1RYBP bound to H2AK119Ub/H1.4 chromatosome

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3.2

Xenopus laevis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 13 DNA 2	Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） DNA (187-MER) × 1 DNA (187-MER) × 1 Polycomb complex protein BMI-1 × 1 （P35226） E3 ubiquitin-protein ligase RING2 × 1 （Q99496） RING1 and YY1-binding protein × 1 （Q8N488） Ubiquitin × 1 （P0CG47） Histone H1.4 × 1 （P10412） ZINC ION × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H32_XENLA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 E； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136

Histone H4

Xenopus laevis

UniProt P62799

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 13 DNA 2	Histone H3.2 × 2 （P84233） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） DNA (187-MER) × 1 DNA (187-MER) × 1 Polycomb complex protein BMI-1 × 1 （P35226） E3 ubiquitin-protein ligase RING2 × 1 （Q99496） RING1 and YY1-binding protein × 1 （Q8N488） Ubiquitin × 1 （P0CG47） Histone H1.4 × 1 （P10412） ZINC ION × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H4_XENLA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 F； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103

Histone H2A type 1

Xenopus laevis

UniProt P06897

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 13 DNA 2	Histone H3.2 × 2 （P84233） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） DNA (187-MER) × 1 DNA (187-MER) × 1 Polycomb complex protein BMI-1 × 1 （P35226） E3 ubiquitin-protein ligase RING2 × 1 （Q99496） RING1 and YY1-binding protein × 1 （Q8N488） Ubiquitin × 1 （P0CG47） Histone H1.4 × 1 （P10412） ZINC ION × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2A1_XENLA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130 作者链 G； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130

Histone H2B 1.1

Xenopus laevis

UniProt P02281

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 13 DNA 2	Histone H3.2 × 2 （P84233） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） DNA (187-MER) × 1 DNA (187-MER) × 1 Polycomb complex protein BMI-1 × 1 （P35226） E3 ubiquitin-protein ligase RING2 × 1 （Q99496） RING1 and YY1-binding protein × 1 （Q8N488） Ubiquitin × 1 （P0CG47） Histone H1.4 × 1 （P10412） ZINC ION × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2B11_XENLA
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126 作者链 H； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126

Polycomb complex protein BMI-1

Homo sapiens

UniProt P35226

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 13 DNA 2	Histone H3.2 × 2 （P84233） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） DNA (187-MER) × 1 DNA (187-MER) × 1 E3 ubiquitin-protein ligase RING2 × 1 （Q99496） RING1 and YY1-binding protein × 1 （Q8N488） Ubiquitin × 1 （P0CG47） Histone H1.4 × 1 （P10412） ZINC ION × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BMI1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–326； UniProt 1–326

E3 ubiquitin-protein ligase RING2

Homo sapiens

UniProt Q99496

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 13 DNA 2	Histone H3.2 × 2 （P84233） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） DNA (187-MER) × 1 DNA (187-MER) × 1 Polycomb complex protein BMI-1 × 1 （P35226） RING1 and YY1-binding protein × 1 （Q8N488） Ubiquitin × 1 （P0CG47） Histone H1.4 × 1 （P10412） ZINC ION × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RING2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–336； UniProt 1–336

RING1 and YY1-binding protein

Homo sapiens

UniProt Q8N488

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 13 DNA 2	Histone H3.2 × 2 （P84233） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） DNA (187-MER) × 1 DNA (187-MER) × 1 Polycomb complex protein BMI-1 × 1 （P35226） E3 ubiquitin-protein ligase RING2 × 1 （Q99496） Ubiquitin × 1 （P0CG47） Histone H1.4 × 1 （P10412） ZINC ION × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RYBP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–228； UniProt 1–228

Ubiquitin

Homo sapiens

UniProt P0CG47

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 13 DNA 2	Histone H3.2 × 2 （P84233） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） DNA (187-MER) × 1 DNA (187-MER) × 1 Polycomb complex protein BMI-1 × 1 （P35226） E3 ubiquitin-protein ligase RING2 × 1 （Q99496） RING1 and YY1-binding protein × 1 （Q8N488） Histone H1.4 × 1 （P10412） ZINC ION × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

