9ze3

Cryo-EM structure of the endogenous U2/branchpoint spliceosomal complex (Distal DHX15 state)

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-binding protein 5

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 13 RNA 2	ATP-dependent RNA helicase DHX15 × 1 （O43143） U2 snRNP-associated SURP motif-containing protein × 1 （O15042） U2 snRNA × 1 PHD finger-like domain-containing protein 5A × 1 （Q7RTV0） Pre-mRNA × 1 Splicing factor 3B subunit 1 × 1 （O75533） Splicing factor 3B subunit 2 × 1 （Q13435） Splicing factor 3B subunit 3 × 1 （Q15393） Splicing factor 3B subunit 4 × 1 （Q15427） Splicing factor 3B subunit 5 × 1 （Q9BWJ5） Splicing factor 3B subunit 6 × 1 （Q9Y3B4） Splicing factor 3A subunit 1 × 1 （Q15459） Splicing factor 3A subunit 2 × 1 （Q15428） Splicing factor 3A subunit 3 × 1 （Q12874） ZINC ION × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RBM5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–815； UniProt 1–815

ATP-dependent RNA helicase DHX15

物种未注明

UniProt O43143

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 13 RNA 2	RNA-binding protein 5 × 1 （P52756） U2 snRNP-associated SURP motif-containing protein × 1 （O15042） U2 snRNA × 1 PHD finger-like domain-containing protein 5A × 1 （Q7RTV0） Pre-mRNA × 1 Splicing factor 3B subunit 1 × 1 （O75533） Splicing factor 3B subunit 2 × 1 （Q13435） Splicing factor 3B subunit 3 × 1 （Q15393） Splicing factor 3B subunit 4 × 1 （Q15427） Splicing factor 3B subunit 5 × 1 （Q9BWJ5） Splicing factor 3B subunit 6 × 1 （Q9Y3B4） Splicing factor 3A subunit 1 × 1 （Q15459） Splicing factor 3A subunit 2 × 1 （Q15428） Splicing factor 3A subunit 3 × 1 （Q12874） ZINC ION × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	DHX15_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–795； UniProt 1–795

U2 snRNP-associated SURP motif-containing protein

物种未注明

UniProt O15042

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 13 RNA 2	RNA-binding protein 5 × 1 （P52756） ATP-dependent RNA helicase DHX15 × 1 （O43143） U2 snRNA × 1 PHD finger-like domain-containing protein 5A × 1 （Q7RTV0） Pre-mRNA × 1 Splicing factor 3B subunit 1 × 1 （O75533） Splicing factor 3B subunit 2 × 1 （Q13435） Splicing factor 3B subunit 3 × 1 （Q15393） Splicing factor 3B subunit 4 × 1 （Q15427） Splicing factor 3B subunit 5 × 1 （Q9BWJ5） Splicing factor 3B subunit 6 × 1 （Q9Y3B4） Splicing factor 3A subunit 1 × 1 （Q15459） Splicing factor 3A subunit 2 × 1 （Q15428） Splicing factor 3A subunit 3 × 1 （Q12874） ZINC ION × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SR140_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–1029； UniProt 1–1029

PHD finger-like domain-containing protein 5A

物种未注明

UniProt Q7RTV0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 13 RNA 2	RNA-binding protein 5 × 1 （P52756） ATP-dependent RNA helicase DHX15 × 1 （O43143） U2 snRNP-associated SURP motif-containing protein × 1 （O15042） U2 snRNA × 1 Pre-mRNA × 1 Splicing factor 3B subunit 1 × 1 （O75533） Splicing factor 3B subunit 2 × 1 （Q13435） Splicing factor 3B subunit 3 × 1 （Q15393） Splicing factor 3B subunit 4 × 1 （Q15427） Splicing factor 3B subunit 5 × 1 （Q9BWJ5） Splicing factor 3B subunit 6 × 1 （Q9Y3B4） Splicing factor 3A subunit 1 × 1 （Q15459） Splicing factor 3A subunit 2 × 1 （Q15428） Splicing factor 3A subunit 3 × 1 （Q12874） ZINC ION × 3	与全部聚合物一致

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UniProt名称	PHF5A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–110； UniProt 1–110

