5wen

GluA2 bound to GSG1L in digitonin, state 2

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 196.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor 2,Germ cell-specific gene 1-like protein

Mus musculus

UniProt D3Z7H4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–238 链 B; UniProt 2–238 链 C; UniProt 2–238 链 D; UniProt 2–238 片段:UNP residues 25-847 and UNP residues 2-238 linked via LINKER GTG,UNP residues 25-847 and UNP residues 2-238 linked via LINKER GTG 突变:N241E, V382L, G384E, N385D, N392Q, V1151L,N241E, V382L, G384E, N385D, N392Q, V1151L AJP Digitonin × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 6.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GSG1L_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 821–1057; UniProt 2–238 作者链 B; PDB构建体 821–1057; UniProt 2–238 作者链 C; PDB构建体 821–1057; UniProt 2–238 作者链 D; PDB构建体 821–1057; UniProt 2–238

Glutamate receptor 2,Germ cell-specific gene 1-like protein

Mus musculus

UniProt P19491

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–847 链 B; UniProt 25–847 链 C; UniProt 25–847 链 D; UniProt 25–847 片段:UNP residues 25-847 and UNP residues 2-238 linked via LINKER GTG,UNP residues 25-847 and UNP residues 2-238 linked via LINKER GTG 突变:N241E, V382L, G384E, N385D, N392Q, V1151L,N241E, V382L, G384E, N385D, N392Q, V1151L AJP Digitonin × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 6.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 333 个其他 PDB 条目、482 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRIA2_RAT
Isoform P19491-2
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–817; UniProt 25–847 作者链 B; PDB构建体 1–817; UniProt 25–847 作者链 C; PDB构建体 1–817; UniProt 25–847 作者链 D; PDB构建体 1–817; UniProt 25–847

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5wen

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5wen
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5wen
沉积日期 deposition_date2017-07-10
结构标题 titleGluA2 bound to GSG1L in digitonin, state 2
关键词 keywordsIon channel, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier57.77
回转半径 Rg (电子) rg_electron57.89
零角强度 I(0) i02030320000.00
分子量 molecular_weight390920.0 kDa
排除体积 excluded_volume494530 ų
包络体积 envelope_volume734090 ų
水化壳体积 shell_volume108480 ų
包络直径 envelope_diameter197.2
壳层 Rg shell_rg58.02
包络 Rg envelope_rg56.38
形状 Rg shape_rg57.91
总 Rg total_rg57.84
总原子数 total_atoms27530
残基数 n_residues3484
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax196.7
Rg (实空间) rg_real57.80
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.89
I(0) (实空间) i0_real2.0300e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.0000e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal57.73
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2030000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8627
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary72.8
偏度 Skewness skewness0.340
峰度 Kurtosis kurtosis-0.352
角度范围 angular_range— – 0.1350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha164500000.0000
实空间数据点数 n_real_points28
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.857; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.642

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)