SAXSdb — 1yfh

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 1–179	未记录	5'-D(GPTPGPGPAPTPGP(XCY)PGPTPGPTPAPGPGPT)-3' × 1 5'-D(CPCPTPAPCPAPCPAPCPAPTPCPCPAPCPA)-3' × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；277 K；PEG 4000, sodium chloride, citrate, magnesium chloride, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.01 Å R-free 0.286
2	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–179	未记录	5'-D(GPTPGPGPAPTPGP(XCY)PGPTPGPTPAPGPGPT)-3' × 1 5'-D(CPCPTPAPCPAPCPAPCPAPTPCPCPAPCPA)-3' × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；277 K；PEG 4000, sodium chloride, citrate, magnesium chloride, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.01 Å R-free 0.286
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–179	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；277 K；PEG 4000, sodium chloride, citrate, magnesium chloride, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.01 Å R-free 0.286

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1YFH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1EH6 HUMAN O6-ALKYLGUANINE-DNA ALKYLTRANSFERASE 提交 2000-02-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–207（207 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；18 MG/ML PROTEIN, 1.5 M SUCROSE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.218
1EH7 METHYLATED HUMAN O6-ALKYLGUANINE-DNA ALKYLTRANSFERASE 提交 2000-02-18	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–207（207 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；18 MG/ML PROTEIN, 1.5 M SUCROSE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.229
1EH8 BENZYLATED HUMAN O6-ALKYLGUANINE-DNA ALKYLTRANSFERASE 提交 2000-02-18	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–207（207 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；18 MG/ML PROTEIN, 1.5 M SUCROSE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.230
1QNT X-ray structure of human O6alkylguanine-DNA alkyltransferase 提交 1999-10-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–176（176 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；1.75M (NH4)2SO4, PH 7.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.221
1T38 HUMAN O6-ALKYLGUANINE-DNA ALKYLTRANSFERASE BOUND TO DNA CONTAINING O6-METHYLGUANINE 提交 2004-04-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–176（176 aa）	突变：C145S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；PEG 3000, Tris, sodium chloride, xylitol, calcium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.307
1T39 HUMAN O6-ALKYLGUANINE-DNA ALKYLTRANSFERASE COVALENTLY CROSSLINKED TO DNA 提交 2004-04-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–176（176 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 8000, MES, calcium acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.30 Å R-free 0.344
1T39 HUMAN O6-ALKYLGUANINE-DNA ALKYLTRANSFERASE COVALENTLY CROSSLINKED TO DNA 提交 2004-04-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–176（176 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 8000, MES, calcium acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.30 Å R-free 0.344
28OP Structure of the human inner kinetochore CCAN and CENP-C bound to DNA 提交 2026-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric	链 C 1–182（182 aa）链 T 1–182（182 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8RGG Structure of dynein-2 intermediate chain DYNC2I2 (WDR34) in complex with dynein-2 heavy chain DYNC2H1. 提交 2023-12-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 B 2–184（183 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
8RGH Structure of dynein-2 intermediate chain DYNC2I1 (WDR60) in complex with the dynein-2 heavy chain DYNC2H1. 提交 2023-12-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 2–184（183 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
8RTY Structure of the F-actin barbed end bound by Cdc12 and profilin (ring complex) at a resolution of 6.3 Angstrom 提交 2024-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 E 2–182（181 aa）链 F 2–182（181 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1；1xKMEH (10 mM HEPES pH 7.1, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 0.5 mM TCEP) cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；3 seconds, force 0.	分辨率 6.25 Å
8RU2 Structure of the F-actin barbed end bound by formin mDia1 提交 2024-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 1–182（182 aa）链 F 1–182（182 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；3 seconds, force 0.	分辨率 3.49 Å
9HHL Structure of Dynein-Dynactin-NuMA-LIS1 提交 2024-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric	链 1 1–182（182 aa）链 2 1–182（182 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.53 Å
9QEY Cryo-EM structure of the actin filament bound by a single Coronin-1B molecule. 提交 2025-03-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 H 1–182（182 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 PO4 PHOSPHATE ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1；1xKMEH (10 mM HEPES pH 7.1, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 0.5 mM TCEP, 0.01% Tween20). cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.74 Å
9QF2 Cryo-EM structure of the fully Coronin-1B-decorated actin filament in the ADP state. 提交 2025-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 F 1–182（182 aa）链 G 1–182（182 aa）链 H 1–182（182 aa）链 I 1–182（182 aa）链 J 1–182（182 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1；1xKMEH (10 mM HEPES pH 7.1, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 0.5 mM TCEP, 0.01% Tween20). cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.42 Å
9QFB Cryo-EM structure of the fully Coronin-1B-decorated actin filament in the ADP state. 提交 2025-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric	链 H 1–182（182 aa）链 I 1–182（182 aa）链 J 1–182（182 aa）链 K 1–182（182 aa）链 L 1–182（182 aa）链 M 1–182（182 aa）链 N 1–182（182 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1；1xKMEH (10 mM HEPES pH 7.1, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 0.5 mM TCEP, 0.01% Tween20). cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.74 Å
9QFE Cryo-EM structure of the actin filament hetero-decorated by Coronin-1 and Cofilin-1 on separate actin strands 提交 2025-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric	链 L 1–182（182 aa）链 M 1–182（182 aa）链 N 1–182（182 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1；1xKMEH (10 mM HEPES pH 7.1, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 0.5 mM TCEP, 0.02% Tween20). cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.12 Å
9QFG Cryo-EM structure of the actin filament hetero-decorated by Coronin-1 and Cofilin-1, strand boundary 提交 2025-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric	链 J 1–182（182 aa）链 K 1–182（182 aa）链 L 1–182（182 aa）链 M 1–182（182 aa）链 N 1–182（182 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1；1xKMEH (10 mM HEPES pH 7.1, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 0.5 mM TCEP, 0.02% Tween20). cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.49 Å
9QFK Cryo-EM structure of the Coronin-1B-decorated actin filament bound by one Cofilin-1 molecule (crosslinked) 提交 2025-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric	链 H 1–182（182 aa）链 I 1–182（182 aa）链 K 1–182（182 aa）链 L 1–182（182 aa）链 M 1–182（182 aa）链 N 1–182（182 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1；1xKMEH (10 mM HEPES pH 7.1, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 0.5 mM TCEP, 0.02% Tween20). cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.99 Å
9QFQ Cryo-EM structure of the cofilactin barbed end bound by AIP1 提交 2025-03-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：11-meric	链 P 1–182（182 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1；1xKMEH (10 mM HEPES pH 7.1, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 0.5 mM TCEP, 0.015% Tween20) cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.76 Å
9QFW Cryo-EM structure of the cofilactin barbed end bound by two AIP1 molecules 提交 2025-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 P 1–182（182 aa）链 Q 1–182（182 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1；1xKMEH (10 mM HEPES pH 7.1, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 0.5 mM TCEP, 0.015% Tween20) cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.16 Å
9TAY Structure of the human inner kinetochore CCAN bound to a di-CENP-A nucleosome 提交 2025-11-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：37-meric	链 T 1–182（182 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 15.50 Å

