6zfu

Crystal structure of bovine cytochrome bc1 in complex with quinolone inhibitor RKA066

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 171.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial

物种未注明

UniProt P31800

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 36–479 未记录 Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial × 1 (P23004) Cytochrome b × 1 (P00157) Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial × 1 (P00125) Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 1 (P13272) Cytochrome b-c1 complex subunit 7 × 1 (P00129) Cytochrome b-c1 complex subunit 8 × 1 (P13271) Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial × 1 (P00126) Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 1 (P13272) Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 1 (P00130) PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 6PE 1,2-DIHEXANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE × 1 CDL CARDIOLIPIN × 4 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 2 JHE 3-methyl-1-oxidanyl-2-[4-[[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]methyl]phenyl]quinolin-4-one × 1 HEC HEME C × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 5 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.8;277 K;Protein 40mg/mL with 1.6% HECAMEG; reservoir solution 50mM KPi pH 6.8, 100mM NaCl, 3mM NaN3, 10-13% PEG4000 分辨率 3.50 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 46 个其他 PDB 条目、51 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 QCR1_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–444; UniProt 36–479

Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial

物种未注明

UniProt P23004

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 34–453 未记录 Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial × 1 (P31800) Cytochrome b × 1 (P00157) Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial × 1 (P00125) Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 1 (P13272) Cytochrome b-c1 complex subunit 7 × 1 (P00129) Cytochrome b-c1 complex subunit 8 × 1 (P13271) Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial × 1 (P00126) Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 1 (P13272) Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 1 (P00130) PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 6PE 1,2-DIHEXANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE × 1 CDL CARDIOLIPIN × 4 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 2 JHE 3-methyl-1-oxidanyl-2-[4-[[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]methyl]phenyl]quinolin-4-one × 1 HEC HEME C × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 5 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.8;277 K;Protein 40mg/mL with 1.6% HECAMEG; reservoir solution 50mM KPi pH 6.8, 100mM NaCl, 3mM NaN3, 10-13% PEG4000 分辨率 3.50 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 47 个其他 PDB 条目、52 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 QCR2_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–420; UniProt 34–453

Cytochrome b

物种未注明

UniProt P00157

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 2–379 未记录 Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial × 1 (P31800) Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial × 1 (P23004) Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial × 1 (P00125) Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 1 (P13272) Cytochrome b-c1 complex subunit 7 × 1 (P00129) Cytochrome b-c1 complex subunit 8 × 1 (P13271) Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial × 1 (P00126) Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 1 (P13272) Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 1 (P00130) PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 6PE 1,2-DIHEXANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE × 1 CDL CARDIOLIPIN × 4 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 2 JHE 3-methyl-1-oxidanyl-2-[4-[[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]methyl]phenyl]quinolin-4-one × 1 HEC HEME C × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 5 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.8;277 K;Protein 40mg/mL with 1.6% HECAMEG; reservoir solution 50mM KPi pH 6.8, 100mM NaCl, 3mM NaN3, 10-13% PEG4000 分辨率 3.50 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 45 个其他 PDB 条目、50 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CYB_BOVIN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–378; UniProt 2–379

Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial

物种未注明

UniProt P00125

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 86–324 未记录 Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial × 1 (P31800) Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial × 1 (P23004) Cytochrome b × 1 (P00157) Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 1 (P13272) Cytochrome b-c1 complex subunit 7 × 1 (P00129) Cytochrome b-c1 complex subunit 8 × 1 (P13271) Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial × 1 (P00126) Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 1 (P13272) Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 1 (P00130) PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 6PE 1,2-DIHEXANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE × 1 CDL CARDIOLIPIN × 4 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 2 JHE 3-methyl-1-oxidanyl-2-[4-[[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]methyl]phenyl]quinolin-4-one × 1 HEC HEME C × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 5 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.8;277 K;Protein 40mg/mL with 1.6% HECAMEG; reservoir solution 50mM KPi pH 6.8, 100mM NaCl, 3mM NaN3, 10-13% PEG4000 分辨率 3.50 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 47 个其他 PDB 条目、52 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CY1_BOVIN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–239; UniProt 86–324

Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

物种未注明

UniProt P13272

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 79–274 链 I; UniProt 33–78 未记录 Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial × 1 (P31800) Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial × 1 (P23004) Cytochrome b × 1 (P00157) Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial × 1 (P00125) Cytochrome b-c1 complex subunit 7 × 1 (P00129) Cytochrome b-c1 complex subunit 8 × 1 (P13271) Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial × 1 (P00126) Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 1 (P00130) PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 6PE 1,2-DIHEXANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE × 1 CDL CARDIOLIPIN × 4 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 2 JHE 3-methyl-1-oxidanyl-2-[4-[[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]methyl]phenyl]quinolin-4-one × 1 HEC HEME C × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 5 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.8;277 K;Protein 40mg/mL with 1.6% HECAMEG; reservoir solution 50mM KPi pH 6.8, 100mM NaCl, 3mM NaN3, 10-13% PEG4000 分辨率 3.50 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 48 个其他 PDB 条目、53 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UCRI_BOVIN
Isoform
PDB实体 5, 9
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–196; UniProt 79–274 作者链 I; PDB构建体 1–46; UniProt 33–78

