1mqd

X-ray structure of the GluR2 ligand-binding core (S1S2J) in complex with (S)-Des-Me-AMPA at 1.46 A resolution. Crystallization in the presence of lithium sulfate.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 143.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor subunit 2

Rattus norvegicus

UniProt P19491

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 413–527 链 A; UniProt 653–794 片段:GluR2-flop ligand-binding core (S1S2J) SO4 SULFATE ION × 2 SHI (S)-2-AMINO-3-(3-HYDROXY-ISOXAZOL-4-YL)PROPIONIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.2;279 K;20% PEG 8000, 0.1M lithium sulfate, 0.1M cacodylate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K 分辨率 1.46 Å R-free 0.192
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 413–527 链 B; UniProt 653–794 片段:GluR2-flop ligand-binding core (S1S2J) SO4 SULFATE ION × 2 SHI (S)-2-AMINO-3-(3-HYDROXY-ISOXAZOL-4-YL)PROPIONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.2;279 K;20% PEG 8000, 0.1M lithium sulfate, 0.1M cacodylate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K 分辨率 1.46 Å R-free 0.192
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 413–527 链 C; UniProt 653–794 片段:GluR2-flop ligand-binding core (S1S2J) SHI (S)-2-AMINO-3-(3-HYDROXY-ISOXAZOL-4-YL)PROPIONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.2;279 K;20% PEG 8000, 0.1M lithium sulfate, 0.1M cacodylate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K 分辨率 1.46 Å R-free 0.192
4 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 413–527 链 D; UniProt 653–794 片段:GluR2-flop ligand-binding core (S1S2J) SO4 SULFATE ION × 2 SHI (S)-2-AMINO-3-(3-HYDROXY-ISOXAZOL-4-YL)PROPIONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.2;279 K;20% PEG 8000, 0.1M lithium sulfate, 0.1M cacodylate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K 分辨率 1.46 Å R-free 0.192

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 333 个其他 PDB 条目、479 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRIA2_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–117; UniProt 413–527 作者链 A; PDB构建体 120–261; UniProt 653–794 作者链 B; PDB构建体 3–117; UniProt 413–527 作者链 B; PDB构建体 120–261; UniProt 653–794 作者链 C; PDB构建体 3–117; UniProt 413–527 作者链 C; PDB构建体 120–261; UniProt 653–794 作者链 D; PDB构建体 3–117; UniProt 413–527 作者链 D; PDB构建体 120–261; UniProt 653–794

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1mqd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1mqd
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1mqd
沉积日期 deposition_date2002-09-16
结构标题 titleX-ray structure of the GluR2 ligand-binding core (S1S2J) in complex with (S)-Des-Me-AMPA at 1.46 A resolution. Crystallization in the presence of lithium sulfate.
关键词 keywordsIonotropic glutamate receptor GluR2, ligand-binding core, agonist complex., MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier41.11
回转半径 Rg (电子) rg_electron41.17
零角强度 I(0) i0198979000.00
分子量 molecular_weight116270.0 kDa
排除体积 excluded_volume146430 ų
包络体积 envelope_volume209090 ų
水化壳体积 shell_volume44252 ų
包络直径 envelope_diameter140.7
壳层 Rg shell_rg44.43
包络 Rg envelope_rg39.85
形状 Rg shape_rg41.16
总 Rg total_rg41.42
总原子数 total_atoms8145
残基数 n_residues1032
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax143.3
Rg (实空间) rg_real41.26
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.48
I(0) (实空间) i0_real1.9900e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.4510e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal41.12
I(0) (倒空间) i0_reciprocal198900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8557
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary56.6
偏度 Skewness skewness0.372
峰度 Kurtosis kurtosis-0.391
角度范围 angular_range— – 0.1900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha23530000.0000
实空间数据点数 n_real_points39
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.785; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.912; Smooth: 0.854

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1mqda_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.1 — Phosphate binding protein-like
结构域编号 domain_idd1mqdb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.1 — Phosphate binding protein-like
结构域编号 domain_idd1mqdc_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.1 — Phosphate binding protein-like
结构域编号 domain_idd1mqdd_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.1 — Phosphate binding protein-like

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id1mqdA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id1mqdA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id1mqdB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id1mqdB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id1mqdC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id1mqdC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id1mqdD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id1mqdD02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II

8. 引用文献 (5)

9. 文件与曲线 (10)