9n50

Crosslinked Crystal Structure of Human Mitochondrial Ketosynthase, OXSM, and Crosslinker-crypto Human Mitochondrial Acyl Carrier Protein, C8aBr-mACP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 93.9 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase, mitochondrial

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 38–459 链 B； UniProt 38–459	片段：residues 38-459	Acyl carrier protein, mitochondrial × 1 （O14561） A1BMZ N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-octanamidoethyl)-beta-alaninamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.5 M ammonium sulfate, 1 M lithium sulfate, and 0.1 M sodium citrate pH 5.6	分辨率 2.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9N50	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2C9H Structure of mitochondrial beta-ketoacyl synthase 提交 2005-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 39–459（421 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；0.1 M BIS-TRIS PH=5.5, 25% PEG3350, 0.20 M NH4AC, pH 5.50	分辨率 1.80 Å R-free 0.240
2IWY Human mitochondrial beta-ketoacyl ACP synthase 提交 2006-07-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 38–459（422 aa）片段：RESIDUES 38-459 链 B 38–459（422 aa）片段：RESIDUES 38-459	未记录	NH4 AMMONIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.8；24% PEG-3350, 0.2 M NH4CL, pH 7.80	分辨率 2.06 Å R-free 0.205
2IWZ Human mitochondrial beta-ketoacyl ACP synthase complexed with hexanoic acid 提交 2006-07-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 38–459（422 aa）片段：RESIDUES 38-459 链 B 38–459（422 aa）片段：RESIDUES 38-459	未记录	6NA HEXANOIC ACID × 2 NH4 AMMONIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.8；24% PEG3350, 0.2M NH4CL, pH 7.80	分辨率 1.65 Å R-free 0.188
9N51 Crosslinked Crystal Structure of Human Mitochondrial Ketosynthase, OXSM, and Crosslinker-crypto Human Mitochondrial Acyl Carrier Protein, C8Cl-mACP 提交 2025-02-03	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 38–459（422 aa）片段：residues 38-459 链 B 38–459（422 aa）片段：residues 38-459	未记录	A1BMZ N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-octanamidoethyl)-beta-alaninamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.5 M ammonium sulfate, 1 M lithium sulfate, and 0.1 M sodium citrate pH 5.6	分辨率 2.31 Å R-free 0.273
9N51 Crosslinked Crystal Structure of Human Mitochondrial Ketosynthase, OXSM, and Crosslinker-crypto Human Mitochondrial Acyl Carrier Protein, C8Cl-mACP 提交 2025-02-03	结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 38–459（422 aa）片段：residues 38-459 链 E 38–459（422 aa）片段：residues 38-459	未记录	A1BMZ N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-octanamidoethyl)-beta-alaninamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.5 M ammonium sulfate, 1 M lithium sulfate, and 0.1 M sodium citrate pH 5.6	分辨率 2.31 Å R-free 0.273

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	OXSM_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–425； UniProt 38–459 作者链 B； PDB构建体 4–425； UniProt 38–459

