5fhm

Crystal structure of the GluA2 ligand-binding domain (S1S2J) in complex with (S)-2-Amino-3-(5-(2-(3-(aminomethyl)benzyl)-2H-tetrazol-5-yl)-3-hydroxyisoxazol-4-yl)propanoic acid at resolution 1.55 A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 80.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor 2,Glutamate receptor 2

Rattus norvegicus

UniProt P19491

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 413–527 链 A; UniProt 653–797 链 B; UniProt 413–527 链 B; UniProt 653–797 未记录 SO4 SULFATE ION × 6 5XP (2~{S})-3-[5-[2-[[3-(aminomethyl)phenyl]methyl]-1,2,3,4-tetrazol-5-yl]-3-oxidanyl-1,2-oxazol-4-yl]-2-azanyl-propanoic acid × 1 GOL GLYCEROL × 2 ACT ACETATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 LI LITHIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;280 K;PEG4000 lithium sulfate sodium acetate buffer pH 5.5 分辨率 1.55 Å R-free 0.159

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 333 个其他 PDB 条目、482 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRIA2_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–117; UniProt 413–527 作者链 A; PDB构建体 120–264; UniProt 653–797 作者链 B; PDB构建体 3–117; UniProt 413–527 作者链 B; PDB构建体 120–264; UniProt 653–797

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5fhm

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5fhm
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5fhm
沉积日期 deposition_date2015-12-22
结构标题 titleCrystal structure of the GluA2 ligand-binding domain (S1S2J) in complex with (S)-2-Amino-3-(5-(2-(3-(aminomethyl)benzyl)-2H-tetrazol-5-yl)-3-hydroxyisoxazol-4-yl)propanoic acid at resolution 1.55 A resolution
关键词 keywordsIonotropic glutamate receptor GluA2, ligand-binding domain, membrane protein; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.08
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.94
零角强度 I(0) i057809400.00
分子量 molecular_weight59428.0 kDa
排除体积 excluded_volume74589 ų
包络体积 envelope_volume89537 ų
水化壳体积 shell_volume30325 ų
包络直径 envelope_diameter83.7
壳层 Rg shell_rg31.93
包络 Rg envelope_rg24.03
形状 Rg shape_rg23.90
总 Rg total_rg24.97
总原子数 total_atoms8341
残基数 n_residues517
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax80.9
Rg (实空间) rg_real24.94
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.48
I(0) (实空间) i0_real5.7810e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.9330e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.98
I(0) (倒空间) i0_reciprocal57810000.0000
解质量估计 total_estimate0.8941
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary32.1
偏度 Skewness skewness0.123
峰度 Kurtosis kurtosis-0.511
角度范围 angular_range— – 0.3150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha14590000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.880; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.981

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd5fhma_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.1 — Phosphate binding protein-like
结构域编号 domain_idd5fhmb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.1 — Phosphate binding protein-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5fhmA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id5fhmA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id5fhmB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id5fhmB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)