9ogn

Crystal Structure of KPT396 in complex with CRM1-Ran-RanBP1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 109.0 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GTP-binding nuclear protein Ran

Homo sapiens

UniProt P62826

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–216 未记录 Ran-specific GTPase-activating protein 1 × 1 (P41920) Exportin-1 × 1 (P30822) GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 CL CHLORIDE ION × 3 A1CBD 3-(3-{3-[(but-2-yn-1-yl)oxy]-5-(trifluoromethyl)phenyl}-1H-1,2,4-triazol-1-yl)-N-(piperidin-1-yl)propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;17% PEG3350, 100 mM Bis-Tris (pH 6.6) and 200 mM ammonium nitrate 分辨率 2.41 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 137 个其他 PDB 条目、203 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAN_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 22–237; UniProt 1–216

Ran-specific GTPase-activating protein 1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P41920

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 62–201 未记录 GTP-binding nuclear protein Ran × 1 (P62826) Exportin-1 × 1 (P30822) GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 CL CHLORIDE ION × 3 A1CBD 3-(3-{3-[(but-2-yn-1-yl)oxy]-5-(trifluoromethyl)phenyl}-1H-1,2,4-triazol-1-yl)-N-(piperidin-1-yl)propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;17% PEG3350, 100 mM Bis-Tris (pH 6.6) and 200 mM ammonium nitrate 分辨率 2.41 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 65 个其他 PDB 条目、65 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 YRB1_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 4–143; UniProt 62–201

Exportin-1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P30822

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–1058 突变:T539C, Y1022C GTP-binding nuclear protein Ran × 1 (P62826) Ran-specific GTPase-activating protein 1 × 1 (P41920) GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 CL CHLORIDE ION × 3 A1CBD 3-(3-{3-[(but-2-yn-1-yl)oxy]-5-(trifluoromethyl)phenyl}-1H-1,2,4-triazol-1-yl)-N-(piperidin-1-yl)propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;17% PEG3350, 100 mM Bis-Tris (pH 6.6) and 200 mM ammonium nitrate 分辨率 2.41 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 69 个其他 PDB 条目、73 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 XPO1_YEAST
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 4–1024; UniProt 1–1058

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9ogn

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9ogn
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9ogn
沉积日期 deposition_date2025-05-01
结构标题 titleCrystal Structure of KPT396 in complex with CRM1-Ran-RanBP1
关键词 keywordsExportin, SINE, Export, XPO1, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.05
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.20
零角强度 I(0) i0342329000.00
分子量 molecular_weight154890.0 kDa
排除体积 excluded_volume195990 ų
包络体积 envelope_volume252610 ų
水化壳体积 shell_volume57596 ų
包络直径 envelope_diameter109.0
壳层 Rg shell_rg43.67
包络 Rg envelope_rg34.49
形状 Rg shape_rg35.19
总 Rg total_rg35.83
总原子数 total_atoms21849
残基数 n_residues1338
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax109.0
Rg (实空间) rg_real35.80
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.75
I(0) (实空间) i0_real3.4230e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.3860e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.96
I(0) (倒空间) i0_reciprocal342400000.0000
解质量估计 total_estimate0.9064
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary47.1
偏度 Skewness skewness0.040
峰度 Kurtosis kurtosis-0.612
角度范围 angular_range— – 0.2200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha52100000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.952; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.944

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)