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1nha

Solution Structure of the Carboxyl-Terminal Domain of RAP74 and NMR Characterization of the FCP-Binding Sites of RAP74 and CTD of RAP74, the subunit of Human TFIIF

Method: SOLUTION NMR Dmax: 42.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription initiation factor IIF, alpha subunit

Homo sapiens

UniProt P35269

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 436–517 片段：C-Terminal Domain 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM sodium phosphate buffer；压力 ambient NMR样品组成：1mM cterRAP74 unlabeled, 20mM sodium phosphate, and 1mM EDTA | 100% D2O NMR样品组成：1mM cterRAP74 U-15N, 20mM sodium phosphate, and 1mM EDTA | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1mM cterRAP74 U-15N and U-13C, 20mM sodium phosphate, and 1mM EDTA | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1mM cterRAP74 U-15N and U-13C, 20mM sodium phosphate, and 1mM EDTA | 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1NHA Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1F3U CRYSTAL STRUCTURE OF THE RAP30/74 INTERACTION DOMAINS OF HUMAN TFIIF 提交 2000-06-06 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–172（171 aa） 片段：RESIDUES 2-172
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；278 K；PEG 1500, lithium nitrate, bis-Tris, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
分辨率 1.70 Å R-free 0.260
1F3U CRYSTAL STRUCTURE OF THE RAP30/74 INTERACTION DOMAINS OF HUMAN TFIIF 提交 2000-06-06 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 2–172（171 aa） 片段：RESIDUES 2-172
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；278 K；PEG 1500, lithium nitrate, bis-Tris, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
分辨率 1.70 Å R-free 0.260
1F3U CRYSTAL STRUCTURE OF THE RAP30/74 INTERACTION DOMAINS OF HUMAN TFIIF 提交 2000-06-06 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 2–172（171 aa） 片段：RESIDUES 2-172
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；278 K；PEG 1500, lithium nitrate, bis-Tris, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
分辨率 1.70 Å R-free 0.260
1F3U CRYSTAL STRUCTURE OF THE RAP30/74 INTERACTION DOMAINS OF HUMAN TFIIF 提交 2000-06-06 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 2–172（171 aa） 片段：RESIDUES 2-172
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；278 K；PEG 1500, lithium nitrate, bis-Tris, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
分辨率 1.70 Å R-free 0.260
1I27 CRYSTAL STRUCTURE OF THE C-TERMINAL DOMAIN OF THE RAP74 SUBUNIT OF HUMAN TRANSCRIPTION FACTOR IIF (TFIIF) 提交 2001-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 449–517（69 aa） 片段：RAP74 SUBUNIT, C-TERMINAL DOMAIN
突变：YES ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；282 K；Zinc Sulfate, Lithium chloride, PEG 2000 MME, polyvinylpyrrolidone 15K, glucosamine hydrochloride, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 282K
分辨率 1.02 Å R-free 0.146
1J2X Crystal structure of RAP74 C-terminal domain complexed with FCP1 C-terminal peptide 提交 2003-01-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 449–517（69 aa） 片段：C-terminal domain
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEGMME 550, zinc sulfate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
分辨率 2.00 Å R-free 0.254
1ONV NMR Structure of a Complex Containing the TFIIF Subunit RAP74 and the RNAP II CTD Phosphatase FCP1 提交 2003-03-02 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 436–517（82 aa） 片段：C-Terminal Domain of RAP74, sequence database residues 436-517
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM sodium phosphate buffer；压力 ambient
NMR样品组成 1mM cterRAP74/cterFCP1, 20mM sodium phosphate, and 1mM EDTA | 100% D2O
NMR样品组成 1mM U-15N cterRAP74/cterFCP1, 20mM sodium phosphate, and 1mM EDTA | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM U-15N,13C cterRAP74/cterFCP1, 20mM sodium phosphate, and 1mM EDTA | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM cterRAP74/U-15N cterFCP1, 20mM sodium phosphate, and 1mM EDTA | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM cterRAP74/U-15N,13C cterFCP1, 20mM sodium phosphate, and 1mM EDTA | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM U-15N,C13 cterRAP74/cterFCP1, 20mM sodium phosphate, and 1mM EDTA; | 100% D2O
NMR样品组成 1mM cterRAP74/U-15N,13C cterFCP1, 20mM sodium phosphate, and 1mM EDTA | 100% D2O
分辨率未提供
2K7L NMR structure of a complex formed by the C-terminal domain of human RAP74 and a phosphorylated peptide from the central domain of the FCP1 提交 2008-08-13 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 451–517（67 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）10-40；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-98% 15N] cterRAP74, 1 mM centFCP1-T584PO4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] cterRAP74, 1 mM centFCP1-T584PO4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] cterRAP74, 1 mM centFCP1-T584PO4, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
5IY6 Human holo-PIC in the closed state 提交 2016-03-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric
链 S 1–517（517 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 11 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
分辨率 7.20 Å
5IY7 Human holo-PIC in the open state 提交 2016-03-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric
链 S 1–517（517 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 11 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
分辨率 8.60 Å
5IY8 Human holo-PIC in the initial transcribing state 提交 2016-03-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric
链 S 1–517（517 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 11 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
分辨率 7.90 Å
5IY9 Human holo-PIC in the initial transcribing state (no IIS) 提交 2016-03-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：29-meric
链 S 1–517（517 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
分辨率 6.30 Å
5IYA Human core-PIC in the closed state 提交 2016-03-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：23-meric
链 S 1–517（517 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 11 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
分辨率 5.40 Å
5IYB Human core-PIC in the open state 提交 2016-03-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：23-meric
链 S 1–517（517 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 11 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
分辨率 3.90 Å
5IYC Human core-PIC in the initial transcribing state 提交 2016-03-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：23-meric
链 S 1–517（517 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 11 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
分辨率 3.90 Å
5IYD Human core-PIC in the initial transcribing state (no IIS) 提交 2016-03-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric
链 S 1–517（517 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 11 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
分辨率 3.90 Å
6O9L Human holo-PIC in the closed state 提交 2019-03-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：33-meric
链 S 1–517（517 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.20 Å
7EDX p53-bound TFIID-based core PIC on HDM2 promoter 提交 2021-03-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 37 PDB 声明：39-meric
链 S 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7EG7 TFIID-based core PIC on SCP promoter 提交 2021-03-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 37 PDB 声明：39-meric
链 S 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.20 Å
7EG8 TFIID-based core PIC on PUMA promoter 提交 2021-03-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 37 PDB 声明：39-meric
链 S 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.40 Å
7EG9 TFIID-based intermediate PIC on SCP promoter 提交 2021-03-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：41-meric
链 S 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
7EGA TFIID-based intermediate PIC on PUMA promoter 提交 2021-03-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：41-meric
链 S 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
7EGB TFIID-based holo PIC on SCP promoter 提交 2021-03-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：51-meric
链 S 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7EGC p53-bound TFIID-based holo PIC on HDM2 promoter 提交 2021-03-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：51-meric
链 S 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
7ENA TFIID-based PIC-Mediator holo-complex in pre-assembled state (pre-hPIC-MED) 提交 2021-04-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：76-meric
链 FA 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.07 Å
7ENC TFIID-based PIC-Mediator holo-complex in fully-assembled state (hPIC-MED) 提交 2021-04-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：76-meric
链 FA 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.13 Å
7LBM Structure of the human Mediator-bound transcription pre-initiation complex 提交 2021-01-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：56-meric
