1y3y

TRYPSIN INHIBITOR COMPLEX

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 58.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Trypsin, cationic

物种未注明

UniProt P00760

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 21–243 未记录 CA CALCIUM ION × 1 UIR (1R,3AS,4R,8AS,8BR)-4-(2-BENZO[1,3]DIOXOL-5-YL-1-CYCLOPROPYL-3-OXO-DECAHYDRO-PYRROLO[3,4-A]PYRROLIZIN-4-YL)-BENZAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;ammonium sulfate, Imidazol, Calcium chloride, benzamidin hydrochloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.75 Å R-free 0.199

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 608 个其他 PDB 条目、770 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRY1_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–216; UniProt 21–243

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1y3y

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1y3y
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1y3y
沉积日期 deposition_date2004-11-26
结构标题 titleTRYPSIN INHIBITOR COMPLEX
关键词 keywordsTrypsin, Inhibitor Complex, BARREL, 6 STRANDED BETA-SHEET, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.17
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.03
零角强度 I(0) i010590800.00
分子量 molecular_weight23573.0 kDa
排除体积 excluded_volume29218 ų
包络体积 envelope_volume32045 ų
水化壳体积 shell_volume16483 ų
包络直径 envelope_diameter52.5
壳层 Rg shell_rg22.38
包络 Rg envelope_rg16.27
形状 Rg shape_rg16.02
总 Rg total_rg17.06
总原子数 total_atoms1647
残基数 n_residues220
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax58.6
Rg (实空间) rg_real17.04
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.42
I(0) (实空间) i0_real1.0590e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3210e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.06
I(0) (倒空间) i0_reciprocal10590000.0000
解质量估计 total_estimate0.7817
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary22.4
偏度 Skewness skewness0.118
峰度 Kurtosis kurtosis-0.467
角度范围 angular_range— – 0.4650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3280000.0000
实空间数据点数 n_real_points77
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.724; Stabil: 0.995; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1y3ya_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1y3yA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id1y3yA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)