9uyh

Cryo-EM structure of the G protein-coupled receptor 1 (GPR1) bound to chemerin and beta-arrestin 1 (Conformation 1)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 122.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Retinoic acid receptor responder protein 2

Homo sapiens

UniProt Q99969

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 20–157 未记录 Beta-arrestin-1 × 1 (P49407) Nanobody 32 × 1 Chemerin-like receptor 2,Vasopressin V2 receptor × 1 (P46091,P30518) Single-chain fragment variable 30 (scFv30) × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RARR2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 16–153; UniProt 20–157

Beta-arrestin-1

Homo sapiens

UniProt P49407

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–376 突变:C59A, C125S, C140I, C150V, R169E, C242V, C251V and C269S Retinoic acid receptor responder protein 2 × 1 (Q99969) Nanobody 32 × 1 Chemerin-like receptor 2,Vasopressin V2 receptor × 1 (P46091,P30518) Single-chain fragment variable 30 (scFv30) × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 30 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARRB1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–376; UniProt 1–376

Chemerin-like receptor 2,Vasopressin V2 receptor

Homo sapiens

UniProt P30518

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 343–371 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Retinoic acid receptor responder protein 2 × 1 (Q99969) Beta-arrestin-1 × 1 (P49407) Nanobody 32 × 1 Single-chain fragment variable 30 (scFv30) × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 36 个其他 PDB 条目、37 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 V2R_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 368–396; UniProt 343–371

Chemerin-like receptor 2,Vasopressin V2 receptor

Homo sapiens

UniProt P46091

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 2–322 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Retinoic acid receptor responder protein 2 × 1 (Q99969) Beta-arrestin-1 × 1 (P49407) Nanobody 32 × 1 Single-chain fragment variable 30 (scFv30) × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CML2_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 47–367; UniProt 2–322

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9uyh

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9uyh
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9uyh
沉积日期 deposition_date2025-05-15
结构标题 titleCryo-EM structure of the G protein-coupled receptor 1 (GPR1) bound to chemerin and beta-arrestin 1 (Conformation 1)
关键词 keywords;G protein-coupled receptor 1, chemerin, beta-arrestin1, signaling protein, MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM, MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex ;; MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.66
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.46
零角强度 I(0) i0152194000.00
分子量 molecular_weight101530.0 kDa
排除体积 excluded_volume127940 ų
包络体积 envelope_volume171630 ų
水化壳体积 shell_volume40970 ų
包络直径 envelope_diameter131.2
壳层 Rg shell_rg40.65
包络 Rg envelope_rg36.40
形状 Rg shape_rg36.49
总 Rg total_rg36.67
总原子数 total_atoms7176
残基数 n_residues960
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax122.8
Rg (实空间) rg_real36.79
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.10
I(0) (实空间) i0_real1.5220e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5340e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.71
I(0) (倒空间) i0_reciprocal152200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8752
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary42.9
偏度 Skewness skewness0.391
峰度 Kurtosis kurtosis-0.403
角度范围 angular_range— – 0.2150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha25820000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.888; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.887; Smooth: 0.821

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)