链 S 1–517（517 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 16 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
7NVR Human Mediator with RNA Polymerase II Pre-initiation complex 提交 2021-03-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：58-meric
链 Q 1–517（517 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 18 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7NVS RNA polymerase II core pre-initiation complex with closed promoter DNA in proximal position 提交 2021-03-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric
链 Q 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7NVT RNA polymerase II core pre-initiation complex with closed promoter DNA in distal position 提交 2021-03-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric
链 Q 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
7NVU RNA polymerase II core pre-initiation complex with open promoter DNA 提交 2021-03-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric
链 Q 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
7NVY RNA polymerase II pre-initiation complex with closed promoter DNA in proximal position 提交 2021-03-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric
链 Q 1–517（517 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.30 Å
7NVZ RNA polymerase II pre-initiation complex with closed promoter DNA in distal position 提交 2021-03-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric
链 Q 1–517（517 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.20 Å
7NW0 RNA polymerase II pre-initiation complex with open promoter DNA 提交 2021-03-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric
链 Q 1–517（517 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
7ZWD Structure of SNAPc containing Pol II pre-initiation complex bound to U5 snRNA promoter (CC) 提交 2022-05-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric
链 Q 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 11 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7ZX7 Structure of SNAPc containing Pol II pre-initiation complex bound to U1 snRNA promoter (CC) 提交 2022-05-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric
链 Q 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 11 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7ZX8 Structure of SNAPc containing Pol II pre-initiation complex bound to U1 snRNA promoter (OC) 提交 2022-05-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric
链 Q 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 11 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8BVW RNA polymerase II pre-initiation complex with the distal +1 nucleosome (PIC-Nuc18W) 提交 2022-12-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：42-meric
链 Q 1–517（517 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
8BYQ RNA polymerase II pre-initiation complex with the proximal +1 nucleosome (PIC-Nuc10W) 提交 2022-12-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：40-meric
链 Q 1–517（517 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8BZ1 RNA polymerase II core pre-initiation complex with the proximal +1 nucleosome (cPIC-Nuc10W) 提交 2022-12-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 Q 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8GXQ PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T40N) in MH-binding state 提交 2022-09-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 83 PDB 声明：87-meric
链 FA 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.04 Å
8GXS PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T40N) in H-binding state 提交 2022-09-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 83 PDB 声明：87-meric
链 FA 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.16 Å
8S51 RNA polymerase II core initially transcribing complex with an ordered RNA of 8 nt 提交 2024-02-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric
链 Q 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8S52 RNA polymerase II core initially transcribing complex with an ordered RNA of 10 nt 提交 2024-02-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric
链 Q 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8S54 RNA polymerase II early elongation complex bound to TFIIE and TFIIF - state b (composite structure) 提交 2024-02-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：18-meric
链 Q 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8S55 RNA polymerase II early elongation complex bound to TFIIE and TFIIF - state a (composite structure) 提交 2024-02-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：19-meric
链 Q 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8S5N RNA polymerase II core initially transcribing complex with an ordered RNA of 12 nt 提交 2024-02-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric
链 Q 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8WAK Structure of transcribing complex 2 (TC2), the initially transcribing complex with Pol II positioned 2nt downstream of TSS. 提交 2023-09-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric
链 S 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.47 Å
8WAL Structure of transcribing complex 3 (TC3), the initially transcribing complex with Pol II positioned 3nt downstream of TSS. 提交 2023-09-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric
链 S 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.52 Å
8WAN Structure of transcribing complex 4 (TC4), the initially transcribing complex with Pol II positioned 4nt downstream of TSS. 提交 2023-09-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric
链 S 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.07 Å
8WAO Structure of transcribing complex 5 (TC5), the initially transcribing complex with Pol II positioned 5nt downstream of TSS. 提交 2023-09-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric
链 S 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.40 Å
8WAP Structure of transcribing complex 6 (TC6), the initially transcribing complex with Pol II positioned 6nt downstream of TSS. 提交 2023-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric
链 S 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.85 Å
8WAQ Structure of transcribing complex 7 (TC7), the initially transcribing complex with Pol II positioned 7nt downstream of TSS. 提交 2023-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric
链 S 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.29 Å
8WAR Structure of transcribing complex 8 (TC8), the initially transcribing complex with Pol II positioned 8nt downstream of TSS. 提交 2023-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric
链 S 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.20 Å
8WAS Structure of transcribing complex 9 (TC9), the initially transcribing complex with Pol II positioned 9nt downstream of TSS. 提交 2023-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric
链 S 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.13 Å
8WAT De novo transcribing complex 10 (TC10), the early elongation complex with Pol II positioned 10nt downstream of TSS 提交 2023-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：octadecameric
链 S 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.82 Å
8WAU De novo transcribing complex 11 (TC11), the early elongation complex with Pol II positioned 11nt downstream of TSS 提交 2023-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：octadecameric
链 S 1–517（517 aa）
未记录 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.78 Å
8WAV De novo transcribing complex 12 (TC12), the early elongation complex with Pol II positioned 12nt downstream of TSS 提交 2023-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：octadecameric
链 S 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.72 Å
8WAW De novo transcribing complex 13 (TC13), the early elongation complex with Pol II positioned 13nt downstream of TSS 提交 2023-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：octadecameric
链 S 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.02 Å
8WAX De novo transcribing complex 14 (TC14), the early elongation complex with Pol II positioned 14nt downstream of TSS 提交 2023-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：octadecameric
链 S 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.75 Å
8WAY De novo transcribing complex 15 (TC15), the early elongation complex with Pol II positioned 15nt downstream of TSS 提交 2023-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：octadecameric
链 S 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.85 Å
8WAZ De novo transcribing complex 16 (TC16), the early elongation complex with Pol II positioned 16nt downstream of TSS 提交 2023-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：octadecameric
链 S 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.76 Å
8WB0 De novo transcribing complex 17 (TC17), the early elongation complex with Pol II positioned 17nt downstream of TSS 提交 2023-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：octadecameric
链 S 1–517（517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å