Splicing factor 3B subunit 1

物种未注明

UniProt O75533

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 13 RNA 2	RNA-binding protein 5 × 1 （P52756） ATP-dependent RNA helicase DHX15 × 1 （O43143） U2 snRNP-associated SURP motif-containing protein × 1 （O15042） U2 snRNA × 1 PHD finger-like domain-containing protein 5A × 1 （Q7RTV0） Pre-mRNA × 1 Splicing factor 3B subunit 2 × 1 （Q13435） Splicing factor 3B subunit 3 × 1 （Q15393） Splicing factor 3B subunit 4 × 1 （Q15427） Splicing factor 3B subunit 5 × 1 （Q9BWJ5） Splicing factor 3B subunit 6 × 1 （Q9Y3B4） Splicing factor 3A subunit 1 × 1 （Q15459） Splicing factor 3A subunit 2 × 1 （Q15428） Splicing factor 3A subunit 3 × 1 （Q12874） ZINC ION × 3	与全部聚合物一致

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UniProt名称	SF3B1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 B1； PDB构建体 1–1304； UniProt 1–1304

Splicing factor 3B subunit 2

物种未注明

UniProt Q13435

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 13 RNA 2	RNA-binding protein 5 × 1 （P52756） ATP-dependent RNA helicase DHX15 × 1 （O43143） U2 snRNP-associated SURP motif-containing protein × 1 （O15042） U2 snRNA × 1 PHD finger-like domain-containing protein 5A × 1 （Q7RTV0） Pre-mRNA × 1 Splicing factor 3B subunit 1 × 1 （O75533） Splicing factor 3B subunit 3 × 1 （Q15393） Splicing factor 3B subunit 4 × 1 （Q15427） Splicing factor 3B subunit 5 × 1 （Q9BWJ5） Splicing factor 3B subunit 6 × 1 （Q9Y3B4） Splicing factor 3A subunit 1 × 1 （Q15459） Splicing factor 3A subunit 2 × 1 （Q15428） Splicing factor 3A subunit 3 × 1 （Q12874） ZINC ION × 3	与全部聚合物一致

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UniProt名称	SF3B2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 B2； PDB构建体 1–895； UniProt 1–895

Splicing factor 3B subunit 3

物种未注明

UniProt Q15393

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 13 RNA 2	RNA-binding protein 5 × 1 （P52756） ATP-dependent RNA helicase DHX15 × 1 （O43143） U2 snRNP-associated SURP motif-containing protein × 1 （O15042） U2 snRNA × 1 PHD finger-like domain-containing protein 5A × 1 （Q7RTV0） Pre-mRNA × 1 Splicing factor 3B subunit 1 × 1 （O75533） Splicing factor 3B subunit 2 × 1 （Q13435） Splicing factor 3B subunit 4 × 1 （Q15427） Splicing factor 3B subunit 5 × 1 （Q9BWJ5） Splicing factor 3B subunit 6 × 1 （Q9Y3B4） Splicing factor 3A subunit 1 × 1 （Q15459） Splicing factor 3A subunit 2 × 1 （Q15428） Splicing factor 3A subunit 3 × 1 （Q12874） ZINC ION × 3	与全部聚合物一致

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UniProt名称	SF3B3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 B3； PDB构建体 1–1217； UniProt 1–1217

Splicing factor 3B subunit 4

物种未注明

UniProt Q15427

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 13 RNA 2	RNA-binding protein 5 × 1 （P52756） ATP-dependent RNA helicase DHX15 × 1 （O43143） U2 snRNP-associated SURP motif-containing protein × 1 （O15042） U2 snRNA × 1 PHD finger-like domain-containing protein 5A × 1 （Q7RTV0） Pre-mRNA × 1 Splicing factor 3B subunit 1 × 1 （O75533） Splicing factor 3B subunit 2 × 1 （Q13435） Splicing factor 3B subunit 3 × 1 （Q15393） Splicing factor 3B subunit 5 × 1 （Q9BWJ5） Splicing factor 3B subunit 6 × 1 （Q9Y3B4） Splicing factor 3A subunit 1 × 1 （Q15459） Splicing factor 3A subunit 2 × 1 （Q15428） Splicing factor 3A subunit 3 × 1 （Q12874） ZINC ION × 3	与全部聚合物一致

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UniProt名称	SF3B4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 B4； PDB构建体 1–424； UniProt 1–424

Splicing factor 3B subunit 5

物种未注明

UniProt Q9BWJ5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 13 RNA 2	RNA-binding protein 5 × 1 （P52756） ATP-dependent RNA helicase DHX15 × 1 （O43143） U2 snRNP-associated SURP motif-containing protein × 1 （O15042） U2 snRNA × 1 PHD finger-like domain-containing protein 5A × 1 （Q7RTV0） Pre-mRNA × 1 Splicing factor 3B subunit 1 × 1 （O75533） Splicing factor 3B subunit 2 × 1 （Q13435） Splicing factor 3B subunit 3 × 1 （Q15393） Splicing factor 3B subunit 4 × 1 （Q15427） Splicing factor 3B subunit 6 × 1 （Q9Y3B4） Splicing factor 3A subunit 1 × 1 （Q15459） Splicing factor 3A subunit 2 × 1 （Q15428） Splicing factor 3A subunit 3 × 1 （Q12874） ZINC ION × 3	与全部聚合物一致

