当前蛋白身份：Q02260
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3JCM Cryo-EM structure of the spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP 提交 2015-12-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：34-meric（34） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–146（146 aa）
链 T
1–146（146 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 M7M N,N,7-trimethylguanosine 5'-(trihydrogen diphosphate) × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 5GAM Foot region of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP 提交 2015-12-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：Dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 h
1–146（146 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
|
分辨率 3.70 Å |
| 5GAN The overall structure of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Angstrom 提交 2015-12-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric（35） 与全部聚合物一致 |
链 h
1–146（146 aa）
链 l
1–146（146 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
|
分辨率 3.70 Å |
| 5GAO Head region of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP 提交 2015-12-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 l
1–146（146 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
|
分辨率 4.20 Å |
| 5GM6 Cryo-EM structure of the activated spliceosome (Bact complex) at 3.5 angstrom resolution 提交 2016-07-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：46-meric（46） 与全部聚合物一致 |
链 m
1–146（146 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 5 ZN ZINC ION × 13 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；CEB buffer (10 mM Tris-HCl, pH 8.0, 75 mM NaCl, 1 mM Mg(OAc)2, 1 mM imidazole, 0.01% NP40, 1 mM TCEP, 0.5 mM EGTA)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 5GMK Cryo-EM structure of the Catalytic Step I spliceosome (C complex) at 3.4 angstrom resolution 提交 2016-07-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：45-meric（45） 与全部聚合物一致 |
链 m
1–146（146 aa）
链 z
1–146（146 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；The CEB buffer (10 mM Tris-HCl, pH 8.0, 75 mM NaCl, 1 mM Mg(OAc)2, 1 mM imidazole, 0.01% NP40, 1 mM TCEP, 0.5 mM EGTA)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 5LJ3 Structure of the core of the yeast spliceosome immediately after branching 提交 2016-07-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：38-meric（38） 与全部聚合物一致 |
链 h
1–146（146 aa）
链 l
1–146（146 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 7 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 microlitres sample were applied to the grid, left for 30 seconds and then blotted for 2.5-3.0 seconds before plunging.
|
分辨率 3.80 Å |
| 5LJ5 Overall structure of the yeast spliceosome immediately after branching. 提交 2016-07-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：45-meric（45） 与全部聚合物一致 |
链 h
1–146（146 aa）
链 l
1–146（146 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 7 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 microlitres sample were applied to the grid, left for 30 seconds and then blotted for 2.5-3.0 seconds before plunging.
|
分辨率 10.00 Å |
| 5LQW yeast activated spliceosome 提交 2016-08-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物一致 |
链 h
1–146（146 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.3
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.80 Å |
| 5MPS Structure of a spliceosome remodeled for exon ligation 提交 2016-12-18 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物一致 |
链 h
1–146（146 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 K POTASSIUM ION × 2 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9；NP-40 is also called IGEPAL CA-630
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3.5 microlitres sample were applied to the grid, left for 25 seconds and then blotted for 3.0-3.5 seconds before plunging.
|
分辨率 3.85 Å |
| 5MQ0 Structure of a spliceosome remodeled for exon ligation 提交 2016-12-19 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：46-meric（46） 与全部聚合物一致 |
链 h
1–146（146 aa）
链 l
1–146（146 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 K POTASSIUM ION × 2 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9；NP-40 is also called IGEPAL CA-630
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3.5 microlitres sample were applied to the grid, left for 25 seconds and then blotted for 3.0-3.5 seconds before plunging.
|
分辨率 4.17 Å |
| 5NRL Structure of a pre-catalytic spliceosome 提交 2017-04-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 h
1–146（146 aa）
链 l
1–146（146 aa）
链 t
1–146（146 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9；Buffer pH: HEPES, 7.9; EDTA, 8.0
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Grids were glow-discharged for 15 s before deposition of 3 microliter sample (~1.5 mg mL-1), and subsequently incubated for 2-3.5 s before blotting and vitrification by plunging into liquid ethane with a Vitrobot Mark III (FEI) operated at 4 degrees Celsius and 100% humidity.
