9jmj

Cryo-EM structure of the GD-BatCoV (BtCoV/Ii/GD/2014-422) RBD in complex with human DPP4

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 138.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dipeptidyl peptidase 4 soluble form,Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant gamma 1

Homo sapiens

UniProt P01857

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 8 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 99–330 链 B; UniProt 99–330 链 C; UniProt 99–330 片段:RBD,RBD 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 134 个其他 PDB 条目、162 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IGHG1_HUMAN
Isoform P01857-1
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 767–998; UniProt 99–330 作者链 C; PDB构建体 767–998; UniProt 99–330 作者链 B; PDB构建体 271–502; UniProt 99–330

Dipeptidyl peptidase 4 soluble form,Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant gamma 1

Homo sapiens

UniProt P27487

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 8 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 39–766 链 C; UniProt 39–766 未记录 Spike glycoprotein,Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant gamma 1 × 1 (A0A2R4KP93,P01857) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 113 个其他 PDB 条目、169 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DPP4_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 25–752; UniProt 39–766 作者链 C; PDB构建体 25–752; UniProt 39–766

Spike glycoprotein,Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant gamma 1

Homo sapiens

UniProt A0A2R4KP93

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 8 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 371–610 片段:RBD,RBD Dipeptidyl peptidase 4 soluble form,Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant gamma 1 × 2 (P27487,P01857) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A2R4KP93_MERS
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 17–256; UniProt 371–610

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9jmj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9jmj
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9jmj
沉积日期 deposition_date2024-09-20
结构标题 titleCryo-EM structure of the GD-BatCoV (BtCoV/Ii/GD/2014-422) RBD in complex with human DPP4
关键词 keywordscomplex, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier42.69
回转半径 Rg (电子) rg_electron42.39
零角强度 I(0) i0557216000.00
分子量 molecular_weight195700.0 kDa
排除体积 excluded_volume244920 ų
包络体积 envelope_volume333900 ų
水化壳体积 shell_volume64991 ų
包络直径 envelope_diameter144.7
壳层 Rg shell_rg48.22
包络 Rg envelope_rg41.96
形状 Rg shape_rg42.32
总 Rg total_rg42.90
总原子数 total_atoms13813
残基数 n_residues1656
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax138.7
Rg (实空间) rg_real42.69
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.93
I(0) (实空间) i0_real5.5720e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.5090e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal42.69
I(0) (倒空间) i0_reciprocal557200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8828
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary45.0
偏度 Skewness skewness0.302
峰度 Kurtosis kurtosis-0.565
角度范围 angular_range— – 0.1850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha67630000.0000
实空间数据点数 n_real_points38
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.897; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.781

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)