3ryt

The Plexin A1 intracellular region in complex with Rac1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 129.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Plexin-A1

Mus musculus

UniProt P70206

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1269–1894 片段:intracellular region (UNP residues 1269-1894) Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 × 1 (P63000) MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;15% PEG1500, 100 mM SPG buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.58 Å R-free 0.340
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1269–1894 片段:intracellular region (UNP residues 1269-1894) 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;15% PEG1500, 100 mM SPG buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.58 Å R-free 0.340

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PLXA1_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–626; UniProt 1269–1894 作者链 B; PDB构建体 1–626; UniProt 1269–1894

Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1

Homo sapiens

UniProt P63000

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–177 片段:UNP residues 1-177 突变:Q61L Plexin-A1 × 1 (P70206) MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;15% PEG1500, 100 mM SPG buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.58 Å R-free 0.340

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 74 个其他 PDB 条目、102 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAC1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 4–180; UniProt 1–177

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3ryt

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3ryt
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3ryt
沉积日期 deposition_date2011-05-11
结构标题 titleThe Plexin A1 intracellular region in complex with Rac1
关键词 keywordsplexin, RasGAP, GTPase activating protein, Rac, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.85
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.31
零角强度 I(0) i0258883000.00
分子量 molecular_weight129200.0 kDa
排除体积 excluded_volume161220 ų
包络体积 envelope_volume229950 ų
水化壳体积 shell_volume52545 ų
包络直径 envelope_diameter134.2
壳层 Rg shell_rg42.27
包络 Rg envelope_rg37.28
形状 Rg shape_rg37.30
总 Rg total_rg37.67
总原子数 total_atoms9112
残基数 n_residues1237
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax129.5
Rg (实空间) rg_real37.94
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.86
I(0) (实空间) i0_real2.5890e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.2680e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.88
I(0) (倒空间) i0_reciprocal258900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8593
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary46.2
偏度 Skewness skewness0.454
峰度 Kurtosis kurtosis-0.093
角度范围 angular_range— – 0.2100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha53760000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.790; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.798

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id3rytA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology506 — GTPase Activation - p120GAP; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GTPase Activation - p120gap; domain 1
结构域编号 domain_id3rytA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id3rytB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology506 — GTPase Activation - p120GAP; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GTPase Activation - p120gap; domain 1
结构域编号 domain_id3rytB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id3rytC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)