5o33

A structure of the GEF Kalirin DH1 domain in complex with the small GTPase Rac1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 74.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1

Homo sapiens

UniProt P63000

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–177 未记录 Kalirin × 1 (P97924) EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.2;293 K;0.1M citrate pH4.2, 0.2M sodium chloride, 18% (W/V) PEG 8000 分辨率 1.64 Å R-free 0.240

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 74 个其他 PDB 条目、102 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAC1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–177; UniProt 1–177

Kalirin

Rattus norvegicus

UniProt P97924

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1253–1432 片段:UNP residues 1253-1432 Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 × 1 (P63000) EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.2;293 K;0.1M citrate pH4.2, 0.2M sodium chloride, 18% (W/V) PEG 8000 分辨率 1.64 Å R-free 0.240

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KALRN_RAT
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–180; UniProt 1253–1432

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5o33

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5o33
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5o33
沉积日期 deposition_date2017-05-23
结构标题 titleA structure of the GEF Kalirin DH1 domain in complex with the small GTPase Rac1
关键词 keywordsComplex. GEF. Small GTPase, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.03
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.04
零角强度 I(0) i027155700.00
分子量 molecular_weight40423.0 kDa
排除体积 excluded_volume50821 ų
包络体积 envelope_volume59783 ų
水化壳体积 shell_volume23528 ų
包络直径 envelope_diameter76.0
壳层 Rg shell_rg27.86
包络 Rg envelope_rg21.28
形状 Rg shape_rg21.04
总 Rg total_rg21.91
总原子数 total_atoms2863
残基数 n_residues356
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax74.3
Rg (实空间) rg_real21.91
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.42
I(0) (实空间) i0_real2.7160e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.4350e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.94
I(0) (倒空间) i0_reciprocal27160000.0000
解质量估计 total_estimate0.8016
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.6
偏度 Skewness skewness0.207
峰度 Kurtosis kurtosis-0.366
角度范围 angular_range— – 0.3600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6654000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.807; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd5o33a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5o33A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id5o33B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology900 — Dbl Homology Domain; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Dbl homology (DH) domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)