4f7g

Crystal structure of talin autoinhibition complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 84.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Talin-1

Mus musculus

UniProt P26039

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 206–405 链 B; UniProt 1654–1847 片段:F2F3 subdomain, UNP residues 206-405 片段:RS subdomain, UNP residues 1654-1847 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;289 K;18.5% (w/v) PEG 1500, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;289 K;18.5% (w/v) PEG 1500, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K 分辨率 2.05 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 50 个其他 PDB 条目、70 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TLN1_MOUSE
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 23–222; UniProt 206–405 作者链 B; PDB构建体 23–216; UniProt 1654–1847

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4f7g

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4f7g
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4f7g
沉积日期 deposition_date2012-05-16
结构标题 titleCrystal structure of talin autoinhibition complex
关键词 keywordsalpha-helix bundle, integrin activation, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.71
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.12
零角强度 I(0) i026748500.00
分子量 molecular_weight39821.0 kDa
排除体积 excluded_volume49951 ų
包络体积 envelope_volume63429 ų
水化壳体积 shell_volume21779 ų
包络直径 envelope_diameter87.4
壳层 Rg shell_rg31.46
包络 Rg envelope_rg25.97
形状 Rg shape_rg26.13
总 Rg total_rg26.74
总原子数 total_atoms2797
残基数 n_residues362
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax84.9
Rg (实空间) rg_real26.85
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.64
I(0) (实空间) i0_real2.6750e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.1800e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.81
I(0) (倒空间) i0_reciprocal26750000.0000
解质量估计 total_estimate0.8802
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.0
偏度 Skewness skewness0.371
峰度 Kurtosis kurtosis-0.626
角度范围 angular_range— – 0.2950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5118000.0000
实空间数据点数 n_real_points60
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.915; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.785; Smooth: 0.909

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd4f7ga1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.11 — Acyl-CoA binding protein-like
超家族 Superfamily superfamilya.11.2 — Second domain of FERM
家族 Family familya.11.2.1 — Second domain of FERM
结构域编号 domain_idd4f7ga2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.55.1 — PH domain-like
家族 Family familyb.55.1.5 — Third domain of FERM

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id4f7gA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology80 — Acyl-CoA Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id4f7gA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
结构域编号 domain_id4f7gB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1420 — A middle domain of Talin 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Talin, central domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)