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UniProt名称	SF3B5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 B5； PDB构建体 1–86； UniProt 1–86

Splicing factor 3B subunit 6

物种未注明

UniProt Q9Y3B4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 13 RNA 2	RNA-binding protein 5 × 1 （P52756） ATP-dependent RNA helicase DHX15 × 1 （O43143） U2 snRNP-associated SURP motif-containing protein × 1 （O15042） U2 snRNA × 1 PHD finger-like domain-containing protein 5A × 1 （Q7RTV0） Pre-mRNA × 1 Splicing factor 3B subunit 1 × 1 （O75533） Splicing factor 3B subunit 2 × 1 （Q13435） Splicing factor 3B subunit 3 × 1 （Q15393） Splicing factor 3B subunit 4 × 1 （Q15427） Splicing factor 3B subunit 5 × 1 （Q9BWJ5） Splicing factor 3A subunit 1 × 1 （Q15459） Splicing factor 3A subunit 2 × 1 （Q15428） Splicing factor 3A subunit 3 × 1 （Q12874） ZINC ION × 3	与全部聚合物一致

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UniProt名称	SF3B6_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	12
链与序列区间	作者链 B6； PDB构建体 1–125； UniProt 1–125

Splicing factor 3A subunit 1

物种未注明

UniProt Q15459

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 13 RNA 2	RNA-binding protein 5 × 1 （P52756） ATP-dependent RNA helicase DHX15 × 1 （O43143） U2 snRNP-associated SURP motif-containing protein × 1 （O15042） U2 snRNA × 1 PHD finger-like domain-containing protein 5A × 1 （Q7RTV0） Pre-mRNA × 1 Splicing factor 3B subunit 1 × 1 （O75533） Splicing factor 3B subunit 2 × 1 （Q13435） Splicing factor 3B subunit 3 × 1 （Q15393） Splicing factor 3B subunit 4 × 1 （Q15427） Splicing factor 3B subunit 5 × 1 （Q9BWJ5） Splicing factor 3B subunit 6 × 1 （Q9Y3B4） Splicing factor 3A subunit 2 × 1 （Q15428） Splicing factor 3A subunit 3 × 1 （Q12874） ZINC ION × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SF3A1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	13
链与序列区间	作者链 A1； PDB构建体 1–793； UniProt 1–793

Splicing factor 3A subunit 2

物种未注明

UniProt Q15428

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 13 RNA 2	RNA-binding protein 5 × 1 （P52756） ATP-dependent RNA helicase DHX15 × 1 （O43143） U2 snRNP-associated SURP motif-containing protein × 1 （O15042） U2 snRNA × 1 PHD finger-like domain-containing protein 5A × 1 （Q7RTV0） Pre-mRNA × 1 Splicing factor 3B subunit 1 × 1 （O75533） Splicing factor 3B subunit 2 × 1 （Q13435） Splicing factor 3B subunit 3 × 1 （Q15393） Splicing factor 3B subunit 4 × 1 （Q15427） Splicing factor 3B subunit 5 × 1 （Q9BWJ5） Splicing factor 3B subunit 6 × 1 （Q9Y3B4） Splicing factor 3A subunit 1 × 1 （Q15459） Splicing factor 3A subunit 3 × 1 （Q12874） ZINC ION × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SF3A2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	14
链与序列区间	作者链 A2； PDB构建体 1–464； UniProt 1–464

Splicing factor 3A subunit 3

物种未注明

UniProt Q12874

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 13 RNA 2	RNA-binding protein 5 × 1 （P52756） ATP-dependent RNA helicase DHX15 × 1 （O43143） U2 snRNP-associated SURP motif-containing protein × 1 （O15042） U2 snRNA × 1 PHD finger-like domain-containing protein 5A × 1 （Q7RTV0） Pre-mRNA × 1 Splicing factor 3B subunit 1 × 1 （O75533） Splicing factor 3B subunit 2 × 1 （Q13435） Splicing factor 3B subunit 3 × 1 （Q15393） Splicing factor 3B subunit 4 × 1 （Q15427） Splicing factor 3B subunit 5 × 1 （Q9BWJ5） Splicing factor 3B subunit 6 × 1 （Q9Y3B4） Splicing factor 3A subunit 1 × 1 （Q15459） Splicing factor 3A subunit 2 × 1 （Q15428） ZINC ION × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SF3A3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	15
链与序列区间	作者链 A3； PDB构建体 1–501； UniProt 1–501