Acyl carrier protein, mitochondrial

Homo sapiens

UniProt O14561

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 69–156	未记录	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase, mitochondrial × 2 （Q9NWU1） A1BMZ N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-octanamidoethyl)-beta-alaninamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.5 M ammonium sulfate, 1 M lithium sulfate, and 0.1 M sodium citrate pH 5.6	分辨率 2.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9N50	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2DNW Solution structure of RSGI RUH-059, an ACP domain of acyl carrier protein, mitochondrial [Precursor] from human cDNA 提交 2006-04-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 69–156（88 aa）片段：acyl carrier protein	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 0.91mM RSGI RUH-059 U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O, 90% H2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5OOL Structure of a native assembly intermediate of the human mitochondrial ribosome with unfolded interfacial rRNA 提交 2017-08-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：56-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 92 ZN ZINC ION × 3 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.45；2 mM Synercid (Santa Cruz Biotechnology, Inc) was added to reduce preferential orientation. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample incubated for 30 s prior to freezing.	分辨率 3.06 Å
5OOM Structure of a native assembly intermediate of the human mitochondrial ribosome with unfolded interfacial rRNA 提交 2017-08-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：55-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 49 ZN ZINC ION × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.45；2 mM Synercid (Santa Cruz Biotechnology, Inc) was added to reduce preferential orientation. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample incubated for 30 s prior to freezing.	分辨率 3.03 Å
5XTB Cryo-EM structure of human respiratory complex I matrix arm 提交 2017-06-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 G 72–156（85 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 1 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
5XTC Cryo-EM structure of human respiratory complex I transmembrane arm 提交 2017-06-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：29-meric	链 X 72–156（85 aa）	未记录	PLX (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL × 9 CDL CARDIOLIPIN × 5 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 4 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
5XTD Cryo-EM structure of human respiratory complex I 提交 2017-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：45-meric	链 G 72–156（85 aa）链 X 72–156（85 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 PLX (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL × 9 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 CDL CARDIOLIPIN × 5 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
5XTH Cryo-EM structure of human respiratory supercomplex I1III2IV1 提交 2017-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：80-meric	链 G 72–156（85 aa）片段：UNP RESIDUES 72-156 链 X 72–156（85 aa）片段：UNP RESIDUES 72-156	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 PLX (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL × 12 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 4 CDL CARDIOLIPIN × 14 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 10 CU COPPER (II) ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 HEA HEME-A × 2 ZN ZINC ION × 1 HEC HEME C × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
5XTI Cryo-EM architecture of human respiratory chain megacomplex-I2III2IV2 提交 2017-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 138 PDB 声明：138-meric	链 BG 72–156（85 aa）片段：UNP RESIDUES 72-196 链 BX 72–156（85 aa）片段：UNP RESIDUES 72-196 链 G 72–156（85 aa）片段：UNP RESIDUES 72-196 链 X 72–156（85 aa）片段：UNP RESIDUES 72-196	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 12 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 PLX (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL × 21 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 4 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 6 CDL CARDIOLIPIN × 19 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 14 CU COPPER (II) ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 2 HEA HEME-A × 4 ZN ZINC ION × 2 HEC HEME C × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 17.40 Å
6ODD Crystal structure of the human complex ACP-ISD11 提交 2019-03-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 72–156（85 aa）	未记录	8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；The drop was a 1:1 mix of protein (in 10 mM Tris buffer, 25 mM NaCl, pH 7.5) and reservoir solution (0.1 M Tris pH 9.1, 0.1 M CaCl2, 23% tert-butanol)	分辨率 2.00 Å R-free 0.216
6ODD Crystal structure of the human complex ACP-ISD11 提交 2019-03-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 72–156（85 aa）	未记录	8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；The drop was a 1:1 mix of protein (in 10 mM Tris buffer, 25 mM NaCl, pH 7.5) and reservoir solution (0.1 M Tris pH 9.1, 0.1 M CaCl2, 23% tert-butanol)	分辨率 2.00 Å R-free 0.216
7A5H Structure of the split human mitoribosomal large subunit with rescue factors mtRF-R and MTRES1 提交 2020-08-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：59-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 92 ZN ZINC ION × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7A5J Structure of the split human mitoribosomal large subunit with P-and E-site mt-tRNAs 提交 2020-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：63-meric	链 w 1–156（156 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 92 ZN ZINC ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
7O9K Human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate with MTERF4-NSUN4, MRM2, MTG1, the MALSU module, GTPBP5 and mtEF-Tu 提交 2021-04-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 67 PDB 声明：69-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 93 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
7O9M Human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate with MTERF4-NSUN4, MRM2, MTG1 and the MALSU module 提交 2021-04-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 64 PDB 声明：66-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 104 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
7ODR State A of the human mitoribosomal large subunit assembly intermediate 提交 2021-04-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：57-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	PM8 S-(2-{[N-(2-HYDROXY-4-{[HYDROXY(OXIDO)PHOSPHINO]OXY}-3,3-DIMETHYLBUTANOYL)-BETA-ALANYL]AMINO}ETHYL) DECANETHIOATE × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 97 K POTASSIUM ION × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；4 uL of the sample was blotted for 2-6 sec before plunging	分辨率 2.90 Å
7ODS State B of the human mitoribosomal large subunit assembly intermediate 提交 2021-04-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：58-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	PM8 S-(2-{[N-(2-HYDROXY-4-{[HYDROXY(OXIDO)PHOSPHINO]OXY}-3,3-DIMETHYLBUTANOYL)-BETA-ALANYL]AMINO}ETHYL) DECANETHIOATE × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 88 K POTASSIUM ION × 8 N ANY 5'-MONOPHOSPHATE NUCLEOTIDE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；4 uL of the sample was blotted for 2-6 sec before plunging	分辨率 3.10 Å
7ODT State C of the human mitoribosomal large subunit assembly intermediate 提交 2021-04-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：58-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 95 PM8 S-(2-{[N-(2-HYDROXY-4-{[HYDROXY(OXIDO)PHOSPHINO]OXY}-3,3-DIMETHYLBUTANOYL)-BETA-ALANYL]AMINO}ETHYL) DECANETHIOATE × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 10 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；4 uL of the sample was blotted for 2-6 sec before plunging	分辨率 3.10 Å
7OF0 Structure of a human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate in complex with MTERF4-NSUN4 (dataset1). 提交 2021-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：56-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 61	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.20 Å
