6sy3

Cationic Trypsin in Complex with a D-DiPhe-Pro-pyridine derivative

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 50.0 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cationic Trypsin

物种未注明

UniProt P00760

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–246 未记录 CA CALCIUM ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 LXW (2~{S})-1-[(2~{R})-2-azanyl-3,3-diphenyl-propanoyl]-~{N}-(pyridin-4-ylmethyl)pyrrolidine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;291 K;0.1 M (NH4)2SO4, 0.1 M imidazole, 0.1% (w/v) sodium azide, 25-27% (w/v) PEG8000 分辨率 0.95 Å R-free 0.134

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 608 个其他 PDB 条目、770 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRY1_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6sy3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6sy3
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6sy3
沉积日期 deposition_date2019-09-27
结构标题 titleCationic Trypsin in Complex with a D-DiPhe-Pro-pyridine derivative
关键词 keywordsHYDROLASE, PROTEASE, SERINE PROTEASE, DIGESTION, METAL ION BINDING; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.07
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.95
零角强度 I(0) i010538400.00
分子量 molecular_weight23580.0 kDa
排除体积 excluded_volume29223 ų
包络体积 envelope_volume31832 ų
水化壳体积 shell_volume16454 ų
包络直径 envelope_diameter50.2
壳层 Rg shell_rg22.24
包络 Rg envelope_rg16.15
形状 Rg shape_rg15.94
总 Rg total_rg16.95
总原子数 total_atoms3182
残基数 n_residues220
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax50.0
Rg (实空间) rg_real16.95
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.06
I(0) (实空间) i0_real1.0180e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.4930e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.97
I(0) (倒空间) i0_reciprocal10540000.0000
解质量估计 total_estimate0.7229
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary21.7
偏度 Skewness skewness0.123
峰度 Kurtosis kurtosis-0.471
角度范围 angular_range— – 0.4650 −1
当前正则化参数 α current_alpha11.5100
最高正则化参数 α highest_alpha2764000.0000
实空间数据点数 n_real_points77
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.964; Stabil: 0.917; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.787

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd6sy3a_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)