6bc1

A Complex between PH Domain of p190RhoGEF and Activated Rac1 Bound to a GTP Analog

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 121.2 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1

Homo sapiens

UniProt P63000

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–177 未记录 Rho guanine nucleotide exchange factor 28 × 1 (Q8N1W1) GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;22% PEG 3350, 100mM NaHEPES 分辨率 2.90 Å R-free 0.323
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–177 未记录 Rho guanine nucleotide exchange factor 28 × 1 (Q8N1W1) GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;22% PEG 3350, 100mM NaHEPES 分辨率 2.90 Å R-free 0.323

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 74 个其他 PDB 条目、101 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAC1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–177; UniProt 2–177 作者链 B; PDB构建体 2–177; UniProt 2–177

Rho guanine nucleotide exchange factor 28

Homo sapiens

UniProt Q8N1W1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1049–1194 未记录 Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 × 1 (P63000) GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;22% PEG 3350, 100mM NaHEPES 分辨率 2.90 Å R-free 0.323
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1049–1194 未记录 Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 × 1 (P63000) GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;22% PEG 3350, 100mM NaHEPES 分辨率 2.90 Å R-free 0.323

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARG28_HUMAN
Isoform Q8N1W1-3
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 5–150; UniProt 1049–1194 作者链 D; PDB构建体 5–150; UniProt 1049–1194

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6bc1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6bc1
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6bc1
沉积日期 deposition_date2017-10-20
结构标题 titleA Complex between PH Domain of p190RhoGEF and Activated Rac1 Bound to a GTP Analog
关键词 keywordsRho GTPase Guanine Nucleotide Exchange Factors RhoGEF Pleckstrin Homology PH domain, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.89
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.73
零角强度 I(0) i083014600.00
分子量 molecular_weight73389.0 kDa
排除体积 excluded_volume92469 ų
包络体积 envelope_volume122120 ų
水化壳体积 shell_volume32768 ų
包络直径 envelope_diameter126.3
壳层 Rg shell_rg37.14
包络 Rg envelope_rg32.70
形状 Rg shape_rg32.69
总 Rg total_rg33.24
总原子数 total_atoms10356
残基数 n_residues636
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax121.2
Rg (实空间) rg_real33.15
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.44
I(0) (实空间) i0_real8.3010e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5080e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.05
I(0) (倒空间) i0_reciprocal83010000.0000
解质量估计 total_estimate0.5187
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.8
偏度 Skewness skewness0.476
峰度 Kurtosis kurtosis-0.251
角度范围 angular_range— – 0.2400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha47590000.0000
实空间数据点数 n_real_points49
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.654; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.049; Positv: 1.000; Valcen: 0.631; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd6bc1a1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins
结构域编号 domain_idd6bc1a2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd6bc1b1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins
结构域编号 domain_idd6bc1b2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id6bc1A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id6bc1B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id6bc1C00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
结构域编号 domain_id6bc1D00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)