4b2c

Structure of the factor Xa-like trypsin variant triple-Ala (TPA) in complex with eglin C

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 109.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CATIONIC TRYPSIN

BOS TAURUS

UniProt P00760

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 24–246 突变:YES EGLIN C × 1 (P01051) CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 11 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:283 K;18% (W/V) PEG 10,000, 20% (V/V) GLYCEROL, 100 MM TRIS-HCL PH 8.5 AND 100 MM NACL AT 283 K 分辨率 1.43 Å R-free 0.182
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 24–246 突变:YES EGLIN C × 1 (P01051) CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 9 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:283 K;18% (W/V) PEG 10,000, 20% (V/V) GLYCEROL, 100 MM TRIS-HCL PH 8.5 AND 100 MM NACL AT 283 K 分辨率 1.43 Å R-free 0.182

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 608 个其他 PDB 条目、769 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRY1_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–223; UniProt 24–246 作者链 C; PDB构建体 1–223; UniProt 24–246

EGLIN C

HIRUDO MEDICINALIS

UniProt P01051

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–70 突变:YES CATIONIC TRYPSIN × 1 (P00760) CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 11 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:283 K;18% (W/V) PEG 10,000, 20% (V/V) GLYCEROL, 100 MM TRIS-HCL PH 8.5 AND 100 MM NACL AT 283 K 分辨率 1.43 Å R-free 0.182
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–70 突变:YES CATIONIC TRYPSIN × 1 (P00760) CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 9 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:283 K;18% (W/V) PEG 10,000, 20% (V/V) GLYCEROL, 100 MM TRIS-HCL PH 8.5 AND 100 MM NACL AT 283 K 分辨率 1.43 Å R-free 0.182

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ICIC_HIRME
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–71; UniProt 1–70 作者链 D; PDB构建体 2–71; UniProt 1–70

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4b2c

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4b2c
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4b2c
沉积日期 deposition_date2012-07-13
结构标题 titleStructure of the factor Xa-like trypsin variant triple-Ala (TPA) in complex with eglin C
关键词 keywordsHYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.34
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.36
零角强度 I(0) i069587500.00
分子量 molecular_weight65326.0 kDa
排除体积 excluded_volume81268 ų
包络体积 envelope_volume101480 ų
水化壳体积 shell_volume26853 ų
包络直径 envelope_diameter112.8
壳层 Rg shell_rg38.07
包络 Rg envelope_rg32.00
形状 Rg shape_rg32.42
总 Rg total_rg32.64
总原子数 total_atoms4572
残基数 n_residues582
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax109.6
Rg (实空间) rg_real32.66
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.28
I(0) (实空间) i0_real6.9590e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1940e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.53
I(0) (倒空间) i0_reciprocal69580000.0000
解质量估计 total_estimate0.7969
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.6
偏度 Skewness skewness0.426
峰度 Kurtosis kurtosis-0.581
角度范围 angular_range— – 0.2450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha18670000.0000
实空间数据点数 n_real_points50
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.655; Stabil: 0.995; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.602; Smooth: 0.803

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd4b2ca_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases
结构域编号 domain_idd4b2cb1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.40 — CI-2 family of serine protease inhibitors
超家族 Superfamily superfamilyd.40.1 — CI-2 family of serine protease inhibitors
家族 Family familyd.40.1.1 — CI-2 family of serine protease inhibitors
结构域编号 domain_idd4b2cb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4b2cc_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases
结构域编号 domain_idd4b2cd1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.40 — CI-2 family of serine protease inhibitors
超家族 Superfamily superfamilyd.40.1 — CI-2 family of serine protease inhibitors
家族 Family familyd.40.1.1 — CI-2 family of serine protease inhibitors
结构域编号 domain_idd4b2cd2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id4b2cA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id4b2cA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id4b2cB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology10 — Trypsin Inhibitor V; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin Inhibitor V, subunit A
结构域编号 domain_id4b2cC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id4b2cC02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id4b2cD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology10 — Trypsin Inhibitor V; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin Inhibitor V, subunit A

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)