6pqk

Cryogenic crystal structure of barnase A43C/S80C bound to barstar C40A/S59C/A67C/C82A

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 81.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonuclease

Bacillus amyloliquefaciens

UniProt P00648

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 48–157 突变:A43C, S80C Barstar × 1 (P11540) PO4 PHOSPHATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;298 K;50mM NaPO4 pH 6.5, 25% PEG 8K, 0.1M AmSO4 4uL protein at 10-15 mg/mL in H2O + 4uL motherliquor per hanging drop, over 1 mL motherliquor in well. cryoprotectant used before freezing was: 12.5% glycerol + 12.5% ethylene glycol 分辨率 1.20 Å R-free 0.160
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 48–157 突变:A43C, S80C Barstar × 1 (P11540) PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;298 K;50mM NaPO4 pH 6.5, 25% PEG 8K, 0.1M AmSO4 4uL protein at 10-15 mg/mL in H2O + 4uL motherliquor per hanging drop, over 1 mL motherliquor in well. cryoprotectant used before freezing was: 12.5% glycerol + 12.5% ethylene glycol 分辨率 1.20 Å R-free 0.160

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 51 个其他 PDB 条目、136 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RNBR_BACAM
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 19–128; UniProt 48–157 作者链 C; PDB构建体 19–128; UniProt 48–157

Barstar

Bacillus amyloliquefaciens

UniProt P11540

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–90 突变:C40A, S59C, A67C, C82A Ribonuclease × 1 (P00648) PO4 PHOSPHATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;298 K;50mM NaPO4 pH 6.5, 25% PEG 8K, 0.1M AmSO4 4uL protein at 10-15 mg/mL in H2O + 4uL motherliquor per hanging drop, over 1 mL motherliquor in well. cryoprotectant used before freezing was: 12.5% glycerol + 12.5% ethylene glycol 分辨率 1.20 Å R-free 0.160
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–90 突变:C40A, S59C, A67C, C82A Ribonuclease × 1 (P00648) PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;298 K;50mM NaPO4 pH 6.5, 25% PEG 8K, 0.1M AmSO4 4uL protein at 10-15 mg/mL in H2O + 4uL motherliquor per hanging drop, over 1 mL motherliquor in well. cryoprotectant used before freezing was: 12.5% glycerol + 12.5% ethylene glycol 分辨率 1.20 Å R-free 0.160

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 20 个其他 PDB 条目、49 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BARS_BACAM
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–90; UniProt 1–90 作者链 D; PDB构建体 1–90; UniProt 1–90

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6pqk

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6pqk
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6pqk
沉积日期 deposition_date2019-07-09
结构标题 titleCryogenic crystal structure of barnase A43C/S80C bound to barstar C40A/S59C/A67C/C82A
关键词 keywordsdisulfide, Toxin-Antitoxin, complex, nuclease, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.36
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.76
零角强度 I(0) i035707300.00
分子量 molecular_weight45477.0 kDa
排除体积 excluded_volume56642 ų
包络体积 envelope_volume67749 ų
水化壳体积 shell_volume23631 ų
包络直径 envelope_diameter84.0
壳层 Rg shell_rg30.95
包络 Rg envelope_rg24.85
形状 Rg shape_rg24.75
总 Rg total_rg25.52
总原子数 total_atoms3203
残基数 n_residues394
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax81.8
Rg (实空间) rg_real25.42
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.54
I(0) (实空间) i0_real3.5710e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.7550e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.40
I(0) (倒空间) i0_reciprocal35710000.0000
解质量估计 total_estimate0.8913
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.0
偏度 Skewness skewness0.385
峰度 Kurtosis kurtosis-0.397
角度范围 angular_range— – 0.3150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9384000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.913; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.930; Smooth: 0.915

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd6pqka_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.1 — Microbial ribonucleases
超家族 Superfamily superfamilyd.1.1 — Microbial ribonucleases
家族 Family familyd.1.1.2 — Bacterial ribonucleases
结构域编号 domain_idd6pqkb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.9 — Barstar-like
超家族 Superfamily superfamilyc.9.1 — Barstar-related
家族 Family familyc.9.1.1 — Barstar-related
结构域编号 domain_idd6pqkc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.1 — Microbial ribonucleases
超家族 Superfamily superfamilyd.1.1 — Microbial ribonucleases
家族 Family familyd.1.1.2 — Bacterial ribonucleases
结构域编号 domain_idd6pqkd_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.9 — Barstar-like
超家族 Superfamily superfamilyc.9.1 — Barstar-related
家族 Family familyc.9.1.1 — Barstar-related

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id6pqkA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Microbial ribonucleases
结构域编号 domain_id6pqkB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology370 — Barnase; Chain D
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Barstar-like
结构域编号 domain_id6pqkC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Microbial ribonucleases
结构域编号 domain_id6pqkD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology370 — Barnase; Chain D
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Barstar-like

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)