6ps4

XFEL beta2 AR structure by ligand exchange from Timolol to ICI-118551.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 97.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fusion protein of Beta-2 adrenergic receptor and T4 Lysozyme

Homo sapiens

UniProt D9IEF7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–161 未记录 JRZ (2S,3S)-1-[(7-methyl-2,3-dihydro-1H-inden-4-yl)oxy]-3-[(1-methylethyl)amino]butan-2-ol × 1 SO4 SULFATE ION × 3 CLR CHOLESTEROL × 1 OLA OLEIC ACID × 4 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 10 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;293 K;0.1 M HEPES pH 7.0, 0.1 M Ammonium Sulfate, 30% PEG 400, 2 mM of target ligand ICI-118551 分辨率 2.60 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 131 个其他 PDB 条目、146 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 D9IEF7_BPT4
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 255–414; UniProt 2–161

Fusion protein of Beta-2 adrenergic receptor and T4 Lysozyme

Homo sapiens

UniProt P07550

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–230 链 A; UniProt 263–348 未记录 JRZ (2S,3S)-1-[(7-methyl-2,3-dihydro-1H-inden-4-yl)oxy]-3-[(1-methylethyl)amino]butan-2-ol × 1 SO4 SULFATE ION × 3 CLR CHOLESTEROL × 1 OLA OLEIC ACID × 4 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 10 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;293 K;0.1 M HEPES pH 7.0, 0.1 M Ammonium Sulfate, 30% PEG 400, 2 mM of target ligand ICI-118551 分辨率 2.60 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 143 个其他 PDB 条目、145 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ADRB2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 25–254; UniProt 1–230 作者链 A; PDB构建体 415–500; UniProt 263–348

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6ps4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6ps4
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6ps4
沉积日期 deposition_date2019-07-12
结构标题 titleXFEL beta2 AR structure by ligand exchange from Timolol to ICI-118551.
关键词 keywordsGPCR, COMPLEX-LCP method, SBDD, drug design, XFEL, LCP-SFX, Ligand Exchange, Timolol, ICI-118551. b2AR, beta2AR, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.53
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.50
零角强度 I(0) i038951500.00
分子量 molecular_weight53836.0 kDa
排除体积 excluded_volume69619 ų
包络体积 envelope_volume85050 ų
水化壳体积 shell_volume26459 ų
包络直径 envelope_diameter97.2
壳层 Rg shell_rg34.03
包络 Rg envelope_rg28.62
形状 Rg shape_rg28.50
总 Rg total_rg29.15
总原子数 total_atoms3787
残基数 n_residues442
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax97.5
Rg (实空间) rg_real29.76
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.84
I(0) (实空间) i0_real3.8950e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.9320e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.66
I(0) (倒空间) i0_reciprocal38950000.0000
解质量估计 total_estimate0.8583
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary25.3
偏度 Skewness skewness0.457
峰度 Kurtosis kurtosis-0.552
角度范围 angular_range— – 0.2700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7487000.0000
实空间数据点数 n_real_points55
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.822; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.776; Smooth: 0.912

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)