1qab

The structure of human retinol binding protein with its carrier protein transthyretin reveals interaction with the carboxy terminus of RBP

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 119.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (transthyretin)

物种未注明

UniProt P02766

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 21–147 链 B; UniProt 21–147 链 C; UniProt 21–147 链 D; UniProt 21–147 未记录 PROTEIN (retinol binding protein) × 2 (P02753) RTL RETINOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.4;293 K;pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.20 Å R-free 0.403

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 460 个其他 PDB 条目、501 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TTHY_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–127; UniProt 21–147 作者链 B; PDB构建体 1–127; UniProt 21–147 作者链 C; PDB构建体 1–127; UniProt 21–147 作者链 D; PDB构建体 1–127; UniProt 21–147

PROTEIN (retinol binding protein)

物种未注明

UniProt P02753

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 24–201 链 F; UniProt 24–201 未记录 PROTEIN (transthyretin) × 4 (P02766) RTL RETINOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.4;293 K;pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.20 Å R-free 0.403

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 22 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RET4_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 3–180; UniProt 24–201 作者链 F; PDB构建体 3–180; UniProt 24–201

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1qab

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1qab
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1qab
沉积日期 deposition_date1999-02-03
结构标题 titleThe structure of human retinol binding protein with its carrier protein transthyretin reveals interaction with the carboxy terminus of RBP
关键词 keywordshuman serum retinol binding protein, transthyretin, prealbumin, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.72
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.14
零角强度 I(0) i0130433000.00
分子量 molecular_weight91472.0 kDa
排除体积 excluded_volume114420 ų
包络体积 envelope_volume147520 ų
水化壳体积 shell_volume39678 ų
包络直径 envelope_diameter127.9
壳层 Rg shell_rg37.27
包络 Rg envelope_rg33.22
形状 Rg shape_rg33.12
总 Rg total_rg33.52
总原子数 total_atoms6454
残基数 n_residues820
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax119.7
Rg (实空间) rg_real33.95
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.28
I(0) (实空间) i0_real1.3040e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1280e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.81
I(0) (倒空间) i0_reciprocal130400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8119
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary38.2
偏度 Skewness skewness0.641
峰度 Kurtosis kurtosis0.207
角度范围 angular_range— – 0.2350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha37880000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.693; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.816; Smooth: 0.654

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1qaba_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.3.4 — Transthyretin (synonym: prealbumin)
家族 Family familyb.3.4.1 — Transthyretin (synonym: prealbumin)
结构域编号 domain_idd1qabb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.3.4 — Transthyretin (synonym: prealbumin)
家族 Family familyb.3.4.1 — Transthyretin (synonym: prealbumin)
结构域编号 domain_idd1qabc_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.3.4 — Transthyretin (synonym: prealbumin)
家族 Family familyb.3.4.1 — Transthyretin (synonym: prealbumin)
结构域编号 domain_idd1qabd_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.3.4 — Transthyretin (synonym: prealbumin)
家族 Family familyb.3.4.1 — Transthyretin (synonym: prealbumin)
结构域编号 domain_idd1qabe_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamilyb.60.1 — Lipocalins
家族 Family familyb.60.1.1 — Retinol binding protein-like
结构域编号 domain_idd1qabf_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamilyb.60.1 — Lipocalins
家族 Family familyb.60.1.1 — Retinol binding protein-like

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1qabA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily180 — Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain
结构域编号 domain_id1qabB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily180 — Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain
结构域编号 domain_id1qabC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily180 — Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain
结构域编号 domain_id1qabD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily180 — Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain
结构域编号 domain_id1qabE00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Calycin beta-barrel core domain
结构域编号 domain_id1qabF00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Calycin beta-barrel core domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)