4lz8

Crystal structures of GLuR2 ligand-binding-domain in complex with glutamate and positive allosteric modulators

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 107.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor 2

Rattus norvegicus

UniProt P19491

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 404–527 链 A; UniProt 653–796 链 C; UniProt 404–527 链 C; UniProt 653–796 片段:SEE REMARK 999 突变:G389R,L390G,E391A GLU GLUTAMIC ACID × 2 1YX N-[(3S)-1-{2-fluoro-4-[(5S)-5-{[(propan-2-ylsulfonyl)amino]methyl}-4,5-dihydro-1,2-oxazol-3-yl]phenyl}pyrrolidin-3-yl]acetamide × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;1 uL 7 mg/mL protein in 10 mM (S)-Glu, 10 mM HEPES, pH 7.5, 20 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 150 uM ligand (from 30 mM DMSO stock) + 1 uL reservoir (10% PEG8000, 0.1 M zinc acetate, 0.1 M sodium acetate, pH 5.5), crystals appeared in 3-5 days, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 1.85 Å R-free 0.232
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 404–527 链 B; UniProt 653–796 片段:SEE REMARK 999 突变:G389R,L390G,E391A GLU GLUTAMIC ACID × 2 1YX N-[(3S)-1-{2-fluoro-4-[(5S)-5-{[(propan-2-ylsulfonyl)amino]methyl}-4,5-dihydro-1,2-oxazol-3-yl]phenyl}pyrrolidin-3-yl]acetamide × 2 ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;1 uL 7 mg/mL protein in 10 mM (S)-Glu, 10 mM HEPES, pH 7.5, 20 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 150 uM ligand (from 30 mM DMSO stock) + 1 uL reservoir (10% PEG8000, 0.1 M zinc acetate, 0.1 M sodium acetate, pH 5.5), crystals appeared in 3-5 days, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 1.85 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 333 个其他 PDB 条目、481 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRIA2_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–129; UniProt 404–527 作者链 A; PDB构建体 132–275; UniProt 653–796 作者链 B; PDB构建体 6–129; UniProt 404–527 作者链 B; PDB构建体 132–275; UniProt 653–796 作者链 C; PDB构建体 6–129; UniProt 404–527 作者链 C; PDB构建体 132–275; UniProt 653–796

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4lz8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4lz8
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4lz8
沉积日期 deposition_date2013-07-31
结构标题 titleCrystal structures of GLuR2 ligand-binding-domain in complex with glutamate and positive allosteric modulators
关键词 keywordsAMPA receptor, allosteric modulator, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.30
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.67
零角强度 I(0) i0119093000.00
分子量 molecular_weight87695.0 kDa
排除体积 excluded_volume110350 ų
包络体积 envelope_volume138690 ų
水化壳体积 shell_volume38304 ų
包络直径 envelope_diameter110.7
壳层 Rg shell_rg37.14
包络 Rg envelope_rg30.48
形状 Rg shape_rg30.62
总 Rg total_rg31.40
总原子数 total_atoms6128
残基数 n_residues772
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax107.9
Rg (实空间) rg_real31.31
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.14
I(0) (实空间) i0_real1.1910e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9060e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.31
I(0) (倒空间) i0_reciprocal119100000.0000
解质量估计 total_estimate0.7915
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary31.7
偏度 Skewness skewness0.357
峰度 Kurtosis kurtosis-0.387
角度范围 angular_range— – 0.2550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha29460000.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.789; Stabil: 0.993; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.937; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd4lz8a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4lz8b_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4lz8c_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id4lz8A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id4lz8A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id4lz8B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id4lz8B02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id4lz8C01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id4lz8C02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)