8ivz

Crystal structure of talin R7 in complex with KANK1 KN motif

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 153.9 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Talin-1

Mus musculus

UniProt P26039

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1357–1653 未记录 KN motif and ankyrin repeat domains 1 × 2 (A0A8J9BYE6) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;289 K;25% w/v pentaerythritol ethoxylate, 50 mM Magnesium chloride, 10 mM Tris pH8.5 分辨率 2.80 Å R-free 0.264
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1357–1653 未记录 KN motif and ankyrin repeat domains 1 × 2 (A0A8J9BYE6) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;289 K;25% w/v pentaerythritol ethoxylate, 50 mM Magnesium chloride, 10 mM Tris pH8.5 分辨率 2.80 Å R-free 0.264

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 50 个其他 PDB 条目、69 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TLN1_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–171; UniProt 1357–1653 作者链 B; PDB构建体 5–171; UniProt 1357–1653

KN motif and ankyrin repeat domains 1

Homo sapiens

UniProt A0A8J9BYE6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 30–55 未记录 Talin-1 × 2 (P26039) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;289 K;25% w/v pentaerythritol ethoxylate, 50 mM Magnesium chloride, 10 mM Tris pH8.5 分辨率 2.80 Å R-free 0.264
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 30–55 未记录 Talin-1 × 2 (P26039) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;289 K;25% w/v pentaerythritol ethoxylate, 50 mM Magnesium chloride, 10 mM Tris pH8.5 分辨率 2.80 Å R-free 0.264

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A8J9BYE6_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–26; UniProt 30–55 作者链 D; PDB构建体 1–26; UniProt 30–55

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8ivz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8ivz
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8ivz
沉积日期 deposition_date2023-03-29
结构标题 titleCrystal structure of talin R7 in complex with KANK1 KN motif
关键词 keywordsFocal adhesion, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier41.38
回转半径 Rg (电子) rg_electron42.28
零角强度 I(0) i028175700.00
分子量 molecular_weight40620.0 kDa
排除体积 excluded_volume50495 ų
包络体积 envelope_volume97520 ų
水化壳体积 shell_volume23455 ų
包络直径 envelope_diameter158.7
壳层 Rg shell_rg38.98
包络 Rg envelope_rg40.71
形状 Rg shape_rg42.27
总 Rg total_rg42.03
总原子数 total_atoms2847
残基数 n_residues378
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax153.9
Rg (实空间) rg_real43.20
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.03
I(0) (实空间) i0_real2.8340e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.8240e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal41.39
I(0) (倒空间) i0_reciprocal28150000.0000
解质量估计 total_estimate0.5381
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary48.6
偏度 Skewness skewness0.638
峰度 Kurtosis kurtosis-0.083
角度范围 angular_range— – 0.1900 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.0280
最高正则化参数 α highest_alpha1246000.0000
实空间数据点数 n_real_points39
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.438; Stabil: 0.904; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.632; Smooth: 0.347

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)