3t9x

Glutamate bound to a double cysteine mutant (V484C/E657C) of the ligand binding domain of GluA2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 115.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor 2

Rattus norvegicus

UniProt P19491

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 414–527 链 B; UniProt 653–794 链 F; UniProt 414–527 链 F; UniProt 653–794 片段:SEE REMARK 999 突变:V505C/E678C GLU GLUTAMIC ACID × 2 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;14-15% PEG8000, 0.1 M sodium cacodylate, 0.1-0.15 M zinc acetate, 0.25 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 1.82 Å R-free 0.240
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 414–527 链 D; UniProt 653–794 片段:SEE REMARK 999 突变:V505C/E678C GLU GLUTAMIC ACID × 2 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;14-15% PEG8000, 0.1 M sodium cacodylate, 0.1-0.15 M zinc acetate, 0.25 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 1.82 Å R-free 0.240

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 333 个其他 PDB 条目、481 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRIA2_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–114; UniProt 414–527 作者链 B; PDB构建体 117–258; UniProt 653–794 作者链 D; PDB构建体 1–114; UniProt 414–527 作者链 D; PDB构建体 117–258; UniProt 653–794 作者链 F; PDB构建体 1–114; UniProt 414–527 作者链 F; PDB构建体 117–258; UniProt 653–794

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3t9x

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3t9x
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3t9x
沉积日期 deposition_date2011-08-03
结构标题 titleGlutamate bound to a double cysteine mutant (V484C/E657C) of the ligand binding domain of GluA2
关键词 keywordsS1S2, neurotransmitter receptor, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.04
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.86
零角强度 I(0) i0114725000.00
分子量 molecular_weight86538.0 kDa
排除体积 excluded_volume108780 ų
包络体积 envelope_volume143150 ų
水化壳体积 shell_volume37657 ų
包络直径 envelope_diameter117.9
壳层 Rg shell_rg38.29
包络 Rg envelope_rg33.50
形状 Rg shape_rg33.85
总 Rg total_rg34.25
总原子数 total_atoms6042
残基数 n_residues774
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax115.4
Rg (实空间) rg_real34.26
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.09
I(0) (实空间) i0_real1.1470e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7970e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.13
I(0) (倒空间) i0_reciprocal114700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8369
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary34.4
偏度 Skewness skewness0.508
峰度 Kurtosis kurtosis-0.423
角度范围 angular_range— – 0.2350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha25470000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.724; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.798; Smooth: 0.905

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd3t9xb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.1 — Phosphate binding protein-like
结构域编号 domain_idd3t9xd_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.1 — Phosphate binding protein-like
结构域编号 domain_idd3t9xf_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.1 — Phosphate binding protein-like

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id3t9xB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id3t9xB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id3t9xD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id3t9xD02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id3t9xF01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id3t9xF02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)