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ze3
沉积日期 deposition_date	2025-11-27
结构标题 title	Cryo-EM structure of the endogenous U2/branchpoint spliceosomal complex (Distal DHX15 state)
关键词 keywords	spliceosome, tumor suppressor, helicase, DHX15, RBM5, SR140, prespliceosomal A complex, SPLICING; SPLICING
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9ze3__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9ze3__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9ze3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	68.42 Å
Rg（电子密度）	69.25 Å
总 Rg	68.94 Å
原子数	37987
残基数	4599
排除体积	672080 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9ze3__assembly_1__model_1`	pentadecameric （15）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (16)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RNA-binding protein 5
分子量 formula_weight	93410.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	37987

MGSDKRVSRTERSGRYGSIIDRDDRDERESRSRRRDSDYKRSSDDRRGDRYDDYRDYDSPERERERRNSDRSEDGYHSDGDYGEHDYRHDISDERESKTIMLRGLPITITESDIREMMESFEGPQPADVRLMKRKTGVSRGFAFVEFYHLQDATSWMEANQKKLVIQGKHIAMHYSNPRPKFEDWLCNKCCLNNFRKRLKCFRCGADKFDSEQEVPPGTTESVQSVDYYCDTIILRNIAPHTVVDSIMTALSPYASLAVNNIRLIKDKQTQQNRGFAFVQLSSAMDASQLLQILQSLHPPLKIDGKTIGVDFAKSARKDLVLSDGNRVSAFSVASTAIAAAQWSSTQSQSGEGGSVDYSYLQPGQDGYAQYAQYSQDYQQFYQQQAGGLESDASSASGTAVTTTSAAVVSQSPQLYNQTSNPPGSPTEEAQPSTSTSTQAPAASPTGVVPGTKYAVPDTSTYQYDESSGYYYDPTTGLYYDPNSQYYYNSLTQQYLYWDGEKETYVPAAESSSHQQSGLPPAKEGKEKKEKPKSKTAQQIAKDMERWAKSLNKQKENFKNSFQPVNSLREEERRESAAADAGFALFEKKGALAERQQLIPELVRNGDEENPLKRGLVAAYSGDSDNEEELVERLESEEEKLADWKKMACLLCRRQFPNKDALVRHQQLSDLHKQNMDIYRRSRLSEQELEALELREREMKYRDRAAERREKYGIPEPPEPKRKKQFDAGTVNYEQPTKDGIDHSNIGNKMLQAMGWREGSGLGRKCQGITAPIEAQVRLKGAGLGAKGSAYGLSGADSYKDAVRKAMFARFTEMEMDYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ATP-dependent RNA helicase DHX15
分子量 formula_weight	91065.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.13
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSKRHRLDLGEDYPSGKKRAGTDGKDRDRDRDREDRSKDRDRERDRGDREREREKEKEKELRASTNAMLISAGLPPLKASHSAHSTHSAHSTHSTHSAHSTHAGHAGHTSLPQCINPFTNLPHTPRYYDILKKRLQLPVWEYKDRFTDILVRHQSFVLVGETGSGKTTQIPQWCVEYMRSLPGPKRGVACTQPRRVAAMSVAQRVADEMDVMLGQEVGYSIRFEDCSSAKTILKYMTDGMLLREAMNDPLLERYGVIILDEAHERTLATDILMGVLKEVVRQRSDLKVIVMSATLDAGKFQIYFDNCPLLTIPGRTHPVEIFYTPEPERDYLEAAIRTVIQIHMCEEEEGDLLLFLTGQEEIDEACKRIKREVDDLGPEVGDIKIIPLYSTLPPQQQQRIFEPPPPKKQNGAIGRKVVVSTNIAETSLTIDGVVFVIDPGFAKQKVYNPRIRVESLLVTAISKASAQQRAGRAGRTRPGKCFRLYTEKAYKTEMQDNTYPEILRSNLGSVVLQLKKLGIDDLVHFDFMDPPAPETLMRALELLNYLAALNDDGDLTELGSMMAEFPLDPQLAKMVIASCDYNCSNEVLSITAMLSVPQCFVRPTEAKKAADEAKMRFAHIDGDHLTLLNVYHAFKQNHESVQWCYDNFINYRSLMSADNVRQQLSRIMDRFNLPRRSTDFTSRDYYINIRKALVTGYFMQVAHLERTGHYLTVKDNQVVQLHPSTVLDHKPEWVLYNEFVLTTKNYIRTCTDIKPEWLVKIAPQYYDMSNFPQCEAKRQLDRIIAKLQSKEYSQY

