4i5n

Structural mechanism of trimeric PP2A holoenzyme involving PR70: insight for Cdc6 dephosphorylation

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 195.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform

Homo sapiens

UniProt P30153

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 9–589 片段:PP2A A alpha subunit (9-589) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) ;Serine/threonine-protein phosphatase 2A regulatory subunit B'' subunit beta - Cell division control protein 6 homolog chimeric construct ; × 1 (Q9Y5P8,Q99741) Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform, PP2A-alpha × 1 (P67775) Microcystin-LR (MCLR) bound form × 1 CA CALCIUM ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.75;296 K;0.03M Succinic acid with 7% PEG 3350. Protein (6.2mg/mL) in 10mM tris pH 8.0, 150mM NaCl, 5mM DTT, 1mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K 分辨率 2.80 Å R-free 0.250
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 9–589 片段:PP2A A alpha subunit (9-589) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) ;Serine/threonine-protein phosphatase 2A regulatory subunit B'' subunit beta - Cell division control protein 6 homolog chimeric construct ; × 1 (Q9Y5P8,Q99741) Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform, PP2A-alpha × 1 (P67775) Microcystin-LR (MCLR) bound form × 1 CA CALCIUM ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.75;296 K;0.03M Succinic acid with 7% PEG 3350. Protein (6.2mg/mL) in 10mM tris pH 8.0, 150mM NaCl, 5mM DTT, 1mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K 分辨率 2.80 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 34 个其他 PDB 条目、43 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 2AAA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–584; UniProt 9–589 作者链 D; PDB构建体 4–584; UniProt 9–589

;Serine/threonine-protein phosphatase 2A regulatory subunit B'' subunit beta - Cell division control protein 6 homolog chimeric construct ;

Homo sapiens

UniProt Q99741

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 70–90 片段:UNP Q9Y5P8 residues 122-490 and UNP Q99741 residues 70-90 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 (P30153) Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform, PP2A-alpha × 1 (P67775) Microcystin-LR (MCLR) bound form × 1 CA CALCIUM ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.75;296 K;0.03M Succinic acid with 7% PEG 3350. Protein (6.2mg/mL) in 10mM tris pH 8.0, 150mM NaCl, 5mM DTT, 1mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K 分辨率 2.80 Å R-free 0.250
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 70–90 片段:UNP Q9Y5P8 residues 122-490 and UNP Q99741 residues 70-90 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 (P30153) Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform, PP2A-alpha × 1 (P67775) Microcystin-LR (MCLR) bound form × 1 CA CALCIUM ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.75;296 K;0.03M Succinic acid with 7% PEG 3350. Protein (6.2mg/mL) in 10mM tris pH 8.0, 150mM NaCl, 5mM DTT, 1mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K 分辨率 2.80 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CDC6_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 393–413; UniProt 70–90 作者链 E; PDB构建体 393–413; UniProt 70–90

;Serine/threonine-protein phosphatase 2A regulatory subunit B'' subunit beta - Cell division control protein 6 homolog chimeric construct ;

Homo sapiens

UniProt Q9Y5P8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 122–490 片段:UNP Q9Y5P8 residues 122-490 and UNP Q99741 residues 70-90 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 (P30153) Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform, PP2A-alpha × 1 (P67775) Microcystin-LR (MCLR) bound form × 1 CA CALCIUM ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.75;296 K;0.03M Succinic acid with 7% PEG 3350. Protein (6.2mg/mL) in 10mM tris pH 8.0, 150mM NaCl, 5mM DTT, 1mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K 分辨率 2.80 Å R-free 0.250
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 122–490 片段:UNP Q9Y5P8 residues 122-490 and UNP Q99741 residues 70-90 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 (P30153) Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform, PP2A-alpha × 1 (P67775) Microcystin-LR (MCLR) bound form × 1 CA CALCIUM ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.75;296 K;0.03M Succinic acid with 7% PEG 3350. Protein (6.2mg/mL) in 10mM tris pH 8.0, 150mM NaCl, 5mM DTT, 1mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K 分辨率 2.80 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 P2R3B_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 3–371; UniProt 122–490 作者链 E; PDB构建体 3–371; UniProt 122–490

Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform, PP2A-alpha

Homo sapiens

UniProt P67775

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–309 未记录 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 (P30153) ;Serine/threonine-protein phosphatase 2A regulatory subunit B'' subunit beta - Cell division control protein 6 homolog chimeric construct ; × 1 (Q9Y5P8,Q99741) Microcystin-LR (MCLR) bound form × 1 CA CALCIUM ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.75;296 K;0.03M Succinic acid with 7% PEG 3350. Protein (6.2mg/mL) in 10mM tris pH 8.0, 150mM NaCl, 5mM DTT, 1mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K 分辨率 2.80 Å R-free 0.250
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–309 未记录 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 (P30153) ;Serine/threonine-protein phosphatase 2A regulatory subunit B'' subunit beta - Cell division control protein 6 homolog chimeric construct ; × 1 (Q9Y5P8,Q99741) Microcystin-LR (MCLR) bound form × 1 CA CALCIUM ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.75;296 K;0.03M Succinic acid with 7% PEG 3350. Protein (6.2mg/mL) in 10mM tris pH 8.0, 150mM NaCl, 5mM DTT, 1mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K 分辨率 2.80 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 49 个其他 PDB 条目、60 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PP2AA_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 3–311; UniProt 1–309 作者链 F; PDB构建体 3–311; UniProt 1–309

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4i5n

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4i5n
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4i5n
沉积日期 deposition_date2012-11-28
结构标题 titleStructural mechanism of trimeric PP2A holoenzyme involving PR70: insight for Cdc6 dephosphorylation
关键词 keywordsEF Hand, Phosphatase, CDC6 (Substrate), TRANSFERASE-TOXIN complex, HYDROLASE-TOXIN complex; HYDROLASE/TOXIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier58.89
回转半径 Rg (电子) rg_electron59.76
零角强度 I(0) i01154970000.00
分子量 molecular_weight283480.0 kDa
排除体积 excluded_volume353810 ų
包络体积 envelope_volume524950 ų
水化壳体积 shell_volume78196 ų
包络直径 envelope_diameter218.0
壳层 Rg shell_rg54.08
包络 Rg envelope_rg59.40
形状 Rg shape_rg59.79
总 Rg total_rg59.47
总原子数 total_atoms19753
残基数 n_residues2421
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax195.6
Rg (实空间) rg_real59.67
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.84
I(0) (实空间) i0_real1.1550e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.2640e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal58.20
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1152000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7831
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary50.7
偏度 Skewness skewness0.619
峰度 Kurtosis kurtosis-0.266
角度范围 angular_range— – 0.1350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha57990000.0000
实空间数据点数 n_real_points28
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.759; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.838; Smooth: 0.063

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd4i5na1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamilya.118.1 — ARM repeat
家族 Family familya.118.1.2 — HEAT repeat
结构域编号 domain_idd4i5na2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4i5nc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamilyd.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family familyd.159.1.3 — Protein serine/threonine phosphatase
结构域编号 domain_idd4i5nd1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamilya.118.1 — ARM repeat
家族 Family familya.118.1.2 — HEAT repeat
结构域编号 domain_idd4i5nd2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4i5nf_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamilyd.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family familyd.159.1.3 — Protein serine/threonine phosphatase

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id4i5nA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant
结构域编号 domain_id4i5nB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily230
结构域编号 domain_id4i5nB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily220
结构域编号 domain_id4i5nB03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id4i5nC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases
结构域编号 domain_id4i5nD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant
结构域编号 domain_id4i5nE01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily230
结构域编号 domain_id4i5nE02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily220
结构域编号 domain_id4i5nE03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id4i5nF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)