8p65

Cytochrome bc1 complex (Bos taurus)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 167.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8p65
沉积日期 deposition_date	2023-05-25
结构标题 title	Cytochrome bc1 complex (Bos taurus)
关键词 keywords	Electron Transport Chain, Complex III, Respiratory Complex, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	55.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	54.56 Å
零角强度 I(0) i0	3177230000.00
分子量 molecular_weight	480190.0 kDa
排除体积 excluded_volume	603430 Å³
包络体积 envelope_volume	841910 Å³
水化壳体积 shell_volume	125200 Å³
包络直径 envelope_diameter	180.2 Å
壳层 Rg shell_rg	60.03 Å
包络 Rg envelope_rg	53.32 Å
形状 Rg shape_rg	54.56 Å
总 Rg total_rg	54.69 Å
总原子数 total_atoms	33820
残基数 n_residues	4278
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	167.9 Å
Rg (实空间) rg_real	55.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.06 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1770e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.7680e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	55.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3178000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8437
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	66.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.218
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.558
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	351300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.973; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.062

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (14)

Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
分子量 formula_weight	49266.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,N
原子数 atom_count	33820

TATYAQALQSVPETQVSQLDNGLRVASEQSSQPTCTVGVWIDAGSRYESEKNNGAGYFVEHLAFKGTKNRPGNALEKEVESMGAHLNAYSTREHTAYYIKALSKDLPKAVELLADIVQNCSLEDSQIEKERDVILQELQENDTSMRDVVFNYLHATAFQGTPLAQSVEGPSENVRKLSRADLTEYLSRHYKAPRMVLAAAGGLEHRQLLDLAQKHFSGLSGTYDEDAVPTLSPCRFTGSQICHREDGLPLAHVAIAVEGPGWAHPDNVALQVANAIIGHYDCTYGGGAHLSSPLASIAATNKLCQSFQTFNICYADTGLLGAHFVCDHMSIDDMMFVLQGQWMRLCTSATESEVLRGKNLLRNALVSHLDGTTPVCEDIGRSLLTYGRRIPLAEWESRIAEVDARVVREVCSKYFYDQCPAVAGFGPIEQLPDYNRIRSGMFWLRF

Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
分子量 formula_weight	46576.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,O

SLKVAPKVKATEAPAGVPPHPQDLEFTRLPNGLVIASLENYAPASRIGLFIKAGSRYENSNNLGTSHLLRLASSLTTKGASSFKITRGIEAVGGKLSVTSTRENMAYTVECLRDDVDILMEFLLNVTTAPEFRRWEVAALQPQLRIDKAVALQNPQAHVIENLHAAAYRNALANSLYCPDYRIGKVTPVELHDYVQNHFTSARMALIGLGVSHPVLKQVAEQFLNIRGGLGLSGAKAKYHGGEIREQNGDSLVHAALVAESAAIGSAEANAFSVLQHVLGAGPHVKRGSNATSSLYQAVAKGVHEPFDVSAFNASYSDSGLFGFYTISQAASAGDVIKAAYNQVKTIAQGNLSNPDVQAAKNKLKAGYLMSVESSEGFLDEVGSQALAAGSYTPPSTVLQQIDAVADADVINAAKKFVSGRKSMAASGNLGHTPFIDEL

Entity 3 polymer

描述 description	Cytochrome b
分子量 formula_weight	42620.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,P

MTNIRKSHPLMKIVNNAFIDLPAPSNISSWWNFGSLLGICLILQILTGLFLAMHYTSDTTTAFSSVTHICRDVNYGWIIRYMHANGASMFFICLYMHVGRGLYYGSYTFLETWNIGVILLLTVMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLLSAIPYIGTNLVEWIWGGFSVDKATLTRFFAFHFILPFIIMAIAMVHLLFLHETGSNNPTGISSDVDKIPFHPYYTIKDILGALLLILALMLLVLFAPDLLGDPDNYTPANPLNTPPHIKPEWYFLFAYAILRSIPNKLGGVLALAFSILILALIPLLHTSKQRSMMFRPLSQCLFWALVADLLTLTWIGGQPVEHPYITIGQLASVLYFLLILVLMPTAGTIENKLLKW

Entity 4 polymer

描述 description	Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
分子量 formula_weight	27323.3 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.8
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,Q

SDLELHPPSYPWSHRGLLSSLDHTSIRRGFQVYKQVCSSCHSMDYVAYRHLVGVCYTEDEAKALAEEVEVQDGPNEDGEMFMRPGKLSDYFPKPYPNPEAARAANNGALPPDLSYIVRARHGGEDYVFSLLTGYCEPPTGVSLREGLYFNPYFPGQAIGMAPPIYNEVLEFDDGTPATMSQVAKDVCTFLRWAAEPEHDHRKRMGLKMLLMMGLLLPLVYAMKRHKWSVLKSRKLAYRPPK

Entity 5 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
分子量 formula_weight	21640.6 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.8
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,R

SHTDIKVPDFSDYRRPEVLDSTKSSKESSEARKGFSYLVTATTTVGVAYAAKNVVSQFVSSMSASADVLAMSKIEIKLSDIPEGKNMAFKWRGKPLFVRHRTKKEIDQEAAVEVSQLRDPQHDLERVKKPEWVILIGVCTHLGCVPIANAGDFGGYYCPCHGSHYDASGRIRKGPAPLNLEVPSYEFTSDDMVIVG

Entity 6 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 7
分子量 formula_weight	13502.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,S

MAGRPAVSASSRWLEGIRKWYYNAAGFNKLGLMRDDTIHENDDVKEAIRRLPENLYDDRVFRIKRALDLSMRQQILPKEQWTKYEEDKSYLEPYLKEVIRERKEREEWAKK

Entity 7 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 8
分子量 formula_weight	9737.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,T

MGRQFGHLTRVRHVITYSLSPFEQRAFPHYFSKGIPNVLRRTRACILRVAPPFVAFYLVYTWGTQEFEKSKRKNPAAYENDR

Entity 8 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial
分子量 formula_weight	9189.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,U

GDPKEEEEEEEELVDPLTTVREQCEQLEKCVKARERLELCDERVSSRSQTEEDCTEELLDFLHARDHCVAHKLFNSLK

Entity 9 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 9
分子量 formula_weight	5497.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,V

MLSVAARSGPFAPVLSATSRGVAGALRPLVQAAVPATSESPVLDLKRSVLCRES

Entity 10 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 9
分子量 formula_weight	7469.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,W

MVAPTLTARLYSLLFRRTSTFALTIVVGALFFERAFDQGADAIYEHINEGKLWKHIKHKYENKE

Entity 11 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 10
分子量 formula_weight	5705.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,X

MLTRFLGPRYRQLARNWVPTASLWGAVGAVGLVWATDWRLILDWVPYIN

Entity 12 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 13 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 14 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	140138

fit	/app/data/saxs_computation/p6/8p65/8p65.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p6/8p65/8p65.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p6/8p65/8p65.dat

Cytochrome bc1 complex (Bos taurus)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (14)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)