共 21 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MGMT_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–179； UniProt 1–179 作者链 B； PDB构建体 1–179； UniProt 1–179 作者链 C； PDB构建体 1–179； UniProt 1–179

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1yfh
沉积日期 deposition_date	2004-12-31
结构标题 title	wt Human O6-Alkylguanine-DNA Alkyltransferase Bound To DNA Containing an Alkylated Cytosine
关键词 keywords	protein-DNA complex, TRANSFERASE-DNA COMPLEX; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.74 Å
零角强度 I(0) i0	111003000.00
分子量 molecular_weight	71450.0 kDa
排除体积 excluded_volume	84460 Å³
包络体积 envelope_volume	115420 Å³
水化壳体积 shell_volume	33386 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.6 Å
壳层 Rg shell_rg	36.09 Å
包络 Rg envelope_rg	27.98 Å
形状 Rg shape_rg	28.70 Å
总 Rg total_rg	29.50 Å
总原子数 total_atoms	4940
残基数 n_residues	537
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.7 Å
Rg (实空间) rg_real	29.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1100e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2730e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	111000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9061
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	40.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.049
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.479
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	4565000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.952; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.931

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(GPTPGPGPAPTPGP(XCY)PGPTPGPTPAPGPGPT)-3'
分子量 formula_weight	5144.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,F
原子数 atom_count	4946

GTGGATGCGTGTAGGT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(CPCPTPAPCPAPCPAPCPAPTPCPCPAPCPA)-3'
分子量 formula_weight	4756.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,G

CCTACACACATCCACA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
分子量 formula_weight	19233.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.63
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C

MDKDCEMKRTTLDSPLGKLELSGCEQGLHEIKLLGKGTSAADAVEVPAPAAVLGGPEPLMQCTAWLNAYFHQPEAIEEFPVPALHHPVFQQESFTRQVLWKLLKVVKFGEVISYQQLAALAGNPKAARAVGGAMRGNPVPILIPCHRVVCSSGAVGNYSGGLAVKEWLLAHEGHRLGKP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1yfha1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.2 — Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, C-terminal domain
家族 Family family	a.4.2.1 — Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1yfha2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.7 — Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain
家族 Family family	c.55.7.1 — Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain

结构域编号 domain_id	d1yfhb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.2 — Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, C-terminal domain
家族 Family family	a.4.2.1 — Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1yfhb2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.7 — Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain
家族 Family family	c.55.7.1 — Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain

结构域编号 domain_id	d1yfhc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.2 — Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, C-terminal domain
家族 Family family	a.4.2.1 — Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1yfhc2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.7 — Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain
家族 Family family	c.55.7.1 — Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1yfhA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain

结构域编号 domain_id	1yfhA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1yfhB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain

结构域编号 domain_id	1yfhB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1yfhC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain

结构域编号 domain_id	1yfhC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	58.150 Å
晶胞边长 b length_b	102.710 Å
晶胞边长 c length_c	87.940 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.77 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.010 Å
最低分辨率 resolution_low	29.170 Å
R 因子 r_factor	0.2460
R_work r_work	0.2460
R_free r_free	0.2860

fit	/app/data/saxs_computation/yf/1yfh/1yfh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yf/1yfh/1yfh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yf/1yfh/1yfh.dat

wt Human O6-Alkylguanine-DNA Alkyltransferase Bound To DNA Containing an Alkylated Cytosine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)