3pmw

Ligand-binding domain of GluA2 (flip) ionotropic glutamate receptor in complex with an allosteric modulator

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 64.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor 2

Rattus norvegicus

UniProt P19491

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 413–527 链 A; UniProt 653–796 片段:Ligand binding domain, residues 413 to 527 and 653 to 796 突变:S1-S2 fusion in which Gly118 and Thr119 replace a membrane-spanning region GLU GLUTAMIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 14 GOL GLYCEROL × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 G69 N-[(2S)-5-{[4-(hydroxymethyl)-3-(trifluoromethyl)-1H-pyrazol-1-yl]methyl}-2,3-dihydro-1H-inden-2-yl]propane-2-sulfonami de × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4;277 K;18% PEG 4000, 50mM Lithium Sulphate, 2.5% Glycerol, 100mM Sodium Cacodylate pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.20 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 333 个其他 PDB 条目、482 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRIA2_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–117; UniProt 413–527 作者链 A; PDB构建体 120–263; UniProt 653–796

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3pmw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3pmw
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3pmw
沉积日期 deposition_date2010-11-18
结构标题 titleLigand-binding domain of GluA2 (flip) ionotropic glutamate receptor in complex with an allosteric modulator
关键词 keywordsTransport Protein, Membrane Protein, Fusion protein, chimera protein; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.79
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.68
零角强度 I(0) i016781200.00
分子量 molecular_weight30452.0 kDa
排除体积 excluded_volume37953 ų
包络体积 envelope_volume44674 ų
水化壳体积 shell_volume19753 ų
包络直径 envelope_diameter63.1
壳层 Rg shell_rg25.10
包络 Rg envelope_rg19.07
形状 Rg shape_rg18.64
总 Rg total_rg19.72
总原子数 total_atoms2119
残基数 n_residues261
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax64.3
Rg (实空间) rg_real19.68
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.35
I(0) (实空间) i0_real1.6780e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1060e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.70
I(0) (倒空间) i0_reciprocal16780000.0000
解质量估计 total_estimate0.8894
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.5
偏度 Skewness skewness0.210
峰度 Kurtosis kurtosis-0.390
角度范围 angular_range— – 0.4000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3343000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.860; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.978

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd3pmwa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.1 — Phosphate binding protein-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3pmwA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id3pmwA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)