5cbs

Crystal structure of the GluA2 ligand-binding domain (S1S2J) in complex with the antagonist (R)-2-amino-3-(3'-hydroxybiphenyl-3-yl)propanoic acid at 1.8A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 112.9 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor 2,Glutamate receptor 2

Rattus norvegicus

UniProt P19491

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 413–527 链 A; UniProt 653–797 链 C; UniProt 413–527 链 C; UniProt 653–797 片段:UNP residues 413-527,UNP residues 653-797 E42 (R)-2-amino-3-(3'-hydroxybiphenyl-3-yl)propanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 GOL GLYCEROL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.5;280 K;PEG2000, lithium sulfate and phosphate-citrate buffer pH 4.5 分辨率 1.80 Å R-free 0.219
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 413–527 链 B; UniProt 653–797 链 D; UniProt 413–527 链 D; UniProt 653–797 片段:UNP residues 413-527,UNP residues 653-797 E42 (R)-2-amino-3-(3'-hydroxybiphenyl-3-yl)propanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.5;280 K;PEG2000, lithium sulfate and phosphate-citrate buffer pH 4.5 分辨率 1.80 Å R-free 0.219

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 333 个其他 PDB 条目、481 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRIA2_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–117; UniProt 413–527 作者链 A; PDB构建体 120–264; UniProt 653–797 作者链 B; PDB构建体 3–117; UniProt 413–527 作者链 B; PDB构建体 120–264; UniProt 653–797 作者链 C; PDB构建体 3–117; UniProt 413–527 作者链 C; PDB构建体 120–264; UniProt 653–797 作者链 D; PDB构建体 3–117; UniProt 413–527 作者链 D; PDB构建体 120–264; UniProt 653–797

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5cbs

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5cbs
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5cbs
沉积日期 deposition_date2015-07-01
结构标题 titleCrystal structure of the GluA2 ligand-binding domain (S1S2J) in complex with the antagonist (R)-2-amino-3-(3'-hydroxybiphenyl-3-yl)propanoic acid at 1.8A resolution
关键词 keywordsAMPA receptor ligand-binding domain, GluA2-S1S2J, antagonist, membrane protein, signaling protein; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.00
回转半径 Rg (电子) rg_electron34.34
零角强度 I(0) i0214594000.00
分子量 molecular_weight119030.0 kDa
排除体积 excluded_volume149560 ų
包络体积 envelope_volume193740 ų
水化壳体积 shell_volume47099 ų
包络直径 envelope_diameter117.2
壳层 Rg shell_rg41.04
包络 Rg envelope_rg34.03
形状 Rg shape_rg34.30
总 Rg total_rg34.92
总原子数 total_atoms8323
残基数 n_residues1042
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax112.9
Rg (实空间) rg_real35.00
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.70
I(0) (实空间) i0_real2.1460e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.1410e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.00
I(0) (倒空间) i0_reciprocal214600000.0000
解质量估计 total_estimate0.7062
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary40.1
偏度 Skewness skewness0.331
峰度 Kurtosis kurtosis-0.478
角度范围 angular_range— – 0.2250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha33860000.0000
实空间数据点数 n_real_points46
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.903; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.186; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.910

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd5cbsa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.1 — Phosphate binding protein-like
结构域编号 domain_idd5cbsb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.1 — Phosphate binding protein-like
结构域编号 domain_idd5cbsc1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.1 — Phosphate binding protein-like
结构域编号 domain_idd5cbsc2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd5cbsd1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.1 — Phosphate binding protein-like
结构域编号 domain_idd5cbsd2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id5cbsA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id5cbsA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id5cbsB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id5cbsB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id5cbsC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id5cbsC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id5cbsD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id5cbsD02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)