8ivz

Crystal structure of talin R7 in complex with KANK1 KN motif

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 153.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ivz
沉积日期 deposition_date	2023-03-29
结构标题 title	Crystal structure of talin R7 in complex with KANK1 KN motif
关键词 keywords	Focal adhesion, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.28 Å
零角强度 I(0) i0	28175700.00
分子量 molecular_weight	40620.0 kDa
排除体积 excluded_volume	50495 Å³
包络体积 envelope_volume	97520 Å³
水化壳体积 shell_volume	23455 Å³
包络直径 envelope_diameter	158.7 Å
壳层 Rg shell_rg	38.98 Å
包络 Rg envelope_rg	40.71 Å
形状 Rg shape_rg	42.27 Å
总 Rg total_rg	42.03 Å
总原子数 total_atoms	2847
残基数 n_residues	378
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	153.9 Å
Rg (实空间) rg_real	43.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.03 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8340e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.8240e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	28150000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5381
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	48.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.638
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.083
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.0280
最高正则化参数 α highest_alpha	1246000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.438; Stabil: 0.904; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.632; Smooth: 0.347

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Talin-1
分子量 formula_weight	18103.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2869

HMGSAPGQKECDNALRQLETVRELLENPVQPINDMSYFGCLDSVMENSKVLGEAMTGISQNAKNGNLPEFGDAIATASKALCGFTEAAAQAAYLVGVSDPNSQAQISPEGRAAMEPIVISAKTMLESAGGLIQTARALAVNPRDPPRWSVLAGHSRTVSDSIKKLITSMRD

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	KN motif and ankyrin repeat domains 1
分子量 formula_weight	3129.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

PYFVETPYGYQLDLDFLKYVDDIQKG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	40.544 Å
晶胞边长 b length_b	46.898 Å
晶胞边长 c length_c	261.610 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	17
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	46.900 Å
R 因子 r_factor	0.2390
R_work r_work	0.2376
R_free r_free	0.2637

fit	/app/data/saxs_computation/iv/8ivz/8ivz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/iv/8ivz/8ivz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/iv/8ivz/8ivz.dat

Crystal structure of talin R7 in complex with KANK1 KN motif

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)