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	U2 snRNP-associated SURP motif-containing protein
分子量 formula_weight	118503.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MADKTPGGSQKASSKTRSSDVHSSGSSDAHMDASGPSDSDMPSRTRPKSPRKHNYRNESARESLCDSPHQNLSRPLLENKLKAFSIGKMSTAKRTLSKKEQEELKKKEDEKAAAEIYEEFLAAFEGSDGNKVKTFVRGGVVNAAKEEHETDEKRGKIYKPSSRFADQKNPPNQSSNERPPSLLVIETKKPPLKKGEKEKKKSNLELFKEELKQIQEERDERHKTKGRLSRFEPPQSDSDGQRRSMDAPSRRNRSSGVLDDYAPGSHDVGDPSTTNLYLGNINPQMNEEMLCQEFGRFGPLASVKIMWPRTDEERARERNCGFVAFMNRRDAERALKNLNGKMIMSFEMKLGWGKAVPIPPHPIYIPPSMMEHTLPPPPSGLPFNAQPRERLKNPNAPMLPPPKNKEDFEKTLSQAIVKVVIPTERNLLALIHRMIEFVVREGPMFEAMIMNREINNPMFRFLFENQTPAHVYYRWKLYSILQGDSPTKWRTEDFRMFKNGSFWRPPPLNPYLHGMSEEQETEAFVEEPSKKGALKEEQRDKLEEILRGLTPRKNDIGDAMVFCLNNAEAAEEIVDCITESLSILKTPLPKKIARLYLVSDVLYNSSAKVANASYYRKFFETKLCQIFSDLNATYRTIQGHLQSENFKQRVMTCFRAWEDWAIYPEPFLIKLQNIFLGLVNIIEEKETEDVPDDLDGAPIEEELDGAPLEDVDGIPIDATPIDDLDGVPIKSLDDDLDGVPLDATEDSKKNEPIFKVAPSKWEAVDESELEAQAVTTSKWELFDQHEESEEEENQNQEEESEDEEDTQSSKSEEHHLYSNPIKEEMTESKFSKYSEMSEEKRAKLREIELKVMKFQDELESGKRPKKPGQSFQEQVEHYRDKLLQREKEKELERERERDKKDKEKLESRSKDKKEKDECTPTRKERKRRHSTSPSPSRSSSGRRVKSPSPKSERSERSERSHKESSRSRSSHKDSPRDVSKKAKRSPSGSRTPKRSRRSRSRSPKKSGKKSRSQSRSPHRSHKKSKKNKH

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	U2 snRNA
分子量 formula_weight	11785.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	2

AAGUGUAGUAUCUGUUCUCAUCAGUUUAAUAUCUGAU

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	PHD finger-like domain-containing protein 5A
分子量 formula_weight	12427.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MAKHHPDLIFCRKQAGVAIGRLCEKCDGKCVICDSYVRPCTLVRICDECNYGSYQGRCVICGGPGVSDAYYCKECTIQEKDRDGCPKIVNLGSSKTDLFYERKKYGFKKR

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Pre-mRNA
分子量 formula_weight	13447.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	R

UUUUUUUUUUUUUUUCUCAUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUU

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Splicing factor 3B subunit 1
分子量 formula_weight	146024.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B1

