5qqe

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Kalirin/Rac1 in complex with MolPort-009-531-494

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 72.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1

Homo sapiens

UniProt P63000

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–177 未记录 Kalirin × 1 (O60229) EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 N5S N-(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)-N'-[(3S)-4,4,4-trifluoro-3-hydroxy-3-(5-methylfuran-2-yl)butyl]urea × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.5;293.15 K;0.1M bis-tris pH 5.5 24% PEG 3350 分辨率 1.95 Å R-free 0.284

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 74 个其他 PDB 条目、102 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAC1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–178; UniProt 1–177

Kalirin

Homo sapiens

UniProt O60229

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1280–1459 突变:None Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 × 1 (P63000) EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 N5S N-(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)-N'-[(3S)-4,4,4-trifluoro-3-hydroxy-3-(5-methylfuran-2-yl)butyl]urea × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.5;293.15 K;0.1M bis-tris pH 5.5 24% PEG 3350 分辨率 1.95 Å R-free 0.284

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KALRN_HUMAN
Isoform O60229-2
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 3–182; UniProt 1280–1459

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5qqe

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5qqe
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5qqe
沉积日期 deposition_date2019-05-03
结构标题 titlePanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Kalirin/Rac1 in complex with MolPort-009-531-494
关键词 keywordsSGC - Diamond I04-1 fragment screening, XChemExplorer, Hydrolase-Transferase complex; Hydrolase/Transferase
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.80
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.77
零角强度 I(0) i025623700.00
分子量 molecular_weight39798.0 kDa
排除体积 excluded_volume50183 ų
包络体积 envelope_volume57866 ų
水化壳体积 shell_volume23044 ų
包络直径 envelope_diameter73.2
壳层 Rg shell_rg27.56
包络 Rg envelope_rg21.02
形状 Rg shape_rg20.78
总 Rg total_rg21.63
总原子数 total_atoms2801
残基数 n_residues356
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax72.8
Rg (实空间) rg_real21.68
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.38
I(0) (实空间) i0_real2.5620e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.0820e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.71
I(0) (倒空间) i0_reciprocal25620000.0000
解质量估计 total_estimate0.8829
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.2
偏度 Skewness skewness0.190
峰度 Kurtosis kurtosis-0.391
角度范围 angular_range— – 0.3650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6621000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.828; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.992

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd5qqea_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5qqeA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id5qqeB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology900 — Dbl Homology Domain; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Dbl homology (DH) domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)