9g25

snR30 snoRNP - State 1 - Utp23-Krr1-deltaC3

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 163.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H/ACA ribonucleoprotein complex subunit CBF5

物种未注明

UniProt P33322

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 12 RNA 2 PDB 声明:14-meric(14) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–483 链 E; UniProt 1–483 未记录 RDN18-1 × 1 snR30 × 1 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NOP10 × 2 (Q6Q547) H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR1 × 1 (P28007) H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NHP2 × 2 (P32495) KRR1 small subunit processome component × 1 (P25586) Protein KRI1 × 1 (P42846) 40S ribosomal protein S13 × 1 (P05756) rRNA-processing protein UTP23 × 1 (Q12339) 40S ribosomal protein S14-A × 1 (P06367) ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.89 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CBF5_YEAST
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–483; UniProt 1–483 作者链 E; PDB构建体 1–483; UniProt 1–483

H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NOP10

物种未注明

UniProt Q6Q547

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 12 RNA 2 PDB 声明:14-meric(14) 与全部聚合物数一致 链 B; UniProt 1–58 链 F; UniProt 1–58 未记录 RDN18-1 × 1 snR30 × 1 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit CBF5 × 2 (P33322) H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR1 × 1 (P28007) H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NHP2 × 2 (P32495) KRR1 small subunit processome component × 1 (P25586) Protein KRI1 × 1 (P42846) 40S ribosomal protein S13 × 1 (P05756) rRNA-processing protein UTP23 × 1 (Q12339) 40S ribosomal protein S14-A × 1 (P06367) ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.89 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NOP10_YEAST
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–58; UniProt 1–58 作者链 F; PDB构建体 1–58; UniProt 1–58

H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR1

物种未注明

UniProt P28007

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 12 RNA 2 PDB 声明:14-meric(14) 与全部聚合物数一致 链 C; UniProt 1–205 未记录 RDN18-1 × 1 snR30 × 1 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit CBF5 × 2 (P33322) H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NOP10 × 2 (Q6Q547) H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NHP2 × 2 (P32495) KRR1 small subunit processome component × 1 (P25586) Protein KRI1 × 1 (P42846) 40S ribosomal protein S13 × 1 (P05756) rRNA-processing protein UTP23 × 1 (Q12339) 40S ribosomal protein S14-A × 1 (P06367) ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.89 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GAR1_YEAST
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–205; UniProt 1–205

H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NHP2

物种未注明

UniProt P32495

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 12 RNA 2 PDB 声明:14-meric(14) 与全部聚合物数一致 链 D; UniProt 1–156 链 G; UniProt 1–156 未记录 RDN18-1 × 1 snR30 × 1 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit CBF5 × 2 (P33322) H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NOP10 × 2 (Q6Q547) H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR1 × 1 (P28007) KRR1 small subunit processome component × 1 (P25586) Protein KRI1 × 1 (P42846) 40S ribosomal protein S13 × 1 (P05756) rRNA-processing protein UTP23 × 1 (Q12339) 40S ribosomal protein S14-A × 1 (P06367) ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.89 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NHP2_YEAST
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–156; UniProt 1–156 作者链 G; PDB构建体 1–156; UniProt 1–156

KRR1 small subunit processome component

物种未注明

UniProt P25586

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 12 RNA 2 PDB 声明:14-meric(14) 与全部聚合物数一致 链 H; UniProt 1–316 未记录 RDN18-1 × 1 snR30 × 1 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit CBF5 × 2 (P33322) H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NOP10 × 2 (Q6Q547) H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR1 × 1 (P28007) H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NHP2 × 2 (P32495) Protein KRI1 × 1 (P42846) 40S ribosomal protein S13 × 1 (P05756) rRNA-processing protein UTP23 × 1 (Q12339) 40S ribosomal protein S14-A × 1 (P06367) ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.89 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 20 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KRR1_YEAST
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–316; UniProt 1–316