MAKIAKTHEDIEAQIREIQGKKAALDEAQGVGLDSTGYYDQEIYGGSDSRFAGYVTSIAATELEDDDDDYSSSTSLLGQKKPGYHAPVALLNDIPQSTEQYDPFAEHRPPKIADREDEYKKHRRTMIISPERLDPFADGGKTPDPKMNARTYMDVMREQHLTKEEREIRQQLAEKAKAGELKVVNGAAASQPPSKRKRRWDQTADQTPGATPKKLSSWDQAETPGHTPSLRWDETPGRAKGSETPGATPGSKIWDPTPSHTPAGAATPGRGDTPGHATPGHGGATSSARKNRWDETPKTERDTPGHGSGWAETPRTDRGGDSIGETPTPGASKRKSRWDETPASQMGGSTPVLTPGKTPIGTPAMNMATPTPGHIMSMTPEQLQAWRWEREIDERNRPLSDEELDAMFPEGYKVLPPPAGYVPIRTPARKLTATPTPLGGMTGFHMQTEDRTMKSVNDQPSGNLPFLKPDDIQYFDKLLVDVDESTLSPEEQKERKIMKLLLKIKNGTPPMRKAALRQITDKAREFGAGPLFNQILPLLMSPTLEDQERHLLVKVIDRILYKLDDLVRPYVHKILVVIEPLLIDEDYYARVEGREIISNLAKAAGLATMISTMRPDIDNMDEYVRNTTARAFAVVASALGIPSLLPFLKAVCKSKKSWQARHTGIKIVQQIAILMGCAILPHLRSLVEIIEHGLVDEQQKVRTISALAIAALAEAATPYGIESFDSVLKPLWKGIRQHRGKGLAAFLKAIGYLIPLMDAEYANYYTREVMLILIREFQSPDEEMKKIVLKVVKQCCGTDGVEANYIKTEILPPFFKHFWQHRMALDRRNYRQLVDTTVELANKVGAAEIISRIVDDLKDEAEQYRKMVMETIEKIMGNLGAADIDHKLEEQLIDGILYAFQEQTTEDSVMLNGFGTVVNALGKRVKPYLPQICGTVLWRLNNKSAKVRQQAADLISRTAVVMKTCQEEKLMGHLGVVLYEYLGEEYPEVLGSILGALKAIVNVIGMHKMTPPIKDLLPRLTPILKNRHEKVQENCIDLVGRIADRGAEYVSAREWMRICFELLELLKAHKKAIRRATVNTFGYIAKAIGPHDVLATLLNNLKVQERQNRVCTTVAIAIVAETCSPFTVLPALMNEYRVPELNVQNGVLKSLSFLFEYIGEMGKDYIYAVTPLLEDALMDRDLVHRQTASAVVQHMSLGVYGFGCEDSLNHLLNYVWPNVFETSPHVIQAVMGALEGLRVAIGPCRMLQYCLQGLFHPARKVRDVYWKIYNSIYIGSQDALIAHYPRIYNDDKNTYIRYELDYIL

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Splicing factor 3B subunit 2
分子量 formula_weight	100377.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B2

MATEHPEPPKAELQLPPPPPPGHYGAWAAQELQAKLAEIGAPIQGNREELVERLQSYTRQTGIVLNRPVLRGEDGDKAAPPPMSAQLPGIPMPPPPLGLPPLQPPPPPPPPPPGLGLGFPMAHPPNLGPPPPLRVGEPVALSEEERLKLAQQQAALLMQQEERAKQQGDHSLKEHELLEQQKRAAVLLEQERQQEIAKMGTPVPRPPQDMGQIGVRTPLGPRVAAPVGPVGPTPTVLPMGAPVPRPRGPPPPPGDENREMDDPSVGPKIPQALEKILQLKESRQEEMNSQQEEEEMETDARSSLGQSASETEEDTVSVSKKEKNRKRRNRKKKKKPQRVRGVSSESSGDREKDSTRSRGSDSPAADVEIEYVTEEPEIYEPNFIFFKRIFEAFKLTDDVKKEKEKEPEKLDKLENSAAPKKKGFEEEHKDSDDDSSDDEQEKKPEAPKLSKKKLRRMNRFTVAELKQLVARPDVVEMHDVTAQDPKLLVHLKATRNSVPVPRHWCFKRKYLQGKRGIEKPPFELPDFIKRTGIQEMREALQEKEEQKTMKSKMREKVRPKMGKIDIDYQKLHDAFFKWQTKPKLTIHGDLYYEGKEFETRLKEKKPGDLSDELRISLGMPVGPNAHKVPPPWLIAMQRYGPPPSYPNLKIPGLNSPIPESCSFGYHAGGWGKPPVDETGKPLYGDVFGTNAAEFQTKTEEEEIDRTPWGELEPSDEESSEEEEEEESDEDKPDETGFITPADSGLITPGGFSSVPAGMETPELIELRKKKIEEAMDGSETPQLFTVLPEKRTATVGGAMMGSTHIYDMSTVMSRKGPAPELQGVEVALAPEELELDPMAMTQKYEEHVREQQAQVEKEDFSDMVAEHAAKQKQKKRKAQPQDSRGGSKKYKEFKF

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Splicing factor 3B subunit 3
分子量 formula_weight	135718.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B3

