6rlb

Structure of the dynein-2 complex; tail domain

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 211.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

O6-alkylguanine-DNA alkyltransferase mutant,DYNC2H1 variant protein

Homo sapiens

UniProt B0I1S0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–4307 链 B; UniProt 2–4307 未记录 WD repeat-containing protein 60 × 1 (Q8WVS4) WD repeat-containing protein 34 × 1 (Q96EX3) Cytoplasmic dynein 2 light intermediate chain 1 × 2 (Q8TCX1) Dynein light chain roadblock-type 1 × 2 (Q9NP97) Dynein light chain 1, cytoplasmic × 6 (P63167) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B0I1S0_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 208–4513; UniProt 2–4307 作者链 B; PDB构建体 208–4513; UniProt 2–4307

O6-alkylguanine-DNA alkyltransferase mutant,DYNC2H1 variant protein

Homo sapiens

UniProt E5BBQ0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 5–181 链 B; UniProt 5–181 未记录 WD repeat-containing protein 60 × 1 (Q8WVS4) WD repeat-containing protein 34 × 1 (Q96EX3) Cytoplasmic dynein 2 light intermediate chain 1 × 2 (Q8TCX1) Dynein light chain roadblock-type 1 × 2 (Q9NP97) Dynein light chain 1, cytoplasmic × 6 (P63167) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 E5BBQ0_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–178; UniProt 5–181 作者链 B; PDB构建体 2–178; UniProt 5–181

WD repeat-containing protein 60

Homo sapiens

UniProt Q8WVS4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–1066 未记录 O6-alkylguanine-DNA alkyltransferase mutant,DYNC2H1 variant protein × 2 (E5BBQ0,B0I1S0) WD repeat-containing protein 34 × 1 (Q96EX3) Cytoplasmic dynein 2 light intermediate chain 1 × 2 (Q8TCX1) Dynein light chain roadblock-type 1 × 2 (Q9NP97) Dynein light chain 1, cytoplasmic × 6 (P63167) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 WDR60_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–1066; UniProt 1–1066

WD repeat-containing protein 34

Homo sapiens

UniProt Q96EX3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–536 未记录 O6-alkylguanine-DNA alkyltransferase mutant,DYNC2H1 variant protein × 2 (E5BBQ0,B0I1S0) WD repeat-containing protein 60 × 1 (Q8WVS4) Cytoplasmic dynein 2 light intermediate chain 1 × 2 (Q8TCX1) Dynein light chain roadblock-type 1 × 2 (Q9NP97) Dynein light chain 1, cytoplasmic × 6 (P63167) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 WDR34_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–536; UniProt 1–536

Cytoplasmic dynein 2 light intermediate chain 1

Homo sapiens

UniProt Q8TCX1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–351 链 F; UniProt 1–351 未记录 O6-alkylguanine-DNA alkyltransferase mutant,DYNC2H1 variant protein × 2 (E5BBQ0,B0I1S0) WD repeat-containing protein 60 × 1 (Q8WVS4) WD repeat-containing protein 34 × 1 (Q96EX3) Dynein light chain roadblock-type 1 × 2 (Q9NP97) Dynein light chain 1, cytoplasmic × 6 (P63167) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DC2L1_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–351; UniProt 1–351 作者链 F; PDB构建体 1–351; UniProt 1–351

Dynein light chain roadblock-type 1

Homo sapiens

UniProt Q9NP97

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–96 链 H; UniProt 1–96 未记录 O6-alkylguanine-DNA alkyltransferase mutant,DYNC2H1 variant protein × 2 (E5BBQ0,B0I1S0) WD repeat-containing protein 60 × 1 (Q8WVS4) WD repeat-containing protein 34 × 1 (Q96EX3) Cytoplasmic dynein 2 light intermediate chain 1 × 2 (Q8TCX1) Dynein light chain 1, cytoplasmic × 6 (P63167) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 23 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DLRB1_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–96; UniProt 1–96 作者链 H; PDB构建体 1–96; UniProt 1–96

Dynein light chain 1, cytoplasmic

Homo sapiens

UniProt P63167

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 1–89 链 J; UniProt 1–89 链 K; UniProt 1–89 链 L; UniProt 1–89 链 M; UniProt 1–89 链 N; UniProt 1–89 未记录 O6-alkylguanine-DNA alkyltransferase mutant,DYNC2H1 variant protein × 2 (E5BBQ0,B0I1S0) WD repeat-containing protein 60 × 1 (Q8WVS4) WD repeat-containing protein 34 × 1 (Q96EX3) Cytoplasmic dynein 2 light intermediate chain 1 × 2 (Q8TCX1) Dynein light chain roadblock-type 1 × 2 (Q9NP97) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 20 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DYL1_HUMAN
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–89; UniProt 1–89 作者链 J; PDB构建体 1–89; UniProt 1–89 作者链 K; PDB构建体 1–89; UniProt 1–89 作者链 L; PDB构建体 1–89; UniProt 1–89 作者链 M; PDB构建体 1–89; UniProt 1–89 作者链 N; PDB构建体 1–89; UniProt 1–89

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6rlb

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6rlb
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6rlb
沉积日期 deposition_date2019-05-01
结构标题 titleStructure of the dynein-2 complex; tail domain
关键词 keywordsdynein, cilia, intraflagellar transport, complex, motor protein; MOTOR PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier67.52
回转半径 Rg (电子) rg_electron68.01
零角强度 I(0) i01741490000.00
分子量 molecular_weight285540.0 kDa
排除体积 excluded_volume328720 ų
包络体积 envelope_volume803070 ų
水化壳体积 shell_volume105320 ų
包络直径 envelope_diameter249.3
壳层 Rg shell_rg61.16
包络 Rg envelope_rg65.19
形状 Rg shape_rg68.01
总 Rg total_rg67.84
总原子数 total_atoms20407
残基数 n_residues4122
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax211.6
Rg (实空间) rg_real67.68
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.99
I(0) (实空间) i0_real1.7410e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.7640e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal66.69
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1738000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8345
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary73.6
偏度 Skewness skewness0.489
峰度 Kurtosis kurtosis-0.265
角度范围 angular_range— – 0.1150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0004
最高正则化参数 α highest_alpha152600000.0000
实空间数据点数 n_real_points24
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.934; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.045

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)