|
分辨率 7.20 Å |
| 5WSG Cryo-EM structure of the Catalytic Step II spliceosome (C* complex) at 4.0 angstrom resolution 提交 2016-12-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：45-meric（45） 与全部聚合物一致 |
链 V
1–146（146 aa）
链 m
1–146（146 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；10mM Tris-HCl, pH 8.0, 75mM NaCl, 1mM Mg(OAc)2, 1mM imidazole, 0.01% NP40, 1mM TCEP, 0.5mM EGTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 5Y88 Cryo-EM structure of the intron-lariat spliceosome ready for disassembly from S.cerevisiae at 3.5 angstrom 提交 2017-08-20 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：44-meric（44） 与全部聚合物一致 |
链 f
1–146（146 aa）
链 m
1–146（146 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.46 Å |
| 5YLZ Cryo-EM Structure of the Post-catalytic Spliceosome from Saccharomyces cerevisiae at 3.6 angstrom 提交 2017-10-20 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：43-meric（43） 与全部聚合物一致 |
链 f
1–146（146 aa）
链 m
1–146（146 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 5ZWM Cryo-EM structure of the yeast pre-B complex at an average resolution of 3.4~4.6 angstrom (tri-snRNP and U2 snRNP Part) 提交 2018-05-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–146（146 aa）
链 b
1–146（146 aa）
链 m
1–146（146 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 5ZWN Cryo-EM structure of the yeast pre-B complex at an average resolution of 3.3 angstrom (Part II: U1 snRNP region) 提交 2018-05-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 b
1–146（146 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 5ZWO Cryo-EM structure of the yeast B complex at average resolution of 3.9 angstrom 提交 2018-05-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：60-meric（60） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–146（146 aa）
链 b
1–146（146 aa）
链 m
1–146（146 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 6BK8 S. cerevisiae spliceosomal post-catalytic P complex 提交 2017-11-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：46-meric（46） 与全部聚合物一致 |
链 h
1–146（146 aa）
链 p
1–146（146 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 5 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 6EXN Post-catalytic P complex spliceosome with 3' splice site docked 提交 2017-11-08 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：40-meric（40） 待复核 |
链 h
1–146（146 aa）
链 l
1–146（146 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 uL sample was applied to the grid, left for 30s, then blotted for 3s and immediately plunged into liquid ethane.
|
分辨率 3.70 Å |
| 6G90 Prespliceosome structure provides insight into spliceosome assembly and regulation (map A2) 提交 2018-04-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：38-meric（38） 与全部聚合物一致 |
链 h
1–146（146 aa）
链 t
1–146（146 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 2-3.5 s and vitrified by plunging into liquid ethane with a FEI Vitrobot Mark III operated at 4 degree Celsius and 100% humidity.
|
分辨率 4.00 Å |
| 6J6G Cryo-EM structure of the yeast B*-a2 complex at an average resolution of 3.2 angstrom 提交 2019-01-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 37 PDB 声明：41-meric（41） 与全部聚合物一致 |
链 m
1–146（146 aa）
链 z
1–146（146 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6J6H Cryo-EM structure of the yeast B*-a1 complex at an average resolution of 3.6 angstrom 提交 2019-01-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 37 PDB 声明：41-meric（41） 与全部聚合物一致 |
链 m
1–146（146 aa）
链 z
1–146（146 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 6J6N Cryo-EM structure of the yeast B*-b1 complex at an average resolution of 3.86 angstrom 提交 2019-01-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 37 PDB 声明：41-meric（41） 与全部聚合物一致 |
链 m
1–146（146 aa）
链 z
1–146（146 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.86 Å |
| 6J6Q Cryo-EM structure of the yeast B*-b2 complex at an average resolution of 3.7 angstrom 提交 2019-01-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：42-meric（42） 与全部聚合物一致 |
链 m
1–146（146 aa）
链 z
1–146（146 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 6N7P S. cerevisiae spliceosomal E complex (UBC4) 提交 2018-11-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric（21） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–146（146 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 6N7R Saccharomyces cerevisiae spliceosomal E complex (ACT1) 提交 2018-11-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–146（146 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6N7X S. cerevisiae U1 snRNP 提交 2018-11-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–146（146 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7B9V Yeast C complex spliceosome at 2.8 Angstrom resolution with Prp18/Slu7 bound 提交 2020-12-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：50-meric（50） 与全部聚合物一致 |
链 h
1–146（146 aa）
链 l
1–146（146 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 6 K POTASSIUM ION × 1 KGN D-chiro inositol hexakisphosphate × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7OQB The U2 part of Saccharomyces cerevisiae spliceosomal pre-A complex (delta BS-A ACT1) 提交 2021-06-03 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric（21） 与全部聚合物一致 |
链 t
1–146（146 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.00 Å |
| 7OQC The U1 part of Saccharomyces cerevisiae spliceosomal pre-A complex (delta BS-A ACT1) 提交 2021-06-03 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 h
1–146（146 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 7OQE Saccharomyces cerevisiae spliceosomal pre-A complex (delta BS-A ACT1) 提交 2021-06-03 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：39-meric（39） 与全部聚合物一致 |
链 h
1–146（146 aa）
链 t
1–146（146 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.90 Å |
| 8W2O Yeast U1 snRNP with humanized U1C Zinc-Finger domain 提交 2024-02-20 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric（18） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–146（146 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9；20 mM Hepes, pH7.9, 120 mM KCl, 2 mM EGTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；The grids were obtained with the chamber at 100% humidity, 2.5 s blotting time, -6 blotting force and 15 s wait time and flash-frozen into liquid ethane with a Vitrobot Mark IV (Thermo Fisher Scientific)
|
分辨率 3.49 Å |
| 9DTR Structure of the yeast post-catalytic P complex spliceosome at 2.3 Angstrom resolution 提交 2024-10-01 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：47-meric（47） 与全部聚合物一致 |
链 h
1–146（146 aa）
链 l
1–146（146 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 4 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.31 Å |