MFLYNLTLQRATGISFAIHGNFSGTKQQEIVVSRGKILELLRPDPNTGKVHTLLTVEVFGVIRSLMAFRLTGGTKDYIVVGSDSGRIVILEYQPSKNMFEKIHQETFGKSGCRRIVPGQFLAVDPKGRAVMISAIEKQKLVYILNRDAAARLTISSPLEAHKANTLVYHVVGVDVGFENPMFACLEMDYEEADNDPTGEAAANTQQTLTFYELDLGLNHVVRKYSEPLEEHGNFLITVPGGSDGPSGVLICSENYITYKNFGDQPDIRCPIPRRRNDLDDPERGMIFVCSATHKTKSMFFFLAQTEQGDIFKITLETDEDMVTEIRLKYFDTVPVAAAMCVLKTGFLFVASEFGNHYLYQIAHLGDDDEEPEFSSAMPLEEGDTFFFQPRPLKNLVLVDELDSLSPILFCQIADLANEDTPQLYVACGRGPRSSLRVLRHGLEVSEMAVSELPGNPNAVWTVRRHIEDEFDAYIIVSFVNATLVLSIGETVEEVTDSGFLGTTPTLSCSLLGDDALVQVYPDGIRHIRADKRVNEWKTPGKKTIVKCAVNQRQVVIALTGGELVYFEMDPSGQLNEYTERKEMSADVVCMSLANVPPGEQRSRFLAVGLVDNTVRIISLDPSDCLQPLSMQALPAQPESLCIVEMGGTEKQDELGERGSIGFLYLNIGLQNGVLLRTVLDPVTGDLSDTRTRYLGSRPVKLFRVRMQGQEAVLAMSSRSWLSYSYQSRFHLTPLSYETLEFASGFASEQCPEGIVAISTNTLRILALEKLGAVFNQVAFPLQYTPRKFVIHPESNNLIIIETDHNAYTEATKAQRKQQMAEEMVEAAGEDERELAAEMAAAFLNENLPESIFGAPKAGNGQWASVIRVMNPIQGNTLDLVQLEQNEAAFSVAVCRFSNTGEDWYVLVGVAKDLILNPRSVAGGFVYTYKLVNNGEKLEFLHKTPVEEVPAAIAPFQGRVLIGVGKLLRVYDLGKKKLLRKCENKHIANYISGIQTIGHRVIVSDVQESFIWVRYKRNENQLIIFADDTYPRWVTTASLLDYDTVAGADKFGNICVVRLPPNTNDEVDEDPTGNKALWDRGLLNGASQKAEVIMNYHVGETVLSLQKTTLIPGGSESLVYTTLSGGIGILVPFTSHEDHDFFQHVEMHLRSEHPPLCGRDHLSFRSYYFPVKNVIDGDLCEQFNSMEPNKQKNVSEELDRTPPEVSKKLEDIRTRYAF

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	Splicing factor 3B subunit 4
分子量 formula_weight	44436.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B4

MAAGPISERNQDATVYVGGLDEKVSEPLLWELFLQAGPVVNTHMPKDRVTGQHQGYGFVEFLSEEDADYAIKIMNMIKLYGKPIRVNKASAHNKNLDVGANIFIGNLDPEIDEKLLYDTFSAFGVILQTPKIMRDPDTGNSKGYAFINFASFDASDAAIEAMNGQYLCNRPITVSYAFKKDSKGERHGSAAERLLAAQNPLSQADRPHQLFADAPPPPSAPNPVVSSLGSGLPPPGMPPPGSFPPPVPPPGALPPGIPPAMPPPPMPPGAAGHGPPSAGTPGAGHPGHGHSHPHPFPPGGMPHPGMSQMQLAHHGPHGLGHPHAGPPGSGGQPPPRPPPGMPHPGPPPMGMPPRGPPFGSPMGHPGPMPPHGMRGPPPLMPPHGYTGPPRPPPYGYQRGPLPPPRPTPRPPVPPRGPLRGPLPQ

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	Splicing factor 3B subunit 5
分子量 formula_weight	10149.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B5

MTDRYTIHSQLEHLQSKYIGTGHADTTKWEWLVNQHRDSYCSYMGHFDLLNYFAIAENESKARVRFNLMEKMLQPCGPPADKPEEN

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	Splicing factor 3B subunit 6
分子量 formula_weight	14606.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B6

MAMQAAKRANIRLPPEVNRILYIRNLPYKITAEEMYDIFGKYGPIRQIRVGNTPETRGTAYVVYEDIFDAKNACDHLSGFNVCNRYLVVLYYNANRAFQKMDTKKKEEQLKLLKEKYGINTDPPK

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	Splicing factor 3A subunit 1
分子量 formula_weight	88991.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A1

