2vrw

Critical structural role for the PH and C1 domains of the Vav1 exchange factor

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 87.9 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE 1

HOMO SAPIENS

UniProt P63000

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–184 片段:RESIDUES 1-184 PROTO-ONCOGENE VAV × 1 (P27870) ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 9;100MM BICINE PH9.0 10% PEG 6000 分辨率 1.85 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 74 个其他 PDB 条目、102 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAC1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–184; UniProt 1–184

PROTO-ONCOGENE VAV

MUS MUSCULUS

UniProt P27870

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 170–575 片段:RESIDUES 170-575 RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE 1 × 1 (P63000) ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 9;100MM BICINE PH9.0 10% PEG 6000 分辨率 1.85 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VAV_MOUSE
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–406; UniProt 170–575

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2vrw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2vrw
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2vrw
沉积日期 deposition_date2008-04-16
结构标题 titleCritical structural role for the PH and C1 domains of the Vav1 exchange factor
关键词 keywords;LIPOPROTEIN, GTP-BINDING, METAL-BINDING, PROTO-ONCOGENE, PHOSPHOPROTEIN, EXCHANGE FACTOR, RAC, VAV, GTPASE, MEMBRANE, SH2 DOMAIN, SH3 DOMAIN, METHYLATION, ZINC-FINGER, PRENYLATION, GUANINE-NUCLEOTIDE RELEASING FACTOR, PHORBOL-ESTER BINDING, ADP-RIBOSYLATION, NUCLEOTIDE-BINDING, SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.06
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.15
零角强度 I(0) i064970600.00
分子量 molecular_weight62836.0 kDa
排除体积 excluded_volume78684 ų
包络体积 envelope_volume101070 ų
水化壳体积 shell_volume30965 ų
包络直径 envelope_diameter86.2
壳层 Rg shell_rg34.45
包络 Rg envelope_rg27.16
形状 Rg shape_rg27.13
总 Rg total_rg27.98
总原子数 total_atoms4402
残基数 n_residues544
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax87.9
Rg (实空间) rg_real27.96
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.51
I(0) (实空间) i0_real6.4970e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.0300e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.99
I(0) (倒空间) i0_reciprocal64970000.0000
解质量估计 total_estimate0.9090
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary35.5
偏度 Skewness skewness0.195
峰度 Kurtosis kurtosis-0.565
角度范围 angular_range— – 0.2850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha12180000.0000
实空间数据点数 n_real_points58
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.954; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.952

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2vrwa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id2vrwA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id2vrwB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology900 — Dbl Homology Domain; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Dbl homology (DH) domain
结构域编号 domain_id2vrwB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
结构域编号 domain_id2vrwB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology60 — Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)