7OF2 Structure of a human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate in complex with GTPBP6. 提交 2021-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：56-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 85 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
7OF3 Structure of a human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate in complex with MTERF4-NSUN4 (dataset2). 提交 2021-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：56-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 58 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
7OF5 Structure of a human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate in complex with MTERF4-NSUN4 and GTPBP5 (dataset2). 提交 2021-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：57-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 70 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
7OF7 Structure of a human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate in complex with MTERF4-NSUN4 and GTPBP5 (dataset1). 提交 2021-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：57-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 74	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å
7OI6 Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 1 提交 2021-05-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：52-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 48 ZN ZINC ION × 1 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.70 Å
7OI7 Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 2 提交 2021-05-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：54-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 49 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7OI8 Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 3A 提交 2021-05-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：55-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 49 ZN ZINC ION × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7OI9 Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 3B 提交 2021-05-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：54-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 49 ZN ZINC ION × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7OIC Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 4 提交 2021-05-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 76 ZN ZINC ION × 3 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
7OID Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 5A 提交 2021-05-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：56-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
7OIE Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 5B 提交 2021-05-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：55-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7PD3 Structure of the human mitoribosomal large subunit in complex with NSUN4.MTERF4.GTPBP7 and MALSU1.L0R8F8.mt-ACP 提交 2021-08-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：60-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 91 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7PO4 Assembly intermediate of human mitochondrial ribosome large subunit (largely unfolded rRNA with MALSU1, L0R8F8 and ACP) 提交 2021-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：60-meric	链 zc 1–156（156 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 35 K POTASSIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.56 Å
7QH6 Cryo-EM structure of the human mtLSU assembly intermediate upon MRM2 depletion - class 1 提交 2021-12-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：46-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.08 Å
7QH7 Cryo-EM structure of the human mtLSU assembly intermediate upon MRM2 depletion - class 4 提交 2021-12-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：49-meric	链 w 74–152（79 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 50 ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.89 Å
8K2B Cryo-EM structure of the human 39S mitoribosome with Tigecycline 提交 2023-07-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：55-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 95 T1C TIGECYCLINE × 1 ZN ZINC ION × 3 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8PK0 human mitoribosomal large subunit assembly intermediate 1 with GTPBP10-GTPBP7 提交 2023-06-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：58-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 PM8 S-(2-{[N-(2-HYDROXY-4-{[HYDROXY(OXIDO)PHOSPHINO]OXY}-3,3-DIMETHYLBUTANOYL)-BETA-ALANYL]AMINO}ETHYL) DECANETHIOATE × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 96 K POTASSIUM ION × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.03 Å
8QSJ Human mitoribosomal large subunit assembly intermediate 2 with GTPBP7 提交 2023-10-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：58-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 38 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 PM8 S-(2-{[N-(2-HYDROXY-4-{[HYDROXY(OXIDO)PHOSPHINO]OXY}-3,3-DIMETHYLBUTANOYL)-BETA-ALANYL]AMINO}ETHYL) DECANETHIOATE × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8QU5 mt-LSU assembly intermediate in GTPBP8 knock-out cells, state 2 提交 2023-10-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：55-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 48 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.42 Å
9CWT Human kidney respiratory complex I 提交 2024-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：45-meric	链 G 1–156（156 aa）链 X 1–156（156 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 ZMP S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate × 1 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å
9I4I High resolution Cryo-EM structure of human complex I in mitochondria 提交 2025-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：45-meric	链 H 1–156（156 aa）链 X 1–156（156 aa）	未记录	PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 7 CDL CARDIOLIPIN × 6 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 PLX (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL × 7 DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.63 Å
9N51 Crosslinked Crystal Structure of Human Mitochondrial Ketosynthase, OXSM, and Crosslinker-crypto Human Mitochondrial Acyl Carrier Protein, C8Cl-mACP 提交 2025-02-03	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 69–156（88 aa）	未记录	A1BMZ N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-octanamidoethyl)-beta-alaninamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.5 M ammonium sulfate, 1 M lithium sulfate, and 0.1 M sodium citrate pH 5.6	分辨率 2.31 Å R-free 0.273
9N51 Crosslinked Crystal Structure of Human Mitochondrial Ketosynthase, OXSM, and Crosslinker-crypto Human Mitochondrial Acyl Carrier Protein, C8Cl-mACP 提交 2025-02-03	结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 69–156（88 aa）	未记录	A1BMZ N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-octanamidoethyl)-beta-alaninamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.5 M ammonium sulfate, 1 M lithium sulfate, and 0.1 M sodium citrate pH 5.6	分辨率 2.31 Å R-free 0.273
9PRA In Situ Structure of the Human Mitoribosome Large Subunit 39S in Complex with EF-Tu 提交 2025-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 64 PDB 声明：66-meric	链 Af 1–156（156 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 36 MG MAGNESIUM ION × 141 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 SPD SPERMIDINE × 2 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1 VAL VALINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.83 Å
9TI4 High resolution Cryo-EM structure of human complex I in mitochondria 提交 2025-12-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：45-meric	链 H 72–156（85 aa）链 X 72–156（85 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 7 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 PLX (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL × 7 ZN ZINC ION × 1 CDL CARDIOLIPIN × 6 DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；25 mM HEPES-KOH pH=7.5, 50 mM KCl, 20 mM Mg(OAc)2, 0.01% (v/v) Lauryl Maltose Neopentyl Glycol (LMNG), 0.001 % cardiolipin, 0.001 % glycol-diosgenin (GDN, Sigma-Aldrich), 0.1mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.66 Å