MPAGPVQAVPPPPPVPTEPKQPTEEEASSKEDSAPSKPVVGIIYPPPEVRNIVDKTASFVARNGPEFEARIRQNEINNPKFNFLNPNDPYHAYYRHKVSEFKEGKAQEPSAAIPKVMQQQQQTTQQQLPQKVQAQVIQETIVPKEPPPEFEFIADPPSISAFDLDVVKLTAQFVARNGRQFLTQLMQKEQRNYQFDFLRPQHSLFNYFTKLVEQYTKILIPPKGLFSKLKKEAENPREVLDQVCYRVEWAKFQERERKKEEEEKEKERVAYAQIDWHDFVVVETVDFQPNEQGNFPPPTTPEELGARILIQERYEKFGESEEVEMEVESDEEDDKQEKAEEPPSQLDQDTQVQDMDEGSDDEEEGQKVPPPPETPMPPPLPPTPDQVIVRKDYDPKASKPLPPAPAPDEYLVSPITGEKIPASKMQEHMRIGLLDPRWLEQRDRSIREKQSDDEVYAPGLDIESSLKQLAERRTDIFGVEETAIGKKIGEEEIQKPEEKVTWDGHSGSMARTQQAAQANITLQEQIEAIHKAKGLVPEDDTKEKIGPSKPNEIPQQPPPPSSATNIPSSAPPITSVPRPPTMPPPVRTTVVSAVPVMPRPPMASVVRLPPGSVIAPMPPIIHAPRINVVPMPPSAPPIMAPRPPPMIVPTAFVPAPPVAPVPAPAPMPPVHPPPPMEDEPTSKKLKTEDSLMPEEEFLRRNKGPVSIKVQVPNMQDKTEWKLNGQVLVFTLPLTDQVSVIKVKIHEATGMPAGKQKLQYEGIFIKDSNSLAYYNMANGAVIHLALKERGGRKK

实体 14 Entity 14 polymer

描述 description	Splicing factor 3A subunit 2
分子量 formula_weight	49327.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A2

MDFQHRPGGKTGSGGVASSSESNRDRRERLRQLALETIDINKDPYFMKNHLGSYECKLCLTLHNNEGSYLAHTQGKKHQTNLARRAAKEAKEAPAQPAPEKVKVEVKKFVKIGRPGYKVTKQRDSEMGQQSLLFQIDYPEIAEGIMPRHRFMSAYEQRIEPPDRRWQYLLMAAEPYETIAFKVPSREIDKAEGKFWTHWNRETKQFFLQFHFKMEKPPAPPSLPAGPPGVKRPPPPLMNGLPPRPPLPESLPPPPPGGLPLPPMPPTGPAPSGPPGPPQLPPPAPGVHPPAPVVHPPASGVHPPAPGVHPPAPGVHPPAPGVHPPTSGVHPPAPGVHPPAPGVHPPAPGVHPPAPGVHPPAPGVHPPPSAGVHPQAPGVHPAAPAVHPQAPGVHPPAPGMHPQAPGVHPQPPGVHPSAPGVHPQPPGVHPSNPGVHPPTPMPPMLRPPLPSEGPGNIPPPPPTN

实体 15 Entity 15 polymer

描述 description	Splicing factor 3A subunit 3
分子量 formula_weight	58934.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A3

METILEQQRRYHEEKERLMDVMAKEMLTKKSTLRDQINSDHRTRAMQDRYMEVSGNLRDLYDDKDGLRKEELNAISGPNEFAEFYNRLKQIKEFHRKHPNEICVPMSVEFEELLKARENPSEEAQNLVEFTDEEGYGRYLDLHDCYLKYINLKASEKLDYITYLSIFDQLFDIPKERKNAEYKRYLEMLLEYLQDYTDRVKPLQDQNELFGKIQAEFEKKWENGTFPGWPKETSSALTHAGAHLDLSAFSSWEELASLGLDRLKSALLALGLKCGGTLEERAQRLFSTKGKSLESLDTSLFAKNPKSKGTKRDTERNKDIAFLEAQIYEYVEILGEQRHLTHENVQRKQARTGEEREEEEEEQISESESEDEENEIIYNPKNLPLGWDGKPIPYWLYKLHGLNINYNCEICGNYTYRGPKAFQRHFAEWRHAHGMRCLGIPNTAHFANVTQIEDAVSLWAKLKLQKASERWQPDTEEEYEDSSGNVVNKKTYEDLKRQGLL

实体 16 Entity 16 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.93 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	49971

Cryo-EM structure of the endogenous U2/branchpoint spliceosomal complex (Distal DHX15 state)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-binding protein 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP-dependent RNA helicase DHX15

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

U2 snRNP-associated SURP motif-containing protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PHD finger-like domain-containing protein 5A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Splicing factor 3B subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Splicing factor 3B subunit 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Splicing factor 3B subunit 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Splicing factor 3B subunit 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Splicing factor 3B subunit 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Splicing factor 3B subunit 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体