Histone H1.4

Homo sapiens

UniProt P10412

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 13 DNA 2	Histone H3.2 × 2 （P84233） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） DNA (187-MER) × 1 DNA (187-MER) × 1 Polycomb complex protein BMI-1 × 1 （P35226） E3 ubiquitin-protein ligase RING2 × 1 （Q99496） RING1 and YY1-binding protein × 1 （Q8N488） Ubiquitin × 1 （P0CG47） ZINC ION × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H14_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 O； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dde
沉积日期 deposition_date	2024-08-28
结构标题 title	ncPRC1RYBP bound to H2AK119Ub/H1.4 chromatosome
关键词 keywords	DNA complex protein, Gene Regulation-DNA complex; Gene Regulation/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9dde__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9dde__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9dde__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	44.19 Å
Rg（电子密度）	41.96 Å
总 Rg	42.49 Å
原子数	15394
残基数	1471
排除体积	253090 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9dde__assembly_1__model_1`	15-meric （15）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3.2
分子量 formula_weight	15435.1 kDa
突变 mutation	G103A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	15394

MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11394.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2A type 1
分子量 formula_weight	14067.4 kDa
突变 mutation	G100R, K119C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

MSGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPCKTESAKSAKSK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B 1.1
分子量 formula_weight	13979.3 kDa
突变 mutation	S33T
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA (187-MER)
分子量 formula_weight	57982.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

ATCGCGACACCGGCACTGGAACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCAGGGGATCGGGCATCACCCGAT

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (187-MER)
分子量 formula_weight	57488.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

ATCGGGTGATGCCCGATCCCCTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGTTCCAGTGCCGGTGTCGCGAT

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Polycomb complex protein BMI-1
分子量 formula_weight	37006.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MHRTTRIKITELNPHLMCVLCGGYFIDATTIIECLHSFCKTCIVRYLETSKYCPICDVQVHKTRPLLNIRSDKTLQDIVYKLVPGLFKNEMKRRRDFYAAHPSADAANGSNEDRGEVADEDKRIITDDEIISLSIEFFDQNRLDRKVNKDKEKSKEEVNDKRYLRCPAAMTVMHLRKFLRSKMDIPNTFQIDVMYEEEPLKDYYTLMDIAYIYTWRRNGPLPLKYRVRPTCKRMKISHQRDGLTNAGELESDSGSDKANSPAGGIPSTSSCLPSPSTPVQSPHPQFPHISSTMNGTSNSPSGNHQSSFANRPRKSSVNGSSATSSG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase RING2
分子量 formula_weight	37706.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MSQAVQTNGTQPLSKTWELSLYELQRTPQEAITDGLEIVVSPRSLHSELMCPICLDMLKNTMTTKECLHRFCADCIITALRSGNKECPTCRKKLVSKRSLRPDPNFDALISKIYPSRDEYEAHQERVLARINKHNNQQALSHSIEEGLKIQAMNRLQRGKKQQIENGSGAEDNGDSSHCSNASTHSNQEAGPSNKRTKTSDDSGLELDNNNAAMAIDPVMDGASEIELVFRPHPTLMEKDDSAQTRYIKTSGNATVDHLSKYLAVRLALEELRSKGESNQMNLDTASEKQYTIYIATASGQFTVLNGSFSLELVSEKYWKVNKPMELYYAPTKEHK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	RING1 and YY1-binding protein
分子量 formula_weight	24863.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MTMGDKKSPTRPKRQAKPAADEGFWDCSVCTFRNSAEAFKCSICDVRKGTSTRKPRINSQLVAQQVAQQYATPPPPKKEKKEKVEKQDKEKPEKDKEISPSVTKKNTNKKTKPKSDILKDPPSEANSIQSANATTKTSETNHTSRPRLKNVDRSTAQQLAVTVGNVTVIITDFKEKTRSSSTSSSTVTSSAGSEQQNQSSSGSESTDKGSSRSSTPKGDMSAVNDESF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	Ubiquitin
分子量 formula_weight	8622.9 kDa
突变 mutation	G76C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	Histone H1.4
分子量 formula_weight	21931.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

MSETAPAAPAAPAPAEKTPVKKKARKSAGAAKRKASGPPVSELITKAVAASKERSGVSLAALKKALAAAGYDVEKNNSRIKLGLKSLVSKGTLVQTKGTGASGSFKLNKKAASGEAKPKAKKAGAAKAKKPAGAAKKPKKATGAATPKKSAKKTPKKAKKPAAAAGAKKAKSPKKAKAAKPKKAPKSPAKAKAVKPKAAKPKTAKPKAAKPKKAAAKKK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	205635

ncPRC1RYBP bound to H2AK119Ub/H1.4 chromatosome

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3.2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2A type 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B 1.1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Polycomb complex protein BMI-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

E3 ubiquitin-protein ligase RING2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RING1 and YY1-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H1.4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9dde__assembly_1__model_1

9dde__assembly_1__model_1 | I(q)

9dde__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment