4o3a

Crystal structure of the glua2 ligand-binding domain in complex with L-aspartate at 1.80 a resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 93.1 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor 2

Rattus norvegicus

UniProt P19491

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 413–527 链 A; UniProt 653–796 片段:Ligand binding domain (unp residues 413-527 and unp residues 653-736) GOL GLYCEROL × 12 ASP ASPARTIC ACID × 2 ZN ZINC ION × 6 ACT ACETATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;279 K;24.4 % PEG 4000, 0.1 M zinc acetate and 0.1 M sodium acetate., pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K 分辨率 1.80 Å R-free 0.188
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 413–527 链 B; UniProt 653–796 片段:Ligand binding domain (unp residues 413-527 and unp residues 653-736) GOL GLYCEROL × 4 ASP ASPARTIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;279 K;24.4 % PEG 4000, 0.1 M zinc acetate and 0.1 M sodium acetate., pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K 分辨率 1.80 Å R-free 0.188
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 413–527 链 C; UniProt 653–796 片段:Ligand binding domain (unp residues 413-527 and unp residues 653-736) GOL GLYCEROL × 2 ASP ASPARTIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 4 ACT ACETATE ION × 6 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;279 K;24.4 % PEG 4000, 0.1 M zinc acetate and 0.1 M sodium acetate., pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K 分辨率 1.80 Å R-free 0.188

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 333 个其他 PDB 条目、480 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRIA2_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–117; UniProt 413–527 作者链 A; PDB构建体 120–263; UniProt 653–796 作者链 B; PDB构建体 3–117; UniProt 413–527 作者链 B; PDB构建体 120–263; UniProt 653–796 作者链 C; PDB构建体 3–117; UniProt 413–527 作者链 C; PDB构建体 120–263; UniProt 653–796

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4o3a

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4o3a
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4o3a
沉积日期 deposition_date2013-12-18
结构标题 titleCrystal structure of the glua2 ligand-binding domain in complex with L-aspartate at 1.80 a resolution
关键词 keywordsAMPA RECEPTOR LIGAND-BINDING DOMAIN, MEMBRANE PROTEIN-AGONIST complex; MEMBRANE PROTEIN/AGONIST
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.04
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.21
零角强度 I(0) i0129750000.00
分子量 molecular_weight90435.0 kDa
排除体积 excluded_volume113430 ų
包络体积 envelope_volume146810 ų
水化壳体积 shell_volume40110 ų
包络直径 envelope_diameter99.2
壳层 Rg shell_rg37.68
包络 Rg envelope_rg29.70
形状 Rg shape_rg30.20
总 Rg total_rg30.95
总原子数 total_atoms6297
残基数 n_residues786
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax93.1
Rg (实空间) rg_real30.87
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.47
I(0) (实空间) i0_real1.2970e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7130e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.95
I(0) (倒空间) i0_reciprocal129800000.0000
解质量估计 total_estimate0.9080
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary91.3
偏度 Skewness skewness0.110
峰度 Kurtosis kurtosis-0.589
角度范围 angular_range— – 0.2550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha27170000.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.973; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.883

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd4o3aa1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.1 — Phosphate binding protein-like
结构域编号 domain_idd4o3aa2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4o3ab1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.1 — Phosphate binding protein-like
结构域编号 domain_idd4o3ab2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4o3ac1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.1 — Phosphate binding protein-like
结构域编号 domain_idd4o3ac2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id4o3aA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id4o3aA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id4o3aB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id4o3aB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id4o3aC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id4o3aC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)