9k0d

Cryo-EM structure of Amyloid-beta42-4b polymorph 1

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 99.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Amyloid-beta A4 protein

物种未注明

UniProt B4DMD5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 18 PDB 声明:18-meric(18) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 524–565 链 D; UniProt 524–565 链 G; UniProt 524–565 链 H; UniProt 524–565 链 M; UniProt 524–565 链 N; UniProt 524–565 链 O; UniProt 524–565 链 P; UniProt 524–565 链 U; UniProt 524–565 链 V; UniProt 524–565 链 W; UniProt 524–565 链 X; UniProt 524–565 未记录 Amyloid-beta protein 40 × 6 (P05067) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B4DMD5_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–42; UniProt 524–565 作者链 D; PDB构建体 1–42; UniProt 524–565 作者链 G; PDB构建体 1–42; UniProt 524–565 作者链 H; PDB构建体 1–42; UniProt 524–565 作者链 M; PDB构建体 1–42; UniProt 524–565 作者链 N; PDB构建体 1–42; UniProt 524–565 作者链 O; PDB构建体 1–42; UniProt 524–565 作者链 P; PDB构建体 1–42; UniProt 524–565 作者链 U; PDB构建体 1–42; UniProt 524–565 作者链 V; PDB构建体 1–42; UniProt 524–565 作者链 W; PDB构建体 1–42; UniProt 524–565 作者链 X; PDB构建体 1–42; UniProt 524–565

Amyloid-beta protein 40

物种未注明

UniProt P05067

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 18 PDB 声明:18-meric(18) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 680–692 链 F; UniProt 680–692 链 K; UniProt 680–692 链 L; UniProt 680–692 链 S; UniProt 680–692 链 T; UniProt 680–692 未记录 Amyloid-beta A4 protein × 12 (B4DMD5) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 211 个其他 PDB 条目、282 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A4_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–13; UniProt 680–692 作者链 F; PDB构建体 1–13; UniProt 680–692 作者链 K; PDB构建体 1–13; UniProt 680–692 作者链 L; PDB构建体 1–13; UniProt 680–692 作者链 S; PDB构建体 1–13; UniProt 680–692 作者链 T; PDB构建体 1–13; UniProt 680–692

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9k0d

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9k0d
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9k0d
沉积日期 deposition_date2024-10-15
最后修订 last_revision2025-08-06
结构标题 titleCryo-EM structure of Amyloid-beta42-4b polymorph 1
关键词 keywordshelical fibril, amyloid-beta, PROTEIN FIBRIL, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.80
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.42
零角强度 I(0) i023881700.00
分子量 molecular_weight40596.0 kDa
排除体积 excluded_volume52089 ų
包络体积 envelope_volume66899 ų
水化壳体积 shell_volume20817 ų
包络直径 envelope_diameter101.3
壳层 Rg shell_rg33.38
包络 Rg envelope_rg29.50
形状 Rg shape_rg29.56
总 Rg total_rg29.41
总原子数 total_atoms2868
残基数 n_residues390
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax99.9
Rg (实空间) rg_real30.05
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.21
I(0) (实空间) i0_real2.3880e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.9800e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.95
I(0) (倒空间) i0_reciprocal23880000.0000
解质量估计 total_estimate0.8646
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.1
偏度 Skewness skewness0.441
峰度 Kurtosis kurtosis-0.498
角度范围 angular_range— – 0.2650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1062000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.868; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.749; Smooth: 0.884

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)