1t8m

CRYSTAL STRUCTURE OF THE P1 HIS BPTI MUTANT- BOVINE CHYMOTRYPSIN COMPLEX

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 97.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chymotrypsin A

物种未注明

UniProt P00766

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–245 突变:K50H, M87L Pancreatic trypsin inhibitor × 1 (P00974) SO4 SULFATE ION × 7 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.8;298 K;50% AMMONIUM SULFATE, 0.1M TRIS, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.80 Å R-free 0.215
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–245 突变:K50H, M87L Pancreatic trypsin inhibitor × 1 (P00974) SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.8;298 K;50% AMMONIUM SULFATE, 0.1M TRIS, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.80 Å R-free 0.215
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–245 链 C; UniProt 1–245 突变:K50H, M87L Pancreatic trypsin inhibitor × 2 (P00974) SO4 SULFATE ION × 10 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.8;298 K;50% AMMONIUM SULFATE, 0.1M TRIS, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.80 Å R-free 0.215
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–245 链 C; UniProt 1–245 突变:K50H, M87L Pancreatic trypsin inhibitor × 2 (P00974) SO4 SULFATE ION × 10 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.8;298 K;50% AMMONIUM SULFATE, 0.1M TRIS, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.80 Å R-free 0.215
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–245 突变:K50H, M87L Pancreatic trypsin inhibitor × 1 (P00974) SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.8;298 K;50% AMMONIUM SULFATE, 0.1M TRIS, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.80 Å R-free 0.215
6 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–245 突变:K50H, M87L Pancreatic trypsin inhibitor × 1 (P00974) SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.8;298 K;50% AMMONIUM SULFATE, 0.1M TRIS, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.80 Å R-free 0.215

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 91 个其他 PDB 条目、172 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CTRA_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–245; UniProt 1–245 作者链 C; PDB构建体 1–245; UniProt 1–245

Pancreatic trypsin inhibitor

Bos taurus

UniProt P00974

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 36–93 未记录 Chymotrypsin A × 1 (P00766) SO4 SULFATE ION × 7 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.8;298 K;50% AMMONIUM SULFATE, 0.1M TRIS, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.80 Å R-free 0.215
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 36–93 未记录 Chymotrypsin A × 1 (P00766) SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.8;298 K;50% AMMONIUM SULFATE, 0.1M TRIS, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.80 Å R-free 0.215
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 36–93 链 D; UniProt 36–93 未记录 Chymotrypsin A × 2 (P00766) SO4 SULFATE ION × 10 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.8;298 K;50% AMMONIUM SULFATE, 0.1M TRIS, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.80 Å R-free 0.215
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 36–93 链 D; UniProt 36–93 未记录 Chymotrypsin A × 2 (P00766) SO4 SULFATE ION × 10 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.8;298 K;50% AMMONIUM SULFATE, 0.1M TRIS, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.80 Å R-free 0.215
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 36–93 未记录 Chymotrypsin A × 1 (P00766) SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.8;298 K;50% AMMONIUM SULFATE, 0.1M TRIS, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.80 Å R-free 0.215
6 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 36–93 未记录 Chymotrypsin A × 1 (P00766) SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.8;298 K;50% AMMONIUM SULFATE, 0.1M TRIS, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.80 Å R-free 0.215

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 123 个其他 PDB 条目、260 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BPT1_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–58; UniProt 36–93 作者链 D; PDB构建体 1–58; UniProt 36–93

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1t8m

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1t8m
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1t8m
沉积日期 deposition_date2004-05-13
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF THE P1 HIS BPTI MUTANT- BOVINE CHYMOTRYPSIN COMPLEX
关键词 keywords;CHYMOTRYPSIN, SERINE PROTEINASE, BOVINE PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR, BPTI, PROTEIN-PROTEIN INTERACTION, NON-COGNATE BINDING; S1 POCKET, PRIMARY SPECIFICITY, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX ;; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.83
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.76
零角强度 I(0) i071853600.00
分子量 molecular_weight64069.0 kDa
排除体积 excluded_volume79049 ų
包络体积 envelope_volume96794 ų
水化壳体积 shell_volume28518 ų
包络直径 envelope_diameter102.8
壳层 Rg shell_rg35.30
包络 Rg envelope_rg29.51
形状 Rg shape_rg29.75
总 Rg total_rg30.30
总原子数 total_atoms4470
残基数 n_residues594
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax97.0
Rg (实空间) rg_real30.04
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.68
I(0) (实空间) i0_real7.1850e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0190e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.95
I(0) (倒空间) i0_reciprocal71850000.0000
解质量估计 total_estimate0.8325
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.6
偏度 Skewness skewness0.451
峰度 Kurtosis kurtosis-0.631
角度范围 angular_range— – 0.2650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha24030000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.727; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.803; Smooth: 0.834

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1t8ma_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases
结构域编号 domain_idd1t8mb_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.8 — BPTI-like
超家族 Superfamily superfamilyg.8.1 — BPTI-like
家族 Family familyg.8.1.1 — Small Kunitz-type inhibitors & BPTI-like toxins
结构域编号 domain_idd1t8mc_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases
结构域编号 domain_idd1t8md_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.8 — BPTI-like
超家族 Superfamily superfamilyg.8.1 — BPTI-like
家族 Family familyg.8.1.1 — Small Kunitz-type inhibitors & BPTI-like toxins

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1t8mA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id1t8mA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id1t8mB00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain
结构域编号 domain_id1t8mC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id1t8mC02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id1t8mD00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain

8. 引用文献 (7)

9. 文件与曲线 (10)