共 60 个其他 PDB 条目、63 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 T2FA_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–82； UniProt 436–517

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1nha

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1nha
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1nha
沉积日期 deposition_date2002-12-19
结构标题 titleSolution Structure of the Carboxyl-Terminal Domain of RAP74 and NMR Characterization of the FCP-Binding Sites of RAP74 and CTD of RAP74, the subunit of Human TFIIF
关键词 keywordsTRANSCRIPTION FACTOR, HUMAN GENERAL TRANSCRIPTION FACTOR TFIIF, RAP74, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier12.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron12.22 Å
零角强度 I(0) i0339171000.00
分子量 molecular_weight157950.0 kDa
排除体积 excluded_volume199810 ų
包络体积 envelope_volume20177 ų
水化壳体积 shell_volume12331 ų
包络直径 envelope_diameter47.3 Å
壳层 Rg shell_rg19.61 Å
包络 Rg envelope_rg14.19 Å
形状 Rg shape_rg12.17 Å
总 Rg total_rg12.58 Å
总原子数 total_atoms22880
残基数 n_residues1340
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax42.7 Å
Rg (实空间) rg_real12.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real3.3920e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.3590e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal12.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal339200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8631
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary15.1 Å
偏度 Skewness skewness0.139
峰度 Kurtosis kurtosis-0.288
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha77080.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.753; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.956
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1nhaa_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family familya.4.5.30 — C-terminal domain of the rap74 subunit of TFIIF

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1nhaA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)