1izl

Crystal Structure of Photosystem II

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 198.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Photosystem II: Subunit PsbA

物种未注明

UniProt P51765

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 28 PDB 声明:28-meric(28) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–360 链 J; UniProt 1–360 未记录 Photosystem II: Subunit PsbB × 2 Photosystem II: Subunit PsbC × 2 Photosystem II: Subunit PsbD × 2 Photosystem II: Subunit PsbE × 2 Photosystem II: Subunit PsbF × 2 Photosystem II: Subunit PsbG × 2 Photosystem II: Subunit PsbH × 2 Photosystem II: Subunit PsbI × 2 Photosystem II: Subunit PsbK × 2 (Q9F1K9) Photosystem II: Subunit PsbO × 2 Photosystem II: Subunit PsbU × 2 Photosystem II: Subunit PsbV × 2 (P56150) Photosystem II: Subunit PsbX × 2 MN MANGANESE (II) ION × 8 CLA CHLOROPHYLL A × 72 PHO PHEOPHYTIN A × 4 FE FE (III) ION × 2 PLA 2-[(3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL)-AMINO]-2-METHYL-SUCCINIC ACID × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:MICRODIALYSIS;pH 6.5;293 K;PEG 1450, MES, calcium chloride, magnesium sulfate, dodecyl maltoside, pH 6.5, MICRODIALYSIS, temperature 293.0K 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 40 个其他 PDB 条目、40 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PSB1_SYNVU
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–360; UniProt 1–360 作者链 J; PDB构建体 1–360; UniProt 1–360

Photosystem II: Subunit PsbK

物种未注明

UniProt Q9F1K9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 28 PDB 声明:28-meric(28) 与蛋白拷贝数一致 链 K; UniProt 10–46 链 W; UniProt 10–46 未记录 Photosystem II: Subunit PsbA × 2 (P51765) Photosystem II: Subunit PsbB × 2 Photosystem II: Subunit PsbC × 2 Photosystem II: Subunit PsbD × 2 Photosystem II: Subunit PsbE × 2 Photosystem II: Subunit PsbF × 2 Photosystem II: Subunit PsbG × 2 Photosystem II: Subunit PsbH × 2 Photosystem II: Subunit PsbI × 2 Photosystem II: Subunit PsbO × 2 Photosystem II: Subunit PsbU × 2 Photosystem II: Subunit PsbV × 2 (P56150) Photosystem II: Subunit PsbX × 2 MN MANGANESE (II) ION × 8 CLA CHLOROPHYLL A × 72 PHO PHEOPHYTIN A × 4 FE FE (III) ION × 2 PLA 2-[(3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL)-AMINO]-2-METHYL-SUCCINIC ACID × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:MICRODIALYSIS;pH 6.5;293 K;PEG 1450, MES, calcium chloride, magnesium sulfate, dodecyl maltoside, pH 6.5, MICRODIALYSIS, temperature 293.0K 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 65 个其他 PDB 条目、70 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PSBK_SYNEL
Isoform
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 1–37; UniProt 10–46 作者链 W; PDB构建体 1–37; UniProt 10–46

Photosystem II: Subunit PsbV

物种未注明

UniProt P56150

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 28 PDB 声明:28-meric(28) 与蛋白拷贝数一致 链 0; UniProt 27–163 链 V; UniProt 27–163 未记录 Photosystem II: Subunit PsbA × 2 (P51765) Photosystem II: Subunit PsbB × 2 Photosystem II: Subunit PsbC × 2 Photosystem II: Subunit PsbD × 2 Photosystem II: Subunit PsbE × 2 Photosystem II: Subunit PsbF × 2 Photosystem II: Subunit PsbG × 2 Photosystem II: Subunit PsbH × 2 Photosystem II: Subunit PsbI × 2 Photosystem II: Subunit PsbK × 2 (Q9F1K9) Photosystem II: Subunit PsbO × 2 Photosystem II: Subunit PsbU × 2 Photosystem II: Subunit PsbX × 2 MN MANGANESE (II) ION × 8 CLA CHLOROPHYLL A × 72 PHO PHEOPHYTIN A × 4 FE FE (III) ION × 2 PLA 2-[(3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL)-AMINO]-2-METHYL-SUCCINIC ACID × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:MICRODIALYSIS;pH 6.5;293 K;PEG 1450, MES, calcium chloride, magnesium sulfate, dodecyl maltoside, pH 6.5, MICRODIALYSIS, temperature 293.0K 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C550_SYNEL
Isoform
PDB实体 13
链与序列区间 作者链 0; PDB构建体 1–137; UniProt 27–163 作者链 V; PDB构建体 1–137; UniProt 27–163

