5l1h

AMPA subtype ionotropic glutamate receptor GluA2 in complex with noncompetitive inhibitor GYKI53655

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 194.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor 2

Rattus norvegicus

UniProt P19491

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–565 链 A; UniProt 588–847 链 B; UniProt 25–565 链 B; UniProt 588–847 链 C; UniProt 25–565 链 C; UniProt 588–847 链 D; UniProt 25–565 链 D; UniProt 588–847 片段:UNP residues 25-847, with deletions of 397-398, 402-405, 566-587 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 GYK (8R)-5-(4-aminophenyl)-N,8-dimethyl-8,9-dihydro-2H,7H-[1,3]dioxolo[4,5-h][2,3]benzodiazepine-7-carboxamide × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;11-14% (w/v) PEG 6,000, 0.1 M ammonium phosphate and 0.1 M TRIS (pH 7.9-8.0) 分辨率 3.80 Å R-free 0.292

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 333 个其他 PDB 条目、482 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRIA2_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–535; UniProt 25–565 作者链 A; PDB构建体 539–798; UniProt 588–847 作者链 B; PDB构建体 1–535; UniProt 25–565 作者链 B; PDB构建体 539–798; UniProt 588–847 作者链 C; PDB构建体 1–535; UniProt 25–565 作者链 C; PDB构建体 539–798; UniProt 588–847 作者链 D; PDB构建体 1–535; UniProt 25–565 作者链 D; PDB构建体 539–798; UniProt 588–847

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5l1h

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5l1h
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5l1h
沉积日期 deposition_date2016-07-29
结构标题 titleAMPA subtype ionotropic glutamate receptor GluA2 in complex with noncompetitive inhibitor GYKI53655
关键词 keywordsTransporter, MEMBRANE PROTEIN, TRANSPORT PROTEIN, TRANSPORT PROTEIN-INHIBITOR complex; TRANSPORT PROTEIN/INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier57.09
回转半径 Rg (电子) rg_electron57.33
零角强度 I(0) i01567810000.00
分子量 molecular_weight341390.0 kDa
排除体积 excluded_volume431000 ų
包络体积 envelope_volume645610 ų
水化壳体积 shell_volume96173 ų
包络直径 envelope_diameter192.9
壳层 Rg shell_rg58.07
包络 Rg envelope_rg55.73
形状 Rg shape_rg57.36
总 Rg total_rg57.25
总原子数 total_atoms24066
残基数 n_residues3095
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax194.0
Rg (实空间) rg_real57.13
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.81
I(0) (实空间) i0_real1.5680e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.9350e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal57.04
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1568000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8617
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary69.3
偏度 Skewness skewness0.310
峰度 Kurtosis kurtosis-0.382
角度范围 angular_range— – 0.1400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha123900000.0000
实空间数据点数 n_real_points29
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.876; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.572

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id5l1hA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
结构域编号 domain_id5l1hA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id5l1hB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id5l1hC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id5l1hD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)