2rmk

Rac1/PRK1 Complex

Method: SOLUTION NMR Dmax: 78.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1

Homo sapiens

UniProt P63000

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–192 突变:Q61L Serine/threonine-protein kinase N1 × 1 (Q16512) MG MAGNESIUM ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 7.4;298 K;离子强度(mmCIF原始值)0.225;压力 ambient NMR样品组成:0.6mM [U-13C; U-15N; U-2H] Rac1; 0.6mM PRK1 HR1b; 0.7mM PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:0.6mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Rac1; 0.6mM PRK1 HR1b; 0.7mM PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:0.6mM [U-100% 15N] Rac1; 0.6mM PRK1 HR1b; 0.7mM PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:0.6mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Rac1; 0.6mM PRK1 Rac1; 0.7mM PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:0.6mM [U-100% 15N] HR1b; 0.6mM PRK1 Rac1; 0.7mM PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 74 个其他 PDB 条目、102 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAC1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–192; UniProt 1–192

Serine/threonine-protein kinase N1

Homo sapiens

UniProt Q16512

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 122–199 片段:HR1b domain, REM 2, UNP residues 122-199 Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 × 1 (P63000) MG MAGNESIUM ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 7.4;298 K;离子强度(mmCIF原始值)0.225;压力 ambient NMR样品组成:0.6mM [U-13C; U-15N; U-2H] Rac1; 0.6mM PRK1 HR1b; 0.7mM PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:0.6mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Rac1; 0.6mM PRK1 HR1b; 0.7mM PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:0.6mM [U-100% 15N] Rac1; 0.6mM PRK1 HR1b; 0.7mM PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:0.6mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Rac1; 0.6mM PRK1 Rac1; 0.7mM PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:0.6mM [U-100% 15N] HR1b; 0.6mM PRK1 Rac1; 0.7mM PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PKN1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 4–81; UniProt 122–199

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2rmk

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2rmk
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2rmk
沉积日期 deposition_date2007-10-25
结构标题 titleRac1/PRK1 Complex
关键词 keywords;G protein, effector, ADP-ribosylation, Alternative splicing, GTP-binding, Lipoprotein, Membrane, Methylation, Nucleotide-binding, Polymorphism, Prenylation, ATP-binding, Cytoplasm, Kinase, Phosphorylation, Serine/threonine-protein kinase, Transferase, MEMBRANE PROTEIN-TRANSFERASE COMPLEX ;; MEMBRANE PROTEIN/TRANSFERASE
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.27
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.23
零角强度 I(0) i08036210000.00
分子量 molecular_weight774880.0 kDa
排除体积 excluded_volume975740 ų
包络体积 envelope_volume73648 ų
水化壳体积 shell_volume25991 ų
包络直径 envelope_diameter86.2
壳层 Rg shell_rg30.59
包络 Rg envelope_rg25.58
形状 Rg shape_rg22.22
总 Rg total_rg22.33
总原子数 total_atoms110275
残基数 n_residues6825
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax78.8
Rg (实空间) rg_real22.41
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.91
I(0) (实空间) i0_real8.0360e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1400e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.38
I(0) (倒空间) i0_reciprocal8036000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8358
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.9
偏度 Skewness skewness0.544
峰度 Kurtosis kurtosis-0.158
角度范围 angular_range— – 0.3550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1712000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.686; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.846; Smooth: 0.960

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd2rmka_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins
结构域编号 domain_idd2rmkb2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.2 — Long alpha-hairpin
超家族 Superfamily superfamilya.2.6 — HR1 repeat
家族 Family familya.2.6.1 — HR1 repeat
结构域编号 domain_idd2rmkb3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2rmkA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id2rmkB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily160 — HR1 repeat

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)