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1izl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1izl
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1izl
沉积日期 deposition_date2002-10-04
结构标题 titleCrystal Structure of Photosystem II
关键词 keywords;Photosynthesis, Photosynthetic reaction center, Core-antenna, Thermophilic cyanobacterium, Membrane protein complex, Electron transfer, Energy transfer ;; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier56.52
回转半径 Rg (电子) rg_electron56.32
零角强度 I(0) i02337800000.00
分子量 molecular_weight368760.0 kDa
排除体积 excluded_volume486200 ų
包络体积 envelope_volume838710 ų
水化壳体积 shell_volume122920 ų
包络直径 envelope_diameter201.6
壳层 Rg shell_rg60.22
包络 Rg envelope_rg54.67
形状 Rg shape_rg55.73
总 Rg total_rg57.92
总原子数 total_atoms22268
残基数 n_residues3761
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax198.7
Rg (实空间) rg_real56.58
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.71
I(0) (实空间) i0_real2.3380e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.7640e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal56.46
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2337000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8475
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary63.9
偏度 Skewness skewness0.445
峰度 Kurtosis kurtosis-0.176
角度范围 angular_range— – 0.1400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha1021000000.0000
实空间数据点数 n_real_points29
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.730; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.825

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (21)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

SCOP 2.08 (28 domains)

结构域编号 domain_idd1izl0_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamilyi.5.1 — Photosystems
家族 Family familyi.5.1.1 — Photosystems
结构域编号 domain_idd1izl1_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamilyi.5.1 — Photosystems
家族 Family familyi.5.1.1 — Photosystems
结构域编号 domain_idd1izla_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamilyi.5.1 — Photosystems
家族 Family familyi.5.1.1 — Photosystems
结构域编号 domain_idd1izlb_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamilyi.5.1 — Photosystems
家族 Family familyi.5.1.1 — Photosystems
结构域编号 domain_idd1izlc_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamilyi.5.1 — Photosystems
家族 Family familyi.5.1.1 — Photosystems
结构域编号 domain_idd1izld_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamilyi.5.1 — Photosystems
家族 Family familyi.5.1.1 — Photosystems
结构域编号 domain_idd1izle_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamilyi.5.1 — Photosystems
家族 Family familyi.5.1.1 — Photosystems
结构域编号 domain_idd1izlf_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamilyi.5.1 — Photosystems
家族 Family familyi.5.1.1 — Photosystems
结构域编号 domain_idd1izlg_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamilyi.5.1 — Photosystems
家族 Family familyi.5.1.1 — Photosystems
结构域编号 domain_idd1izlh_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamilyi.5.1 — Photosystems
家族 Family familyi.5.1.1 — Photosystems
结构域编号 domain_idd1izli_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamilyi.5.1 — Photosystems
家族 Family familyi.5.1.1 — Photosystems
结构域编号 domain_idd1izlj_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamilyi.5.1 — Photosystems
家族 Family familyi.5.1.1 — Photosystems
结构域编号 domain_idd1izlk_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamilyi.5.1 — Photosystems
家族 Family familyi.5.1.1 — Photosystems
结构域编号 domain_idd1izll_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamilyi.5.1 — Photosystems
家族 Family familyi.5.1.1 — Photosystems
结构域编号 domain_idd1izlm_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamilyi.5.1 — Photosystems
家族 Family familyi.5.1.1 — Photosystems
结构域编号 domain_idd1izln_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamilyi.5.1 — Photosystems
家族 Family familyi.5.1.1 — Photosystems
结构域编号 domain_idd1izlo_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamilyi.5.1 — Photosystems
家族 Family familyi.5.1.1 — Photosystems
结构域编号 domain_idd1izlp_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamilyi.5.1 — Photosystems
家族 Family familyi.5.1.1 — Photosystems
结构域编号 domain_idd1izlq_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamilyi.5.1 — Photosystems
家族 Family familyi.5.1.1 — Photosystems
结构域编号 domain_idd1izlr_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamilyi.5.1 — Photosystems
家族 Family familyi.5.1.1 — Photosystems
结构域编号 domain_idd1izls_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamilyi.5.1 — Photosystems
家族 Family familyi.5.1.1 — Photosystems
结构域编号 domain_idd1izlt_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamilyi.5.1 — Photosystems
家族 Family familyi.5.1.1 — Photosystems
结构域编号 domain_idd1izlu_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamilyi.5.1 — Photosystems
家族 Family familyi.5.1.1 — Photosystems
结构域编号 domain_idd1izlv_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamilyi.5.1 — Photosystems
家族 Family familyi.5.1.1 — Photosystems
结构域编号 domain_idd1izlw_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamilyi.5.1 — Photosystems
家族 Family familyi.5.1.1 — Photosystems
结构域编号 domain_idd1izlx_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamilyi.5.1 — Photosystems
家族 Family familyi.5.1.1 — Photosystems
结构域编号 domain_idd1izly_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamilyi.5.1 — Photosystems
家族 Family familyi.5.1.1 — Photosystems
结构域编号 domain_idd1izlz_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamilyi.5.1 — Photosystems
家族 Family familyi.5.1.1 — Photosystems

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1izl000
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id1izlV00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)