Protein KRI1

物种未注明

UniProt P42846

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 12 RNA 2 PDB 声明:14-meric(14) 与全部聚合物数一致 链 I; UniProt 1–591 未记录 RDN18-1 × 1 snR30 × 1 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit CBF5 × 2 (P33322) H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NOP10 × 2 (Q6Q547) H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR1 × 1 (P28007) H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NHP2 × 2 (P32495) KRR1 small subunit processome component × 1 (P25586) 40S ribosomal protein S13 × 1 (P05756) rRNA-processing protein UTP23 × 1 (Q12339) 40S ribosomal protein S14-A × 1 (P06367) ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.89 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KRI1_YEAST
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–591; UniProt 1–591

40S ribosomal protein S13

物种未注明

UniProt P05756

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 12 RNA 2 PDB 声明:14-meric(14) 与全部聚合物数一致 链 J; UniProt 1–151 未记录 RDN18-1 × 1 snR30 × 1 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit CBF5 × 2 (P33322) H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NOP10 × 2 (Q6Q547) H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR1 × 1 (P28007) H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NHP2 × 2 (P32495) KRR1 small subunit processome component × 1 (P25586) Protein KRI1 × 1 (P42846) rRNA-processing protein UTP23 × 1 (Q12339) 40S ribosomal protein S14-A × 1 (P06367) ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.89 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 204 个其他 PDB 条目、243 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RS13_YEAST
Isoform
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 J; PDB构建体 1–151; UniProt 1–151

rRNA-processing protein UTP23

物种未注明

UniProt Q12339

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 12 RNA 2 PDB 声明:14-meric(14) 与全部聚合物数一致 链 K; UniProt 1–254 未记录 RDN18-1 × 1 snR30 × 1 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit CBF5 × 2 (P33322) H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NOP10 × 2 (Q6Q547) H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR1 × 1 (P28007) H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NHP2 × 2 (P32495) KRR1 small subunit processome component × 1 (P25586) Protein KRI1 × 1 (P42846) 40S ribosomal protein S13 × 1 (P05756) 40S ribosomal protein S14-A × 1 (P06367) ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.89 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UTP23_YEAST
Isoform
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 1–254; UniProt 1–254

40S ribosomal protein S14-A

物种未注明

UniProt P06367

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 12 RNA 2 PDB 声明:14-meric(14) 与全部聚合物数一致 链 L; UniProt 1–137 未记录 RDN18-1 × 1 snR30 × 1 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit CBF5 × 2 (P33322) H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NOP10 × 2 (Q6Q547) H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR1 × 1 (P28007) H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NHP2 × 2 (P32495) KRR1 small subunit processome component × 1 (P25586) Protein KRI1 × 1 (P42846) 40S ribosomal protein S13 × 1 (P05756) rRNA-processing protein UTP23 × 1 (Q12339) ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.89 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 153 个其他 PDB 条目、180 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RS14A_YEAST
Isoform
PDB实体 11
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 1–137; UniProt 1–137

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9g25

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9g25
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9g25
沉积日期 deposition_date2024-07-10
最后修订 last_revision2025-06-18
结构标题 titlesnR30 snoRNP - State 1 - Utp23-Krr1-deltaC3
关键词 keywords90S, pre-ribosome, snoRNA, snR30, snoRNP, ribosome biogenesis, H/ACA, 18S rRNA, RIBOSOME; RIBOSOME
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier53.58
回转半径 Rg (电子) rg_electron52.80
零角强度 I(0) i02709200000.00
分子量 molecular_weight348910.0 kDa
排除体积 excluded_volume400520 ų
包络体积 envelope_volume651000 ų
水化壳体积 shell_volume100650 ų
包络直径 envelope_diameter171.9
壳层 Rg shell_rg58.87
包络 Rg envelope_rg50.69
形状 Rg shape_rg52.80
总 Rg total_rg52.95
总原子数 total_atoms24015
残基数 n_residues2463
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax163.2
Rg (实空间) rg_real53.28
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.13
I(0) (实空间) i0_real2.7090e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.3640e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal53.81
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2711000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8833
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary78.8
偏度 Skewness skewness-0.045
峰度 Kurtosis kurtosis-0.653
角度范围 angular_range— – 0.1450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha131500000.0000
实空间数据点数 n_real_points30
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.930; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.719

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)