Cytochrome b-c1 complex subunit 7

物种未注明

UniProt P00129

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 12–110 未记录 Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial × 1 (P31800) Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial × 1 (P23004) Cytochrome b × 1 (P00157) Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial × 1 (P00125) Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 1 (P13272) Cytochrome b-c1 complex subunit 8 × 1 (P13271) Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial × 1 (P00126) Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 1 (P13272) Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 1 (P00130) PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 6PE 1,2-DIHEXANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE × 1 CDL CARDIOLIPIN × 4 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 2 JHE 3-methyl-1-oxidanyl-2-[4-[[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]methyl]phenyl]quinolin-4-one × 1 HEC HEME C × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 5 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.8;277 K;Protein 40mg/mL with 1.6% HECAMEG; reservoir solution 50mM KPi pH 6.8, 100mM NaCl, 3mM NaN3, 10-13% PEG4000 分辨率 3.50 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 45 个其他 PDB 条目、50 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 QCR7_BOVIN
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–99; UniProt 12–110

Cytochrome b-c1 complex subunit 8

物种未注明

UniProt P13271

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 3–76 未记录 Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial × 1 (P31800) Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial × 1 (P23004) Cytochrome b × 1 (P00157) Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial × 1 (P00125) Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 1 (P13272) Cytochrome b-c1 complex subunit 7 × 1 (P00129) Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial × 1 (P00126) Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 1 (P13272) Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 1 (P00130) PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 6PE 1,2-DIHEXANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE × 1 CDL CARDIOLIPIN × 4 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 2 JHE 3-methyl-1-oxidanyl-2-[4-[[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]methyl]phenyl]quinolin-4-one × 1 HEC HEME C × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 5 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.8;277 K;Protein 40mg/mL with 1.6% HECAMEG; reservoir solution 50mM KPi pH 6.8, 100mM NaCl, 3mM NaN3, 10-13% PEG4000 分辨率 3.50 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 47 个其他 PDB 条目、52 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 QCR8_BOVIN
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–74; UniProt 3–76

Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial

物种未注明

UniProt P00126

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 26–90 未记录 Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial × 1 (P31800) Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial × 1 (P23004) Cytochrome b × 1 (P00157) Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial × 1 (P00125) Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 1 (P13272) Cytochrome b-c1 complex subunit 7 × 1 (P00129) Cytochrome b-c1 complex subunit 8 × 1 (P13271) Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 1 (P13272) Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 1 (P00130) PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 6PE 1,2-DIHEXANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE × 1 CDL CARDIOLIPIN × 4 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 2 JHE 3-methyl-1-oxidanyl-2-[4-[[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]methyl]phenyl]quinolin-4-one × 1 HEC HEME C × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 5 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.8;277 K;Protein 40mg/mL with 1.6% HECAMEG; reservoir solution 50mM KPi pH 6.8, 100mM NaCl, 3mM NaN3, 10-13% PEG4000 分辨率 3.50 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 46 个其他 PDB 条目、51 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 QCR6_BOVIN
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–65; UniProt 26–90

Cytochrome b-c1 complex subunit 9

物种未注明

UniProt P00130

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 4–62 未记录 Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial × 1 (P31800) Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial × 1 (P23004) Cytochrome b × 1 (P00157) Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial × 1 (P00125) Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 1 (P13272) Cytochrome b-c1 complex subunit 7 × 1 (P00129) Cytochrome b-c1 complex subunit 8 × 1 (P13271) Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial × 1 (P00126) Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 1 (P13272) PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 6PE 1,2-DIHEXANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE × 1 CDL CARDIOLIPIN × 4 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 2 JHE 3-methyl-1-oxidanyl-2-[4-[[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]methyl]phenyl]quinolin-4-one × 1 HEC HEME C × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 5 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.8;277 K;Protein 40mg/mL with 1.6% HECAMEG; reservoir solution 50mM KPi pH 6.8, 100mM NaCl, 3mM NaN3, 10-13% PEG4000 分辨率 3.50 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 47 个其他 PDB 条目、52 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 QCR9_BOVIN
Isoform
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 J; PDB构建体 1–59; UniProt 4–62

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6zfu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6zfu
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6zfu
沉积日期 deposition_date2020-06-17
结构标题 titleCrystal structure of bovine cytochrome bc1 in complex with quinolone inhibitor RKA066
关键词 keywordscytochrome bc1, malaria, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier49.39
回转半径 Rg (电子) rg_electron49.24
零角强度 I(0) i0760097000.00
分子量 molecular_weight231590.0 kDa
排除体积 excluded_volume290840 ų
包络体积 envelope_volume411850 ų
水化壳体积 shell_volume71308 ų
包络直径 envelope_diameter165.8
壳层 Rg shell_rg50.61
包络 Rg envelope_rg49.21
形状 Rg shape_rg49.25
总 Rg total_rg49.24
总原子数 total_atoms16284
残基数 n_residues2015
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax171.7
Rg (实空间) rg_real49.78
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.17
I(0) (实空间) i0_real7.6010e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4240e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal49.39
I(0) (倒空间) i0_reciprocal759700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8451
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary48.3
偏度 Skewness skewness0.426
峰度 Kurtosis kurtosis-0.605
角度范围 angular_range— – 0.1600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha80420000.0000
实空间数据点数 n_real_points33
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.743; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.867; Smooth: 0.885

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (22)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6zfuA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology830 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like
结构域编号 domain_id6zfuA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology830 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)