6qkc

GluA1/2 In complex with auxiliary subunit gamma-8

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 132.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor 1

Rattus norvegicus

UniProt P19490

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–907 链 C; UniProt 1–907 未记录 Glutamate receptor 2 × 2 (P19491) Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit × 2 (Q8VHW5) E2Q 6-nitro-2,3-bis(oxidanylidene)-1,4-dihydrobenzo[f]quinoxaline-7-sulfonamide × 4 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 12 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8;25 mM TRIS, pH 8, 150 mM NaCl and 0.1 % digitonin (w/v) cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;3uL on grid, 60 sec incubation and 4sec blotting time 分辨率 4.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 32 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRIA1_RAT
Isoform P19490-2
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–915; UniProt 1–907 作者链 C; PDB构建体 1–915; UniProt 1–907

Glutamate receptor 2

Rattus norvegicus

UniProt P19491

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–860 链 D; UniProt 1–860 未记录 Glutamate receptor 1 × 2 (P19490) Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit × 2 (Q8VHW5) E2Q 6-nitro-2,3-bis(oxidanylidene)-1,4-dihydrobenzo[f]quinoxaline-7-sulfonamide × 4 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 12 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8;25 mM TRIS, pH 8, 150 mM NaCl and 0.1 % digitonin (w/v) cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;3uL on grid, 60 sec incubation and 4sec blotting time 分辨率 4.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 333 个其他 PDB 条目、482 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRIA2_RAT
Isoform P19491-2
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–860; UniProt 1–860 作者链 D; PDB构建体 1–860; UniProt 1–860

Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit

Rattus norvegicus

UniProt Q8VHW5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 2–417 链 J; UniProt 2–417 未记录 Glutamate receptor 1 × 2 (P19490) Glutamate receptor 2 × 2 (P19491) E2Q 6-nitro-2,3-bis(oxidanylidene)-1,4-dihydrobenzo[f]quinoxaline-7-sulfonamide × 4 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 12 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8;25 mM TRIS, pH 8, 150 mM NaCl and 0.1 % digitonin (w/v) cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;3uL on grid, 60 sec incubation and 4sec blotting time 分辨率 4.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CCG8_RAT
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 2–417; UniProt 2–417 作者链 J; PDB构建体 2–417; UniProt 2–417

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6qkc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6qkc
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6qkc
沉积日期 deposition_date2019-01-28
结构标题 titleGluA1/2 In complex with auxiliary subunit gamma-8
关键词 keywordsAMPAR, ion channel, GluA1, GluA2, tarp, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier44.58
回转半径 Rg (电子) rg_electron44.02
零角强度 I(0) i0488188000.00
分子量 molecular_weight195060.0 kDa
排除体积 excluded_volume249370 ų
包络体积 envelope_volume380260 ų
水化壳体积 shell_volume71648 ų
包络直径 envelope_diameter140.0
壳层 Rg shell_rg49.34
包络 Rg envelope_rg42.79
形状 Rg shape_rg44.04
总 Rg total_rg44.21
总原子数 total_atoms13794
残基数 n_residues1902
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax132.1
Rg (实空间) rg_real44.38
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.84
I(0) (实空间) i0_real4.8820e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.3100e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal44.58
I(0) (倒空间) i0_reciprocal488300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8714
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary60.4
偏度 Skewness skewness0.091
峰度 Kurtosis kurtosis-0.640
角度范围 angular_range— – 0.1750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha92660000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.983; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.386

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)