4u1w

Full length GluA2-kainate-(R,R)-2b complex crystal form A

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 182.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor 2

Rattus norvegicus

UniProt P19491

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–847 链 B; UniProt 25–847 链 C; UniProt 25–847 链 D; UniProt 25–847 未记录 KAI 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 FWF N,N'-[biphenyl-4,4'-diyldi(2R)propane-2,1-diyl]dipropane-2-sulfonamide × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;0.1 M MES, pH 6.5, 6%PEG6K, 3% TMAO, 0.006M Taurine 分辨率 3.25 Å R-free 0.316

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 333 个其他 PDB 条目、482 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRIA2_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–819; UniProt 25–847 作者链 B; PDB构建体 1–819; UniProt 25–847 作者链 C; PDB构建体 1–819; UniProt 25–847 作者链 D; PDB构建体 1–819; UniProt 25–847

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4u1w

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4u1w
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4u1w
沉积日期 deposition_date2014-07-16
结构标题 titleFull length GluA2-kainate-(R,R)-2b complex crystal form A
关键词 keywordsAMPA receptor, Transport protein, Membrane protein; Transport protein, Membrane protein
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier53.32
回转半径 Rg (电子) rg_electron53.63
零角强度 I(0) i01430560000.00
分子量 molecular_weight326410.0 kDa
排除体积 excluded_volume412520 ų
包络体积 envelope_volume607950 ų
水化壳体积 shell_volume95629 ų
包络直径 envelope_diameter183.2
壳层 Rg shell_rg56.32
包络 Rg envelope_rg52.35
形状 Rg shape_rg53.65
总 Rg total_rg53.64
总原子数 total_atoms23011
残基数 n_residues2968
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax182.8
Rg (实空间) rg_real53.28
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.63
I(0) (实空间) i0_real1.4310e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.9290e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal53.34
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1431000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8768
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary67.0
偏度 Skewness skewness0.285
峰度 Kurtosis kurtosis-0.373
角度范围 angular_range— – 0.1500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0003
最高正则化参数 α highest_alpha130400000.0000
实空间数据点数 n_real_points31
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.857; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.827

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id4u1wA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
结构域编号 domain_id4u1wA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
结构域编号 domain_id4u1wA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id4u1wA04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id4u1wB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
结构域编号 domain_id4u1wB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
结构域编号 domain_id4u1wB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id4u1wB04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id4u1wC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
结构域编号 domain_id4u1wC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
结构域编号 domain_id4u1wC03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id4u1wC04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id4u1wD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
结构域编号 domain_id4u1wD02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
结构域编号 domain_id4u1wD03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id4u1wD04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)