共 41 个其他 PDB 条目、43 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ACPM_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–88； UniProt 69–156

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9n50
沉积日期 deposition_date	2025-02-03
最后修订 last_revision	2025-09-24
结构标题 title	Crosslinked Crystal Structure of Human Mitochondrial Ketosynthase, OXSM, and Crosslinker-crypto Human Mitochondrial Acyl Carrier Protein, C8aBr-mACP
关键词 keywords	Crosslinked Complex, Human mitochondria, Type II Fatty Acid Biosynthesis, Ketosynthase, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.19 Å
零角强度 I(0) i0	299565000.00
分子量 molecular_weight	91742.0 kDa
排除体积 excluded_volume	88354 Å³
包络体积 envelope_volume	143180 Å³
水化壳体积 shell_volume	41873 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.8 Å
壳层 Rg shell_rg	36.07 Å
包络 Rg envelope_rg	27.53 Å
形状 Rg shape_rg	27.21 Å
总 Rg total_rg	27.74 Å
总原子数 total_atoms	6934
残基数 n_residues	924
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	93.9 Å
Rg (实空间) rg_real	27.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9960e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.1490e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	299600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7970
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.228
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.346
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	65100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.786; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase, mitochondrial
分子量 formula_weight	44903.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.41
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6973

GHMSRLHRRVVITGIGLVTPLGVGTHLVWDRLIGGESGIVSLVGEEYKSIPCSVAAYVPRGSDEGQFNEQNFVSKSDIKSMSSPTIMAIGAAELAMKDSGWHPQSEADQVATGVAIGMGMIPLEVVSETALNFQTKGYNKVSPFFVPKILVNMAAGQVSIRYKLKGPNHAVSTACTTGAHAVGDSFRFIAHGDADVMVAGGTDSCISPLSLAGFSRARALSTNSDPKLACRPFHPKRDGFVMGEGAAVLVLEEYEHAVQRRARIYAEVLGYGLSGDAGHITAPDPEGEGALRCMAAALKDAGVQPEEISYINAHATSTPLGDAAENKAIKHLFKDHAYALAVSSTKGATGHLLGAAGAVEAAFTTLACYYQKLPPTLNLDCSEPEFDLNYVPLKAQEWKTEKRFIGLTNSFGFGGTNATLCIAGL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Acyl carrier protein, mitochondrial
分子量 formula_weight	10178.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

SDMPPLTLEGIQDRVLYVLKLYDKIDPEKLSVNSHFMKDLGLDSLDQVEIIMAMEDEFGFEIPDIDAEKLMCPQEIVDYIADKKDVYE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-octanamidoethyl)-beta-alaninamide
分子量 formula_weight	467.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	7

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	133.947 Å
晶胞边长 b length_b	119.437 Å
晶胞边长 c length_c	78.874 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.29 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	62.980 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2200
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/n5/9n50/9n50.fit
pddf	/app/data/pr_computation/n5/9n50/9n50.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/n5/9n50/9n50.dat

Crosslinked Crystal Structure of Human Mitochondrial Ketosynthase, OXSM, and Crosslinker-crypto Human Mitochondrial Acyl Carrier Protein, C8aBr-mACP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Acyl carrier protein, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)